Locus 5906

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,230,447 – 15,230,561
Length 114
Max. P 0.600230
window9587

overview

Window 7

Location 15,230,447 – 15,230,561
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.62
Mean single sequence MFE -44.97
Consensus MFE -30.44
Energy contribution -31.67
Covariance contribution 1.23
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.600230
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15230447 114 + 22224390
UCGUCCGAUCGAACGCGUGACAUGCGCUUCAGCAGGAUCUUGCUGCCGCGCGGCGAGGUGUUGUGCAGUGGCUGCAUCUCCAAGGAUUCAUCGCUUUUGCGCGAAGUCCUGGGG
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>DroVir_CAF1 67400 114 + 1
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>DroGri_CAF1 67891 113 + 1
UCAUCGGAGCGGACGCGGGACAUCCGCUUCAGCAUUAUCUUGCUGCCGCGCGGUGAGGUAUUGUGCAGCGGUUGCAUUUCCAGUGAUUCAUCGCUCUUCCUCGACGUUCUAAA-
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>DroWil_CAF1 76240 114 + 1
UCAUCGGAACGUACGCGCGACAUACGUUUCAGCAUGAUUUUGCUGCCACGCGGCGAGGUACUAUGCAGUGGUUGCAUCUCCAGCGACUCGUCGCUUUUGCGCGAAGUUCUGGAA
...(((((((...(((((((.....((..(((((......)))))..))((((((((.((((....))))((((......))))..))))))))..)))))))..))))))).. ( -45.60)
>DroMoj_CAF1 76406 113 + 1
UCGUCGGAGCGAACGCGCGACAUGCGCUUCAGCAUGAUCUUACUGCCGCGUGGUGAGGUAUUGUGCAGCGGUUGCAUUUCCAGCGACUCGUCGCUCUUACGGGAUGUUCUAAA-
((((.(((((((..(((((((((((......)))))(((((((..(...)..))))))).))))))..(((((((.......))))).))))))))).))))...........- ( -45.60)
>DroAna_CAF1 51804 114 + 1
UCGUCGGAUCGCACCCGGGACAUGCGCUUCAGCAUAAUCUUGCUGCCCCGCGGCGAGGUAUUGUGCAGUGGCUGCAUCUCCAAGGACUCGUCGCUCUUCCGAGAAGUCCUGCCG
....(((.......)))(((.(((((((...(((((((((((((((...))))))))))..)))))...))).)))).))).((((((..(((......)))..)))))).... ( -44.60)
>consensus
UCGUCGGAGCGAACGCGCGACAUGCGCUUCAGCAUGAUCUUGCUGCCGCGCGGCGAGGUAUUGUGCAGCGGUUGCAUCUCCAGCGACUCAUCGCUCUUGCGCGAAGUUCUGAA_
...(((((((...(((((((.(((((((.(.(((((((((((((((...))))))))))..))))).).))).)))).)).(((((....)))))...)))))..))))))).. (-30.44 = -31.67 +   1.23)

alignment

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secondary structure

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