Locus 5762

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 14,945,765 – 14,945,925
Length 160
Max. P 0.746466
window9351 window9352 window9353

overview

Window 1

Location 14,945,765 – 14,945,863
Length 98
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.87
Mean single sequence MFE -39.35
Consensus MFE -22.83
Energy contribution -23.58
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.46
SVM RNA-class probability 0.746466
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14945765 98 + 22224390
----GAUGUCAUCAUC-----AUCCGC--CUCCA-----AUC---AUCCCGGGCAUUCGCAGUCGCAGCAGCGCGCCAGUCACGGCAGCGUCGCCG---CUGUGCUGCAAUCAAUGCCGG
----((((....))))-----......--.....-----...---...((((.((((.((((.((((((.((((((..((....)).))).))).)---)))))))))....)))))))) ( -38.20)
>DroVir_CAF1 2501 114 + 1
CGCAGCUGUCCCAAUCCCAAACCCAAUCCCAUUCGCAAUCCC---AGCAGCAGCAAUCGCAGUCACAGCAGCGCGCCAGCUACGGCAGCGUCGCCG---CUGCGCUGCAGUCAUUGCCUG
.((.(((((.................................---.))))).))....(((((.((.((((((((((......)))((((....))---))))))))).)).)))))... ( -37.28)
>DroSec_CAF1 2150 98 + 1
----GAUGUCAUCAUC-----GUCCGC--CUCCA-----AUC---AUCCCGGGCAUUCGCAGUCGCAGCAGCGCGCCAGUCACGGCAGCGUGGCCG---CUGUGCUGCAGUCAAUGCCGG
----((((....))))-----......--.....-----...---...((((.((((.((((.((((((.(((((((......))).))))....)---)))))))))....)))))))) ( -37.70)
>DroEre_CAF1 2123 98 + 1
----GAUGUCAUCAUC-----GUCCGC--CUCCA-----AUU---AUACGGGGCAUUCGCAGUCGCAGCAGCGCGCCAGCCACGGCAGCGUCGCCG---CUGUGCUGCAGUCAAUGCCGG
----((((....))))-----..((((--(.((.-----...---....)))))....((((.((((((.((((((..((....)).))).))).)---)))))))))..........)) ( -41.50)
>DroYak_CAF1 4437 98 + 1
----GAUGUCAUCAUC-----GUCCGC--CUCCA-----AUC---AUCACGGGCAUUCACAGUCGCAGCAGCGCGCUAGUCACGGCAGCGUCGCCG---CUGUGCUGCAGUCAAUGCCGG
----((((....))))-----......--.....-----...---....(.((((((..(((.((((((.(((((((.((....)))))).))).)---)))))))).....)))))).) ( -36.60)
>DroAna_CAF1 2070 98 + 1
----C------GCCUC-----CUCCGG--CUCCC-----CCUUCGGGCACGCCCAUCCGCAGGCGCAGCAGCGCGCCAGCCAUGGCAGCGUCGCUGCCUCUGUGCUCCAGUCCAUGCCGG
----.------.....-----..((((--(....-----.((..(((((((((........)))(((((.((((((((....)))).)))).)))))....)))))).)).....))))) ( -44.80)
>consensus
____GAUGUCAUCAUC_____GUCCGC__CUCCA_____AUC___AUCACGGGCAUUCGCAGUCGCAGCAGCGCGCCAGCCACGGCAGCGUCGCCG___CUGUGCUGCAGUCAAUGCCGG
...................................................((((((.((((.((((((.(((((((......))).)))).))......))))))))....)))))).. (-22.83 = -23.58 +   0.75)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 2

