| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,922,005 – 14,922,125 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.640542 |
| Location | 14,922,005 – 14,922,125 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.83 |
| Mean single sequence MFE | -48.40 |
| Consensus MFE | -30.55 |
| Energy contribution | -28.25 |
| Covariance contribution | -2.30 |
| Combinations/Pair | 1.50 |
| Mean z-score | -1.91 |
| Structure conservation index | 0.63 |
| SVM decision value | 0.22 |
| SVM RNA-class probability | 0.640542 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 14922005 120 + 22224390 GCUAUGGGUAGGACCAAGGCGGUGCCGCGUUUCAACGACAAGGAUGAGGUGGUCAAGGCGUAUGUGAUGAGCGUAAGCUGGUCCGCCGACCAUCGCGUCAUCGACGGCGUGACCAUGGCC (((((((.((.(.((((.(((....))).))....(((....((((.(((((((..((((.....(((.(((....))).)))))))))))))).)))).)))..))).)).))))))). ( -52.20) >DroVir_CAF1 2865 120 + 1 GCCAUGGGCAGGACCAAGGCGGUGCCGCGUUUCAAUGAAAAGGACGAGCUGAUCAAGGCGCACAUUAUGAGCGUCAGCUGGUCGGCGGAUCAUCGGGUCAUCGAUGGCGUUACCAUGGCC (((((((((.(.(((.....))).).))..............((((.((((((((.(((((.(.....).)))))...))))))))...(((((((....))))))))))).))))))). ( -48.60) >DroGri_CAF1 1328 120 + 1 GCGAUGGGCAAAACGAUGGUGAAGCCGCGAUUCAACGACAAGGACGAGUUGGUCAAGGCGUAUAUUAUGAGUGUCAGUUGGUCCGCUGAUCAUCGGGUGAUUGACGGCGUCACCAUUGCC ((.....))....(((((((((.(((((((((...(((((.((((.(..(((.((...((((...))))..)))))..).))))..))....)))...))))).)))).))))))))).. ( -40.90) >DroWil_CAF1 1577 120 + 1 GCCAUGGGCAGAACAAAAGCGGUACCACGAUUCAAUGACAAGGAUGAGAUUGUUAAGGCUCAUAUCAUGAGUGUUAGCUGGUCGGCCGAUCAUCGUGUCAUCGAUGGUGUUACCAUGGCU (((((((((.........))..((((((((.....(((((..(((((....(((((.((((((...)))))).)))))(((....))).))))).)))))))).)))))...))))))). ( -44.80) >DroMoj_CAF1 516 120 + 1 GCCAUGGGACGUACGAAGGCGGUGCCGCGCUUCAAUGACAAGGACGAGAUUGUCAAGGCACACAUCAUGAGUGUUAGCUGGUCGGCGGAUCAUCGUGUCAUCGAUGGCGUCACUAUGGCC ((((((((((((.((((.((((((((((((((...((((((........))))))))))((((.......))))..........))))..)))))).)..)))...))))).))))))). ( -46.30) >DroAna_CAF1 1260 120 + 1 GCCAUGGGCCGGACCAAGGCGGUGCCCCGCUUCAACGACAAGGACGAGGUGGUGAAGGCGUACGUGAUGAGCGUGAGCUGGUCGGCCGAUCACCGCGUCAUCGACGGCGUGACCAUGGCC (((((((((((.....((((((....))))))...(((....((((.((((((...(((.....((((.(((....))).))))))).)))))).)))).))).))))....))))))). ( -57.60) >consensus GCCAUGGGCAGGACCAAGGCGGUGCCGCGAUUCAACGACAAGGACGAGAUGGUCAAGGCGCACAUCAUGAGCGUCAGCUGGUCGGCCGAUCAUCGCGUCAUCGACGGCGUCACCAUGGCC (((((((((.........))...((((((.(((........))).((.(((((...(((..((((.....))))..)))((((....))))))))).))..)).))))....))))))). (-30.55 = -28.25 + -2.30)
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