Locus 587

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,655,363 – 1,655,508
Length 145
Max. P 0.987592
window935 window936

overview

Window 5

Location 1,655,363 – 1,655,476
Length 113
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.00
Mean single sequence MFE -19.34
Consensus MFE -15.09
Energy contribution -15.37
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.75
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.89
SVM RNA-class probability 0.875412
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1655363 113 - 22224390
AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAC--UUUUCUGAACCCCACGACC-----
..((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....)))))(((((.........))))).........--...................----- ( -22.00)
>DroPse_CAF1 39928 109 - 1
AAAUAAAUAUAAAUGCGAUUUACACUUUGCUAG----AGUAGUAAAUUCAAUUUAUAUUCAUGCGCAUUCUUACU------CCAUUAUUCGUAGAUUUUUCAUAGCUC-AUAACCCCAUA
.....(((((((((..(((((((((((.....)----))).)))))))..))))))))).(((.((.....(((.------.........)))((....))...)).)-))......... ( -15.50)
>DroSec_CAF1 20211 113 - 1
AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAC--UUUUCUGAGCCCCACGACC-----
..((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....)))))..(((((........(((.....)))..--.....))))).........----- ( -23.66)
>DroSim_CAF1 9456 113 - 1
AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAC--UUUUCUGAGCCCCACGACC-----
..((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....)))))..(((((........(((.....)))..--.....))))).........----- ( -23.66)
>DroYak_CAF1 20803 109 - 1
AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGC----UCAGCAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAU--UUUUCCGAGCCCCACAAUC-----
.....(((((((((..(((((((((((...----..)).)))))))))..)))))))))....(((..((((.........(((.....)))..--......))))...)))...----- ( -15.83)
>DroPer_CAF1 41853 109 - 1
AAAUAAAUAUAAAUGCGAUUUACACUUUGCUAG----AGGAGUAAAUUCAAUUUAUAUUCAUGCGCAUUCUUACU------CCAUUAUUCGUAGAUUUUUCAUAGCUC-AUAACCCCAUA
.....(((((((((..(((((((.((((....)----))).)))))))..))))))))).(((.((.....(((.------.........)))((....))...)).)-))......... ( -15.40)
>consensus
AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCG_UCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAC__UUUUCUGAGCCCCACAACC_____
.....(((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))))............................................................. (-15.09 = -15.37 +   0.28) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 1,655,396 – 1,655,508
Length 112
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.15
Mean single sequence MFE -24.55
Consensus MFE -15.36
Energy contribution -15.53
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -2.48
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 2.09
SVM RNA-class probability 0.987592
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1655396 112 - 22224390
--------UCUGUAGCGAGUCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC
--------..((.(((((((......)))))))))..(.((.((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....))))).))).......... ( -28.40)
>DroPse_CAF1 39966 103 - 1
UAUGUACUUUCGUA--------GUACUCUCGCUCAUGGUCAAAUAAAUAUAAAUGCGAUUUACACUUUGCUAG----AGUAGUAAAUUCAAUUUAUAUUCAUGCGCAUUCUUACU-----
...(((((.....)--------))))....((.(((((........((((((((..(((((((((((.....)----))).)))))))..))))))))))))).)).........----- ( -22.30)
>DroSec_CAF1 20244 112 - 1
--------UCUGUAGCGAGUCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC
--------..((.(((((((......)))))))))..(.((.((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....))))).))).......... ( -28.40)
>DroSim_CAF1 9489 112 - 1
--------UCUGUAGCGAGUCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC
--------..((.(((((((......)))))))))..(.((.((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....))))).))).......... ( -28.40)
>DroYak_CAF1 20836 101 - 1
--------UCUA-------GCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGC----UCAGCAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC
--------...(-------((((((((....)))...........(((((((((..(((((((((((...----..)).)))))))))..))))))))).....))).)))......... ( -17.60)
>DroPer_CAF1 41891 103 - 1
UAUGUACUUUCGUA--------GUACUCUCGCUCAUGGUCAAAUAAAUAUAAAUGCGAUUUACACUUUGCUAG----AGGAGUAAAUUCAAUUUAUAUUCAUGCGCAUUCUUACU-----
...(((((.....)--------))))....((.(((((........((((((((..(((((((.((((....)----))).)))))))..))))))))))))).)).........----- ( -22.20)
>consensus
________UCUGUA_____UCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCG_UCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC
......................(((....))).............(((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))))..................... (-15.36 = -15.53 +   0.17) 

alignment

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secondary structure

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