| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,967,305 – 14,967,440 |
| Length | 135 |
| Max. P | 0.979254 |
| Location | 14,967,305 – 14,967,400 |
|---|---|
| Length | 95 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 99 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 66.76 |
| Mean single sequence MFE | -35.90 |
| Consensus MFE | -13.38 |
| Energy contribution | -13.38 |
| Covariance contribution | 0.00 |
| Combinations/Pair | 1.20 |
| Mean z-score | -2.38 |
| Structure conservation index | 0.37 |
| SVM decision value | 1.83 |
| SVM RNA-class probability | 0.979254 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 14967305 95 + 22224390 AAUCAGG-AUCAGGAUGCGGGCCAGGAU--CAGGAUGGUG-ACUCCAUCAUUCGGGGCCAGUAUUGUUUGGCCUAUGCCCAGCCCGUUUUGCCACACAA .......-....((..((((((..((..--..((((((((-....)))))))).(((((((......)))))))...))..))))))....))...... ( -37.00) >DroPse_CAF1 17064 86 + 1 A---GU--AGCGGG-----GACCCCCUA--AAGGAUGAGG-AAACAGUUUUACGGGGACAGUACUGCCUGGCCUACGCGCAGCCAGUGCUGCCGCACAA .---((--.((((.-----...((((..--.(((((..(.-...).)))))..)))).((((((((.(((((....)).))).)))))))))))))).. ( -35.50) >DroYak_CAF1 13252 92 + 1 A---AGG-AUCAGGAUGCGGGCAAGGAU--CAGGAUGGGG-ACUCCAUCAUCCGUGGCCAGUACUGCUUGGCCUAUGCCCAGCCAGUUCUGCCACACAA .---.((-..(((((((((((((.((((--..(((.(...-.))))...))))..((((((......))))))..))))).))..))))))))...... ( -35.90) >DroMoj_CAF1 6947 82 + 1 A---CGGCAC--------------CGAUGGCAGCCCGGCGAAUUCACCGCUGCGCGGCCAAUACUGUUUGGCGUAUGCACAGCCAGUGCUGCCACACAA .---((....--------------)).(((((((.(((.(....).))((((.((((((((......)))))...))).))))..).)))))))..... ( -32.60) >DroAna_CAF1 4822 92 + 1 A---GGG-AGCAGGAUCAGGAUCAGGAU--CAGGAUGGGG-AGAACCUUCUCCGGGGACAGUACUGCCUCGCGUACGCCCAGCCAGUCCUGCCCCACAA .---(((-.((((((((..(((....))--)..))(((((-(((....))))).(((...((((.((...)))))).)))..))).))))))))).... ( -38.90) >DroPer_CAF1 17109 86 + 1 A---GU--AGCGGG-----GACCCCCUA--AAGGAUGAGG-AAACAGUUUUACGGGGACAGUACUGCCUGGCCUACGCGCAGCCAGUGCUGCCGCACAA .---((--.((((.-----...((((..--.(((((..(.-...).)))))..)))).((((((((.(((((....)).))).)))))))))))))).. ( -35.50) >consensus A___GGG_AGCAGG_____GACCACGAU__CAGGAUGGGG_AAACAAUUAUACGGGGACAGUACUGCCUGGCCUACGCCCAGCCAGUGCUGCCACACAA .....................................................(.((.(((.((((.(((((....)).))).)))).))))).).... (-13.38 = -13.38 + 0.00)
| Location | 14,967,328 – 14,967,440 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 73.28 |
| Mean single sequence MFE | -38.52 |
| Consensus MFE | -10.23 |
| Energy contribution | -10.62 |
| Covariance contribution | 0.39 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -2.37 |
| Structure conservation index | 0.27 |
| SVM decision value | 0.35 |
| SVM RNA-class probability | 0.699674 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 14967328 112 + 22224390 --GGAU--CAGGAUGGUG-ACUCCAUCAUUCGGGGCCAGUAUUGUUUGGCCUAUGCCCAGCCCGUUUUGCCACACAAUUCGAAGCGAUUGAAGAGUUUCUUCAAGCUGAUCCAAUCA --((((--(.((((((((-....)))))))).(((((((......)))))))......(((.(((((((..........))))))).((((((.....))))))))))))))..... ( -39.90) >DroVir_CAF1 8509 117 + 1 AACGAUGACACGCAGGCGAAUUCGCCGCUGCGCGGCCAAUACUGUUUGGCAUACGCACAGCCAGUGUUACCACAUAAAUCGAAACGUUUGCAGACCUUCUUUAAGCUGCUGCAAUCG ...(.((((((...((((....))))((((.((((((((......)))))...))).))))..)))))).).............((.((((((..(((....)))...)))))).)) ( -40.30) >DroWil_CAF1 8926 114 + 1 AACAAU--GACUCUGGCG-AUACAAUUAUACGUGGACAAUAUUGUUUGGCCUAUGCCCAGCCCGUCUUGCCACACAAAUCAAAACGUUUGCAAACAUUCUUCAAGCUAUUGCAAUCC ......--.......(((-(((.........((((.(((.((.(((.(((....))).)))..)).)))))))............(((((.((......)))))))))))))..... ( -20.70) >DroYak_CAF1 13272 112 + 1 --GGAU--CAGGAUGGGG-ACUCCAUCAUCCGUGGCCAGUACUGCUUGGCCUAUGCCCAGCCAGUUCUGCCACACAAUUCGAAGCGAUUGAAGAGUUUCUUCAAGCUGAUCCAAUCA --((((--(.((((((((-...)).))))))(((((.((.((((((.(((....))).)).)))).))))))).........(((...(((((.....))))).))))))))..... ( -44.70) >DroMoj_CAF1 6954 115 + 1 --CGAUGGCAGCCCGGCGAAUUCACCGCUGCGCGGCCAAUACUGUUUGGCGUAUGCACAGCCAGUGCUGCCACACAAAUCGAAGCGACUGCAGGCGUUCUUCGAGCUACUGCAAUCG --(((((((.((.(((((.......))))).)).))).....(((.(((((...((((.....))))))))).))).))))...(((.(((((..((((...))))..))))).))) ( -44.20) >DroAna_CAF1 4842 112 + 1 --GGAU--CAGGAUGGGG-AGAACCUUCUCCGGGGACAGUACUGCCUCGCGUACGCCCAGCCAGUCCUGCCCCACAAAUCGAAGCGCCUCCAGAGCUUCUUCAAGCUCCUCCAGUCC --(((.--..(((.((((-(((....)))))((((.(((.((((.((.((....))..)).)))).))))))).............))))).((((((....)))))).)))..... ( -41.30) >consensus __CGAU__CAGGAUGGCG_AUUCCAUCAUCCGCGGCCAAUACUGUUUGGCCUAUGCCCAGCCAGUCCUGCCACACAAAUCGAAGCGAUUGCAGACCUUCUUCAAGCUGCUCCAAUCA ...............((..............(.((.(((.((((.(((((....)).))).)))).))))).).........(((...((.((.....)).)).)))...))..... (-10.23 = -10.62 + 0.39)
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