Locus 5891

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,170,215 – 15,170,361
Length 146
Max. P 0.948827
window9563 window9564 window9565

overview

Window 3

Location 15,170,215 – 15,170,321
Length 106
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.18
Mean single sequence MFE -40.36
Consensus MFE -26.72
Energy contribution -27.55
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.10
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.726457
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15170215 106 + 22224390
CCC-A-----CCCGCAGUCCACAUUCGAGCUCUCCCUGCUGGCCAGCGGCUCCACCAUCGAAUUGGUGGACCAUCUGGUCGCCGGAAAGGCGCAGAAUGGCAUGGCCAUCAU
...-.-----...((((..................))))((((((((((.(((((((......))))))))).((((..((((.....))))))))...)).)))))).... ( -41.07)
>DroSec_CAF1 751 106 + 1
CCC-A-----CCCGCAGUCCACUUUCGAGCUCUCCCUGCUGGCCAGCGGCUCUACCAUCGAGUUGGUGGACCAUCUGGUCACCGGAAAGGCGCAGAAUGGCAUGGCCAUCAU
...-.-----..(((..(((.......(((.......)))((((((.((.(((((((......)))))))))..))))))...)))...)))..((.((((...)))))).. ( -37.20)
>DroEre_CAF1 780 107 + 1
UCC-U----CCUCGCAGUCCACAUUCGAGCUCUCCUUGCUGGCGAGUGGCUCCACCAUCGAGUUGGUGGACCACCUGGUCGCCGGGAAGGCGCAGAAUGGCAUGGCCAUAAU
...-.----....((......(((((..((...((((.(((((((((((.(((((((......)))))))))))....))))))).)))).)).))))).....))...... ( -45.10)
>DroWil_CAF1 477 106 + 1
UCC-U-----AUUCCAGUCCACUUUUGAGCUGUCACUUUUGGCAAGUGGAUCCACCAUUGAGUUGGUGGAUCAAUUGAUCAUGGGCAAAGCGCAGAAUGGCAUGGCCAUUAU
...-.-----...(((..(((.(((((.(((....((..((((((...(((((((((......)))))))))..))).)))..))...))).))))))))..)))....... ( -35.60)
>DroYak_CAF1 752 107 + 1
CCC-U----UCACGCAGUCCACCUUCGAGCUUUCCUUGCUGGCCAGCGGCUCCACCAUCGAGCUGGUGGACCAUCUGAUCGCCGGAAAGGCGCACAAUGGCAUGGCCAUCAU
...-.----....((.(((((((.....(((..((.....))..)))(((((.......)))))))))))).........(((.....)))))...(((((...)))))... ( -36.00)
>DroAna_CAF1 633 112 + 1
UCCCUUCUCCCCCGCAGUCCACUUUUGAGCUAUCUCUGCUGGCCACUGGCUCCACCAUCGAGCUGGUGGACCAGCUGAUUGCUGGGAGCGCCCAGAAUGGCAUGGCCAUCAU
..((..(((((..((((((.......(((....))).(((((((((..((((.......))))..)))).))))).)))))).))))).(((......)))..))....... ( -47.20)
>consensus
CCC_U_____CCCGCAGUCCACUUUCGAGCUCUCCCUGCUGGCCAGCGGCUCCACCAUCGAGUUGGUGGACCAUCUGAUCGCCGGAAAGGCGCAGAAUGGCAUGGCCAUCAU
.............((((..................))))((((((((((.(((((((......)))))))))..(((..((((.....)))))))....)).)))))).... (-26.72 = -27.55 +   0.84)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 4

Location 15,170,241 – 15,170,361
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.56
Mean single sequence MFE -48.50
Consensus MFE -23.96
Energy contribution -25.02
Covariance contribution 1.06
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.53
Structure conservation index 0.49
SVM decision value 0.75
SVM RNA-class probability 0.841234
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15170241 120 + 22224390
UCCCUGCUGGCCAGCGGCUCCACCAUCGAAUUGGUGGACCAUCUGGUCGCCGGAAAGGCGCAGAAUGGCAUGGCCAUCAUCCGGCCACCGGGUCACCAUGCGAUGAAGGCCGAGUACAAC
...((((.((((((.((.(((((((......)))))))))..))))))(((.....)))))))....((.(((((.((((((((((....)))).....).))))).))))).))..... ( -53.90)
>DroVir_CAF1 1345 120 + 1
UCGCUCUUGGCCAGCGGCUCGACCAUAGAGCUGGUGGAGCAGCUGCUGCUGGGUAAGGCGCAGAAUGGCAUGGCCAUAAUACGACCGCCGGGCCAUCAUGCGAUGAAGUCGGAAUUCAAU
..((.((((.((((((((((.((((......)))).))......)))))))).))))))(((..(((((.((((............)))).)))))..)))..((((.......)))).. ( -47.40)
>DroPse_CAF1 962 120 + 1
UCCUUGCUUGCCAGCGGAUCCACCAUUGAUCUGGUGGAUUCCAUAAUUACGGGCAAGGCGCAGAAUGGCAUGGCCAUCAUCCGACCGCCAGGCCAUCAUGCCAUGAAGGCCGAAUUCAAU
.(((((((((.....((((((((((......))))))))))........))))))))).(((..(((((.((((..((....))..)))).)))))..)))..((((.......)))).. ( -46.82)
>DroWil_CAF1 503 120 + 1
UCACUUUUGGCAAGUGGAUCCACCAUUGAGUUGGUGGAUCAAUUGAUCAUGGGCAAAGCGCAGAAUGGCAUGGCCAUUAUACGUCCGCCUGGCCAUCAUGCCAUGAAAGCGGAAUUCAAU
((.(((((((((....(((((((((......)))))))))...((((..(((((...(((...((((((...))))))...)))..)))))...)))))))))..)))).))........ ( -42.70)
>DroMoj_CAF1 737 120 + 1
UCGCUAUUGGCCAGUGGCUCGACCAUUGAGCUGAUCGAUCAGCUGCUGCUGGGUAAGGCACAGAAUGGCAUGGCCAUAAUCCGACCGCCUGGCCAUCAUGCCAUGAAGUCGGAGUUCAAU
..(((.(((.((((..((((((...))))(((((....))))).))..)))).))))))...(((((((...)))....((((((..(.((((......)))).)..))))))))))... ( -45.40)
>DroAna_CAF1 665 120 + 1
UCUCUGCUGGCCACUGGCUCCACCAUCGAGCUGGUGGACCAGCUGAUUGCUGGGAGCGCCCAGAAUGGCAUGGCCAUCAUCCGGCCGCCCGGCCACCACGCCAUGAAGGCCGAGUUCAAU
..((.(((((((((..((((.......))))..)))).))))).))...(((((....)))))...(((..((((.......)))))))(((((..((.....))..)))))........ ( -54.80)
>consensus
UCCCUGCUGGCCAGCGGCUCCACCAUUGAGCUGGUGGAUCAGCUGAUCACGGGCAAGGCGCAGAAUGGCAUGGCCAUCAUCCGACCGCCGGGCCAUCAUGCCAUGAAGGCCGAAUUCAAU
.......(((((...((.(((((((......)))))))))...........(((..((((.(..(((((...)))))..).)).))))).)))))......................... (-23.96 = -25.02 +   1.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 5

