Locus 5733

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 14,820,219 – 14,820,378
Length 159
Max. P 0.998690
window9302 window9303

overview

Window 2

Location 14,820,219 – 14,820,339
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.83
Mean single sequence MFE -40.33
Consensus MFE -38.14
Energy contribution -38.25
Covariance contribution 0.11
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 3.19
SVM RNA-class probability 0.998690
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14820219 120 + 22224390
GUUUCUUUUGGCCAACGCACAAAUCGUCGAUUUCCCGAUCGUCUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUCAGCGGCUAUAACCGUGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUA
................(((((....(.(((((....))))).)..(((((.(((...((((((((.((((..((((.........)))).)))).))))))))))))))))...))))). ( -40.40)
>DroVir_CAF1 13 120 + 1
GUUUCUAUUGGCCAACGCACAAAUCGUCGAUUUUCCGAUCGUCUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUUAGCGGCUACAACCGAGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUA
................(((((....(.(((((....))))).)..(((((.(((...((((((((.((((..(((((.......))))).)))).))))))))))))))))...))))). ( -40.30)
>DroPse_CAF1 11565 120 + 1
GUUUCUUUUGGCCAACGCACAAAUCGUCGAUUUUCCGAUCGUCUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUCAGCGGCUACAACCGGGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUA
................(((((....(.(((((....))))).)..(((((.(((...((((((((.((((..(((((.......))))).)))).))))))))))))))))...))))). ( -41.60)
>DroEre_CAF1 14 120 + 1
GUUUCUUUUGGCUAACGCACAAAUCGUCGAUUUCCCGAUCGUCUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUCAGCGGCUAUAACCGUGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUA
................(((((....(.(((((....))))).)..(((((.(((...((((((((.((((..((((.........)))).)))).))))))))))))))))...))))). ( -40.40)
>DroWil_CAF1 14 120 + 1
GUUUCUAUUGGCAAAUGCACAAAUCGUUGACUUUCCCAUUGUGUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUCAGUGGCUACAAUCGAGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUA
..........((...(((((........((((....((((((.....))))))))))((((((((.((((..(((((.......))))).)))).))))))))..))))).))....... ( -39.00)
>DroMoj_CAF1 14 120 + 1
GUUUCUAUUGGCCAACGCACAAAUCGUCGAUUUUCCGAUCGUCUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUUAGCGGCUACAACCGAGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUA
................(((((....(.(((((....))))).)..(((((.(((...((((((((.((((..(((((.......))))).)))).))))))))))))))))...))))). ( -40.30)
>consensus
GUUUCUAUUGGCCAACGCACAAAUCGUCGAUUUUCCGAUCGUCUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUCAGCGGCUACAACCGAGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUA
................(((((....(.(((((....))))).)..(((((.(((...((((((((.((((..(((((.......))))).)))).))))))))))))))))...))))). (-38.14 = -38.25 +   0.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 14,820,259 – 14,820,378
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.75
Mean single sequence MFE -38.57
Consensus MFE -34.56
Energy contribution -34.20
Covariance contribution -0.36
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.75
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 0.97
SVM RNA-class probability 0.892409
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14820259 119 + 22224390
GUCUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUCAGCGGCUAUAACCGUGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUACGUAUUGCCGAUUUAUACUCACUUCAA-CUACUUUCGCUC
...........(((((.((((((((.((((..((((.........)))).)))).))))))))(((.((((.((((....))))))))))).....)))))......-............ ( -35.80)
>DroVir_CAF1 53 118 + 1
GUCUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUUAGCGGCUACAACCGAGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUACGUAUUGCCGAUUUAUAUUCACUCGCU-CUG-UUGCGCUC
.......(((((((((.((((((((.((((..(((((.......))))).)))).))))))))(((.((((.((((....))))))))))).............)))-).)-)))).... ( -40.80)
>DroPse_CAF1 11605 115 + 1
GUCUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUCAGCGGCUACAACCGGGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUACGUAUUGCCGAUUUAUUCUCACUCCGA-A----CUCGCUC
............((((.((((((((.((((..(((((.......))))).)))).))))))))(((.((((.((((....)))))))))))................-)----))).... ( -36.40)
>DroWil_CAF1 54 120 + 1
GUGUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUCAGUGGCUACAAUCGAGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUACGUAUUGCCGAUUUAUUUUCACUCCGCUCAAAUUGCUGUU
....((.(((((((((.((((((((.((((..(((((.......))))).)))).))))))))(((.((((.((((....)))))))))))..............)))))..)))).)). ( -40.00)
>DroMoj_CAF1 54 118 + 1
GUCUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUUAGCGGCUACAACCGAGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUACGUAUUGCCGAUUUAUUCUCACUCGCU-CUG-UUGCGCUC
.......(((((((((.((((((((.((((..(((((.......))))).)))).))))))))(((.((((.((((....))))))))))).............)))-).)-)))).... ( -40.80)
>DroAna_CAF1 54 116 + 1
GUCUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUCAGCGGCUACAACCGGGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUACGUAUUGCCGAUUUAUUCUC---UCAU-CCUCUUUCGAGU
..........(((((..((((((((.((((..(((((.......))))).)))).))))))))(((.((((.((((....)))))))))))........)---))))-.(((....))). ( -37.60)
>consensus
GUCUACUGCAAUGAGUCCUUCUGCAAGAUCAGCGGCUACAACCGAGCCGAGGUCAUGCAGAAGUCGUGCAGGUAUGUGUACGUAUUGCCGAUUUAUUCUCACUCCAU_CUA_UUGCGCUC
.....(.((((((....((((((((.((((..(((((.......))))).)))).)))))))).((((((......)))))))))))).).............................. (-34.56 = -34.20 +  -0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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