| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 15,157,285 – 15,157,404 |
| Length | 119 |
| Max. P | 0.982221 |
| Location | 15,157,285 – 15,157,404 |
|---|---|
| Length | 119 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 75.04 |
| Mean single sequence MFE | -57.82 |
| Consensus MFE | -36.49 |
| Energy contribution | -38.98 |
| Covariance contribution | 2.49 |
| Combinations/Pair | 1.28 |
| Mean z-score | -2.16 |
| Structure conservation index | 0.63 |
| SVM decision value | 1.91 |
| SVM RNA-class probability | 0.982221 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15157285 119 + 22224390 GACGGCCGACGCACAGUGGCUGCCGCAAGUUAUU-GUCCGCCUGUGGCUCGUCGCACAGUGGCGUUCGUUUGGGCGACAACUGUUGGCGCUCACUGUGCGGCGAGCGCCAUUCGCCACGA ...(((.(.((.(((((((((......)))))))-)).)).)((..(((((((((((((((((((.((.(((.....))).))...)))).)))))))))))))))..))...))).... ( -55.30) >DroSec_CAF1 8286 119 + 1 GACCGCCGACGCACAGUGGCUGCCGCAAGUUGUG-GUCCGCCUGUGGCUCGCCGCACAGUGGCGUUCGUGUGGGCGGCAUCUGUUGGCGCUCACUGUGCGGCGAGCGACAUUCGCCACGA ....((....))...(((((.(((((.....)))-))..(..(((.((((((((((((((((.....((((.(((((...))))).)))))))))))))))))))).)))..)))))).. ( -62.10) >DroSim_CAF1 8323 119 + 1 GACCGCCGACGCACAGUGGCUGCCGCAAGUUGUG-GUCCGCCUCUGGCUCGCCGCACAGUGGCGUUCGUGUGGGCGGCAACUGUUGGCGCUCACUGUGCGGCUAGCGACAUUCGCCACGA ....(((...((((((((((.((((..((((((.-((((((...(((..((((((...)))))).))).)))))).))))))..)))))).)))))))))))..(((.....)))..... ( -58.40) >DroYak_CAF1 7800 120 + 1 AACCAGCGAGGCACAGUGGCUGCCGCAAGUUGUGCGCCCGCGUGUUACUCGGCGCAAUGUGGAGUUUGUGUGGGCGGCAACUGUUGGCGGCCACUGUGCGGCGAGCGCCAUUCGCCGCGA .....((...(((((((((((((((..((((((.((((((((....((((.((.....)).))))...))))))))))))))..)))))))))))))))((((((.....)))))))).. ( -72.60) >DroAna_CAF1 66892 100 + 1 -----GUGUCGCACAGUGGGCUCCGCCAGUUUCG-AGACGCGUGCGG---GCCCCAA--------GCAUGUGGGCGGAGACUUUCCGAUGGCACUGUAUCG---GUGGCAUUCGCCACGC -----((((..((((.((((..(((((.(((...-.)))..).))))---..)))).--------...))))((((((..((..((((((......)))))---).))..)))))))))) ( -40.70) >consensus GACCGCCGACGCACAGUGGCUGCCGCAAGUUGUG_GUCCGCCUGUGGCUCGCCGCACAGUGGCGUUCGUGUGGGCGGCAACUGUUGGCGCUCACUGUGCGGCGAGCGACAUUCGCCACGA ......((..(((((((((.(((((..((((((.....(((((((((..((((((...))))))..).))))))))))))))..))))).)))))))))((((((.....)))))).)). (-36.49 = -38.98 + 2.49)
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