Locus 5882

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,152,464 – 15,152,605
Length 141
Max. P 0.805614
window9552 window9553

overview

Window 2

Location 15,152,464 – 15,152,567
Length 103
Sequences 4
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.89
Mean single sequence MFE -22.70
Consensus MFE -18.33
Energy contribution -18.32
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.63
SVM RNA-class probability 0.805614
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15152464 103 - 22224390
UAUGUAU--AUAUUACCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUUUAGAUUUACGGUUGUUUCCAUCUCGGUAUUAUGUAUGUGUGUAUG
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>DroSec_CAF1 3406 105 - 1
UAUGUAUAUAUAUUUCCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUCUAGAUUUACGGGUGUUUCCAUCUCGGUAUUAUGUAUGUGUGUAUG
((..(((((((((.....((((....))))..(((((((..((((((((((.......)))))))))).(((....)))...))))))).)))))))))..)).. ( -25.10)
>DroSim_CAF1 3419 105 - 1
UAUGUAUAUAUAUUUCCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUCUAGAUUUACGGGUGUUUCCAUCUCGGUAUUAUGUAUGUGUGUAUG
((..(((((((((.....((((....))))..(((((((..((((((((((.......)))))))))).(((....)))...))))))).)))))))))..)).. ( -25.10)
>DroYak_CAF1 3328 98 - 1
-----A--UAUAUUUCAUCUUUAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUACGUUUUAGUUAUAGAUUUACGGGUGUUUCCAUCUUGGUAUUAUGUAUGUGUGUAUG
-----(--(((((...(((...(((.(((((....(((...((((((((...........)))))))))))..))))))))...)))...))))))......... ( -14.00)
>consensus
UAUGUAU_UAUAUUUCCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUCUAGAUUUACGGGUGUUUCCAUCUCGGUAUUAUGUAUGUGUGUAUG
.....................((((((.....(((((((..((((((((((.......)))))))))).(((....)))...)))))))..))))))........ (-18.33 = -18.32 +  -0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 15,152,495 – 15,152,605
Length 110
Sequences 4
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.87
Mean single sequence MFE -24.07
Consensus MFE -17.66
Energy contribution -19.22
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.02
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.56
SVM RNA-class probability 0.782132
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15152495 110 - 22224390
UAGUGCGCGUAUGAAUAUAUUUGUUAUAUUUAUGUAUGUAUGUAU--AUAUUACCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUUUAGAUUUACGGUUG
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>DroSec_CAF1 3437 110 - 1
UAGUGCGCGUAUGAAUAUAAUUGUUAUAU--AUGUAUGUAUGUAUAUAUAUUUCCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUCUAGAUUUACGGGUG
((((...((((((((.......(..((((--((((((....))))))))))..)...))))))))..))))..(((...((((((((((.......)))))))))))))... ( -28.30)
>DroSim_CAF1 3450 110 - 1
UAGUGCGCGUAUGAAUAUAAUUGUUAUAU--AUGUAUGUAUGUAUAUAUAUUUCCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUCUAGAUUUACGGGUG
((((...((((((((.......(..((((--((((((....))))))))))..)...))))))))..))))..(((...((((((((((.......)))))))))))))... ( -28.30)
>DroYak_CAF1 3359 98 - 1
AAGUGCGCGUAUGAAUAU--UUGUUAUAU--AUGU--------A--UAUAUUUCAUCUUUAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUACGUUUUAGUUAUAGAUUUACGGGUG
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>consensus
UAGUGCGCGUAUGAAUAUAAUUGUUAUAU__AUGUAUGUAUGUAU_UAUAUUUCCUUUUCAUGCGAAACUAUGCCGAUUUAAGUUUAGGUUUUAGUUCUAGAUUUACGGGUG
((((...((((((((((((.....))))...((((((((....))))))))......))))))))..))))..(((...((((((((((.......)))))))))))))... (-17.66 = -19.22 +   1.56)

alignment

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secondary structure

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