Location 15,170,241 – 15,170,361
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.56
Mean single sequence MFE -50.27
Consensus MFE -27.77
Energy contribution -29.55
Covariance contribution 1.78
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.79
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 1.39
SVM RNA-class probability 0.948827
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15170241 120 - 22224390
GUUGUACUCGGCCUUCAUCGCAUGGUGACCCGGUGGCCGGAUGAUGGCCAUGCCAUUCUGCGCCUUUCCGGCGACCAGAUGGUCCACCAAUUCGAUGGUGGAGCCGCUGGCCAGCAGGGA
((((..(.((((((((((((..(((((..((((.(((((((..(((((...))))))))).)))...)))).((((....)))))))))...)))))).)).))))..)..))))..... ( -52.70)
>DroVir_CAF1 1345 120 - 1
AUUGAAUUCCGACUUCAUCGCAUGAUGGCCCGGCGGUCGUAUUAUGGCCAUGCCAUUCUGCGCCUUACCCAGCAGCAGCUGCUCCACCAGCUCUAUGGUCGAGCCGCUGGCCAAGAGCGA
..((((.......))))((((....(((((((((((.((((..(((((...)))))..))))))....(((..((.(((((......))))))).)))....))))..)))))...)))) ( -43.20)
>DroPse_CAF1 962 120 - 1
AUUGAAUUCGGCCUUCAUGGCAUGAUGGCCUGGCGGUCGGAUGAUGGCCAUGCCAUUCUGCGCCUUGCCCGUAAUUAUGGAAUCCACCAGAUCAAUGGUGGAUCCGCUGGCAAGCAAGGA
...........((((....(((.((((((.((((.(((....))).)))).)))))).)))((.(((((.((......(((.(((((((......)))))))))))).))))))))))). ( -52.30)
>DroWil_CAF1 503 120 - 1
AUUGAAUUCCGCUUUCAUGGCAUGAUGGCCAGGCGGACGUAUAAUGGCCAUGCCAUUCUGCGCUUUGCCCAUGAUCAAUUGAUCCACCAACUCAAUGGUGGAUCCACUUGCCAAAAGUGA
.........((((((..(((((((((.(...((((((((((.((((((...)))))).)))).))))))..).))))...(((((((((......)))))))))....))))))))))). ( -47.80)
>DroMoj_CAF1 737 120 - 1
AUUGAACUCCGACUUCAUGGCAUGAUGGCCAGGCGGUCGGAUUAUGGCCAUGCCAUUCUGUGCCUUACCCAGCAGCAGCUGAUCGAUCAGCUCAAUGGUCGAGCCACUGGCCAAUAGCGA
.......(((((((.(.((((......)))).).)))))))...((((((.........(((.(((..(((...(.((((((....)))))))..)))..))).)))))))))....... ( -42.40)
>DroAna_CAF1 665 120 - 1
AUUGAACUCGGCCUUCAUGGCGUGGUGGCCGGGCGGCCGGAUGAUGGCCAUGCCAUUCUGGGCGCUCCCAGCAAUCAGCUGGUCCACCAGCUCGAUGGUGGAGCCAGUGGCCAGCAGAGA
......(((.(((.....))).((.((((((((((.(((((..(((((...)))))))))).)))))..........((((((((((((......))))))).)))))))))).))))). ( -63.20)
>consensus
AUUGAACUCCGCCUUCAUGGCAUGAUGGCCAGGCGGUCGGAUGAUGGCCAUGCCAUUCUGCGCCUUACCCACAAUCAGCUGAUCCACCAGCUCAAUGGUGGAGCCACUGGCCAACAGCGA
..........(((.....))).((.(((((.((((((((((..(((((...))))))))).)))..................(((((((......))))))))))...))))).)).... (-27.77 = -29.55 +   1.78)

alignment

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