Location 14,945,826 – 14,945,925
Length 99
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.92
Mean single sequence MFE -42.87
Consensus MFE -30.33
Energy contribution -30.93
Covariance contribution 0.60
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -1.27
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.33
SVM RNA-class probability 0.691707
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14945826 99 + 22224390
CACGGCAGCGUCGCCG---CUGUGCUGCAAUCAAUGCCGGAGGCUGAGCCCGGUUACGGAUCCGGCUCCGGUUCAAUAUCCGGCUCCAGUUCCGGCUCCGGU
..((((((((.((...---.)))))))).......(((((((.(((((((.((.((..((.(((....))).))..)).)))))).))))))))))..)).. ( -42.70)
>DroSec_CAF1 2211 99 + 1
CACGGCAGCGUGGCCG---CUGUGCUGCAGUCAAUGCCGGAGGCUGAGCCCGGUUACGGAUCCGGCUCCGGUUCGAUAUCCGGGUCCAGUUCCGGCUCCGGU
..((((((((..(...---)..)))))).......(((((((.(((..(((((.((((((.(((....))))))).)).)))))..))))))))))..)).. ( -51.80)
>DroEre_CAF1 2184 99 + 1
CACGGCAGCGUCGCCG---CUGUGCUGCAGUCAAUGCCGGAGGCUGAGCCCGGUUACGGAUCCGGCUCCGGUUCGAUAUCCGGCUCCAGUUCCGGCUCCGGU
..((((((((.((...---.)))))))).......(((((((.(((((((.((.((((((.(((....))))))).)).)))))).))))))))))..)).. ( -44.10)
>DroWil_CAF1 10458 75 + 1
UACGGCAGCGUGUCCG---CUGCGCUGCCAACAAUGCCGGAGG-UGAGU---GUUCCGGGU--------------------GGAUCUAAUGCCGGUGCUGGU
...((((((((.....---..))))))))..((..(((((...-..((.---..(((....--------------------))).))....)))))..)).. ( -30.20)
>DroYak_CAF1 4498 99 + 1
CACGGCAGCGUCGCCG---CUGUGCUGCAGUCAAUGCCGGAGGCUGAGCCCGGUUACGGAUCCGGCUCCGGUUCGAUAUCCGGCUCCAGUUCCGGCUCCGGU
..((((((((.((...---.)))))))).......(((((((.(((((((.((.((((((.(((....))))))).)).)))))).))))))))))..)).. ( -44.10)
>DroAna_CAF1 2128 96 + 1
CAUGGCAGCGUCGCUGCCUCUGUGCUCCAGUCCAUGCCGGAGACGGAGCCCGGCUACGGAUCUGGAUCCGGCU------CCGGUUCGAGUUCAGGCUCCGGC
...((((((...))))))((((.((((.((.((..((((((..((((..(((....))).))))..)))))).------..)))).)))).))))....... ( -44.30)
>consensus
CACGGCAGCGUCGCCG___CUGUGCUGCAGUCAAUGCCGGAGGCUGAGCCCGGUUACGGAUCCGGCUCCGGUUCGAUAUCCGGCUCCAGUUCCGGCUCCGGU
....((((((..(......)..)))))).......(((((((.(.((((((((........))))..((((........)))).....)))).).))))))) (-30.33 = -30.93 +   0.60)

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 14,945,826 – 14,945,925
Length 99
Sequences 6
Columns 102
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.92
Mean single sequence MFE -42.22
Consensus MFE -24.87
Energy contribution -27.21
Covariance contribution 2.34
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.42
SVM RNA-class probability 0.729126
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14945826 99 - 22224390
ACCGGAGCCGGAACUGGAGCCGGAUAUUGAACCGGAGCCGGAUCCGUAACCGGGCUCAGCCUCCGGCAUUGAUUGCAGCACAG---CGGCGACGCUGCCGUG
..(((.((((((....(((((((.(((.((.(((....))).)).))).)).)))))....)))))).............(((---((....)))))))).. ( -45.20)
>DroSec_CAF1 2211 99 - 1
ACCGGAGCCGGAACUGGACCCGGAUAUCGAACCGGAGCCGGAUCCGUAACCGGGCUCAGCCUCCGGCAUUGACUGCAGCACAG---CGGCCACGCUGCCGUG
..(((.((((((.(((..(((((.(((.((.(((....))).)).))).)))))..)))..)))))).............(((---((....)))))))).. ( -48.00)
>DroEre_CAF1 2184 99 - 1
ACCGGAGCCGGAACUGGAGCCGGAUAUCGAACCGGAGCCGGAUCCGUAACCGGGCUCAGCCUCCGGCAUUGACUGCAGCACAG---CGGCGACGCUGCCGUG
..(((.((((((....(((((((.(((.((.(((....))).)).))).)).)))))....)))))).............(((---((....)))))))).. ( -45.20)
>DroWil_CAF1 10458 75 - 1
ACCAGCACCGGCAUUAGAUCC--------------------ACCCGGAAC---ACUCA-CCUCCGGCAUUGUUGGCAGCGCAG---CGGACACGCUGCCGUA
.((((((((((....((.(((--------------------....)))..---.))..-...))))...))))))..((((((---((....))))).))). ( -25.30)
>DroYak_CAF1 4498 99 - 1
ACCGGAGCCGGAACUGGAGCCGGAUAUCGAACCGGAGCCGGAUCCGUAACCGGGCUCAGCCUCCGGCAUUGACUGCAGCACAG---CGGCGACGCUGCCGUG
..(((.((((((....(((((((.(((.((.(((....))).)).))).)).)))))....)))))).............(((---((....)))))))).. ( -45.20)
>DroAna_CAF1 2128 96 - 1
GCCGGAGCCUGAACUCGAACCGG------AGCCGGAUCCAGAUCCGUAGCCGGGCUCCGUCUCCGGCAUGGACUGGAGCACAGAGGCAGCGACGCUGCCAUG
.((((..((.(........).))------..)))).(((((.(((((.((((((.......)))))))))))))))).......((((((...))))))... ( -44.40)
>consensus
ACCGGAGCCGGAACUGGAGCCGGAUAUCGAACCGGAGCCGGAUCCGUAACCGGGCUCAGCCUCCGGCAUUGACUGCAGCACAG___CGGCGACGCUGCCGUG
.((((...((((.((((..((((........))))..)))).))))...)))).....(((...)))....((.(((((..............))))).)). (-24.87 = -27.21 +   2.34)

alignment

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