Locus 5670

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 14,668,607 – 14,668,767
Length 160
Max. P 0.696614
window9208 window9209

overview

Window 8

Location 14,668,607 – 14,668,727
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.33
Mean single sequence MFE -42.37
Consensus MFE -30.15
Energy contribution -29.02
Covariance contribution -1.13
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -1.43
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.03
SVM RNA-class probability 0.546258
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14668607 120 + 22224390
GUGAUCUCUGCUGUGUGAUUAGCAGUCUGGCGCAGCUAUUGCUCGAUCCGCAUUUCCGUACUAUCGAUGGCUUCCAAUCGCUGGUGCAGAAGGAGUGGGUGGCCCUGGAGCAUCCGUUUC
(.(((((((((((((((((.....)))..)))))))....(((..((((((.((((.((((((.((((((...)).)))).)))))).))))..)))))))))...)))).))))..... ( -40.20)
>DroGri_CAF1 1017 120 + 1
GCGAUCUGUGCUGUGUCAUUAGCAGCCUCACGCAACUCCUUCUCGAUCCGCAUUUUCGCACCAUCGAUGGAUUUCAGUCACUGGUGCAGAAGGAUUGGGUUGCGUUGGAGCAUCCGUUUC
(((.....(((((......)))))((((.((((((((((((((.((.........))((((((..(((.(....).)))..)))))))))))))....))))))).)).))...)))... ( -40.20)
>DroWil_CAF1 1415 120 + 1
GGGACUUAUGCUGUGUCAUCAGCAGUCUGACUCAACUGCAAUUGGAUCCAUAUUUUCGCAGCAUCGAUGGCUUCCAGUCGCUCAUUCAAAAGGAAUGGAUUGCUCUCGAGCAUCCGUUUC
(.(((..((((((((......(((((........)))))...((....))......))))))))...(((...)))))).)..........(((((((((.(((....)))))))))))) ( -34.10)
>DroYak_CAF1 1442 120 + 1
GUGAUCUGUGCUGUGUGAUCAGCAGUCUAACGCAAUUGCUGCUCGAUCCGCAUUUCCGCACCAUCGAUGGCUUCCAGUCGCUGGUGCAGAAGGAAUGGGUGGCUUUGGAGCAUCCGUUUC
...........((((.((((((((((...........)))))).)))))))).(((.((((((.((((((...))).))).)))))).)))((((((((((.((....)))))))))))) ( -44.30)
>DroMoj_CAF1 1038 120 + 1
GGGAUUUGUGCUGCGUGAUUAGCAGCUUGACUCAGCUGCUACUCGAUCCGCAUUUCCGCACCAUCGACGGCUUCCAGUCGCUGGUGCAAAAGGAAUGGGUGGCCUUGGAGCAUCCGUUCC
.(((..((((.....(((.((((((((......)))))))).)))...))))..)))((((((.((((........)))).))))))....((((((((((.(....)..)))))))))) ( -55.20)
>DroAna_CAF1 1403 120 + 1
GGGAUCUCUGCUGUGUGAUUAGUAGUCUGACCCAGCUCCUGCUUGAUCCUCACUUCCGGAGCAUCGAUGGCUUCCAGUCGCUGAUUCAAAAGGAAUGGGUGGCCCUGGAGCAUCCGUUCC
(((.((.((((((......))))))...))))).(((((.(((((((.(((.......))).))))..))).....((((((.((((.....)))).))))))...)))))......... ( -40.20)
>consensus
GGGAUCUGUGCUGUGUGAUUAGCAGUCUGACGCAACUGCUGCUCGAUCCGCAUUUCCGCACCAUCGAUGGCUUCCAGUCGCUGGUGCAAAAGGAAUGGGUGGCCCUGGAGCAUCCGUUUC
(((.....(((((......)))))......)))........................((((((.((((........)))).))))))....(((((((((.((......))))))))))) (-30.15 = -29.02 +  -1.13)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 14,668,647 – 14,668,767
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.68
Mean single sequence MFE -45.52
Consensus MFE -27.58
Energy contribution -27.37
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.34
SVM RNA-class probability 0.696614
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14668647 120 + 22224390
GCUCGAUCCGCAUUUCCGUACUAUCGAUGGCUUCCAAUCGCUGGUGCAGAAGGAGUGGGUGGCCCUGGAGCAUCCGUUUCAGCGACGCCUGGGUCAUGUCUAUCCUGCCCAGCCGGCCGG
.....((((((.((((.((((((.((((((...)).)))).)))))).))))..))))))(((((((((((....)))))))....(.(((((.((.(.....).))))))).))))).. ( -45.70)
>DroVir_CAF1 1077 114 + 1
GCUCGAUCCGCAUUUUCGCACCAUCGAUGGCUUUCAGUCGCUGGUGCAGAAGGAGUGGGUGGCCUUGGAGCAUCCCUUCCAGCGGCGACUCGGACAUGUGUAUGUAUC------AACAGG
(..(((.((((.(((((((((((.((((........)))).)))))).))))).))))((.(((((((((......)))))).))).)))))..).............------...... ( -40.70)
>DroPse_CAF1 1422 117 + 1
ACUCGAUCCGCACUUCCGUAGCAUCGAUGGCUUCCAGUCGCUGGUGCAGAAGGAGUGGAUCGCCCUCGAGCAUCCCUUCCAGCGUCGGCUCGGACAUGUCUACUCGGC---GACCAACGG
....(((((((.((((.(((.((.((((((...))).))).)).))).))))..)))))))(((....(((((....((((((....))).))).))).))....)))---......... ( -39.10)
>DroGri_CAF1 1057 114 + 1
UCUCGAUCCGCAUUUUCGCACCAUCGAUGGAUUUCAGUCACUGGUGCAGAAGGAUUGGGUUGCGUUGGAGCAUCCGUUUCAGCGUCGAUUGGGUCAUGUCUAUGUGUC------UCGAGG
.(((((..(((((....((((((..(((.(....).)))..))))))(((..((((.((((((((((((((....))))))))).))))).))))...))))))))..------))))). ( -47.10)
>DroMoj_CAF1 1078 114 + 1
ACUCGAUCCGCAUUUCCGCACCAUCGACGGCUUCCAGUCGCUGGUGCAAAAGGAAUGGGUGGCCUUGGAGCAUCCGUUCCAGCGCCGCCUGGGUCAUGUUUAUGUGUC------CAACAG
....(((((.((((((.((((((.((((........)))).))))))....))))))((((((.(((((((....))))))).)))))).))))).......(((...------..))). ( -50.50)
>DroAna_CAF1 1443 120 + 1
GCUUGAUCCUCACUUCCGGAGCAUCGAUGGCUUCCAGUCGCUGAUUCAAAAGGAAUGGGUGGCCCUGGAGCAUCCGUUCCAGCGCCGUCUGGGACAUGUCUAUCCCACCCAGAGCUCUGG
...............(((((((.((((((((.....((((((.((((.....)))).)))))).(((((((....))))))).))))))(((((........)))))....))))))))) ( -50.00)
>consensus
GCUCGAUCCGCAUUUCCGCACCAUCGAUGGCUUCCAGUCGCUGGUGCAGAAGGAGUGGGUGGCCCUGGAGCAUCCGUUCCAGCGCCGACUGGGACAUGUCUAUGCGUC______CACCGG
........(((......((((((.((((........)))).))))))....(((((((((.((......))))))))))).))).................................... (-27.58 = -27.37 +  -0.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:53:40 2006