Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,655,363 – 1,655,508 |
Length | 145 |
Max. P | 0.987592 |
Location | 1,655,363 – 1,655,476 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.00 |
Mean single sequence MFE | -19.34 |
Consensus MFE | -15.09 |
Energy contribution | -15.37 |
Covariance contribution | 0.28 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -1.75 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.89 |
SVM RNA-class probability | 0.875412 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1655363 113 - 22224390 AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAC--UUUUCUGAACCCCACGACC----- ..((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....)))))(((((.........))))).........--...................----- ( -22.00) >DroPse_CAF1 39928 109 - 1 AAAUAAAUAUAAAUGCGAUUUACACUUUGCUAG----AGUAGUAAAUUCAAUUUAUAUUCAUGCGCAUUCUUACU------CCAUUAUUCGUAGAUUUUUCAUAGCUC-AUAACCCCAUA .....(((((((((..(((((((((((.....)----))).)))))))..))))))))).(((.((.....(((.------.........)))((....))...)).)-))......... ( -15.50) >DroSec_CAF1 20211 113 - 1 AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAC--UUUUCUGAGCCCCACGACC----- ..((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....)))))..(((((........(((.....)))..--.....))))).........----- ( -23.66) >DroSim_CAF1 9456 113 - 1 AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAC--UUUUCUGAGCCCCACGACC----- ..((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....)))))..(((((........(((.....)))..--.....))))).........----- ( -23.66) >DroYak_CAF1 20803 109 - 1 AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGC----UCAGCAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAU--UUUUCCGAGCCCCACAAUC----- .....(((((((((..(((((((((((...----..)).)))))))))..)))))))))....(((..((((.........(((.....)))..--......))))...)))...----- ( -15.83) >DroPer_CAF1 41853 109 - 1 AAAUAAAUAUAAAUGCGAUUUACACUUUGCUAG----AGGAGUAAAUUCAAUUUAUAUUCAUGCGCAUUCUUACU------CCAUUAUUCGUAGAUUUUUCAUAGCUC-AUAACCCCAUA .....(((((((((..(((((((.((((....)----))).)))))))..))))))))).(((.((.....(((.------.........)))((....))...)).)-))......... ( -15.40) >consensus AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCG_UCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAC__UUUUCUGAGCCCCACAACC_____ .....(((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))))............................................................. (-15.09 = -15.37 + 0.28)
Location | 1,655,396 – 1,655,508 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.15 |
Mean single sequence MFE | -24.55 |
Consensus MFE | -15.36 |
Energy contribution | -15.53 |
Covariance contribution | 0.17 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -2.48 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 2.09 |
SVM RNA-class probability | 0.987592 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1655396 112 - 22224390 --------UCUGUAGCGAGUCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC --------..((.(((((((......)))))))))..(.((.((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....))))).))).......... ( -28.40) >DroPse_CAF1 39966 103 - 1 UAUGUACUUUCGUA--------GUACUCUCGCUCAUGGUCAAAUAAAUAUAAAUGCGAUUUACACUUUGCUAG----AGUAGUAAAUUCAAUUUAUAUUCAUGCGCAUUCUUACU----- ...(((((.....)--------))))....((.(((((........((((((((..(((((((((((.....)----))).)))))))..))))))))))))).)).........----- ( -22.30) >DroSec_CAF1 20244 112 - 1 --------UCUGUAGCGAGUCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC --------..((.(((((((......)))))))))..(.((.((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....))))).))).......... ( -28.40) >DroSim_CAF1 9489 112 - 1 --------UCUGUAGCGAGUCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC --------..((.(((((((......)))))))))..(.((.((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....))))).))).......... ( -28.40) >DroYak_CAF1 20836 101 - 1 --------UCUA-------GCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGC----UCAGCAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC --------...(-------((((((((....)))...........(((((((((..(((((((((((...----..)).)))))))))..))))))))).....))).)))......... ( -17.60) >DroPer_CAF1 41891 103 - 1 UAUGUACUUUCGUA--------GUACUCUCGCUCAUGGUCAAAUAAAUAUAAAUGCGAUUUACACUUUGCUAG----AGGAGUAAAUUCAAUUUAUAUUCAUGCGCAUUCUUACU----- ...(((((.....)--------))))....((.(((((........((((((((..(((((((.((((....)----))).)))))))..))))))))))))).)).........----- ( -22.20) >consensus ________UCUGUA_____UCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCG_UCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC ......................(((....))).............(((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))))..................... (-15.36 = -15.53 + 0.17)
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