Locus 5630

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 14,528,020 – 14,528,111
Length 91
Max. P 0.611336
window9144

overview

Window 4

Location 14,528,020 – 14,528,111
Length 91
Sequences 6
Columns 103
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.48
Mean single sequence MFE -22.88
Consensus MFE -11.49
Energy contribution -11.38
Covariance contribution -0.11
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.52
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 0.16
SVM RNA-class probability 0.611336
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14528020 91 - 22224390
-------ACUAUAAAUUGAAGUCAAGUGCUGCCAAUUAGUUG-CUAAAAUUAUUUUAUGAUAUUUUCCGACUAAUUAAAUGAACAUUUACGUUG-CGC---CA
-------........(((....)))((((.((.(((((((((-..((((((((...))))).)))..)))))))))((((....))))..)).)-)))---.. ( -13.10)
>DroVir_CAF1 2923 97 - 1
--UGUGGAACAUAAAUUGCAGUCAAGUGCUGCCAAUUAGUUGGCUAAAAUUAUUUUAUGAUAUUGGCCAACUAAUUAAACCAGCAUU-ACGCUGGACU---GA
--...............(((((.....))))).((((((((((((((.(((((...))))).))))))))))))))...(((((...-..)))))...---.. ( -33.00)
>DroGri_CAF1 2902 97 - 1
GCUAU-GCACAUAAAUUGCAGUCAAGUACUGCCAAUUAGUUGCUAAAAAUUAUUUUAUGAUAUUGGCCAACUAAUUAAACCAGUAUU-ACGCUG-ACU---GA
.....-............(((((((((((((..(((((((((((((..(((((...))))).)))).)))))))))....)))))))-....))-)))---). ( -23.10)
>DroMoj_CAF1 3619 96 - 1
--UGUGGCACAUAAAUUGCAGUCAAGUGCUGCCAAUUAGUUGGCUAAAAUUAUUUUAUGAUAUUGGCCAACUAAUUAAACCGGCAUU-ACGCUG-ACU---GA
--................((((((.(((.((((((((((((((((((.(((((...))))).)))))))))))))).....)))).)-))..))-)))---). ( -35.40)
>DroAna_CAF1 2951 89 - 1
-------ACCAUAAAUUGCAGUCAAGUGCUGCCAAUUAGUUG-CUAAAAUUAUUUUAUGAUAUUGUCCAACUAAUUAAAUGAACAUUAAGGGU---GU---CC
-------(((.......(((((.....))))).(((((((((-.(((.(((((...))))).)))..)))))))))..............)))---..---.. ( -15.90)
>DroPer_CAF1 5934 94 - 1
------GACCAUAAAUUGCAGUCAAGUGCUGCCAAUUAGUUG-CUAAAAUUAUUUUAUGAUAUUGUCCAACUAAUUAAAUGAACAUUAAGG-GG-CGCAUUCG
------(((((.....))..))).(((((.((((((((((((-.(((.(((((...))))).)))..))))))))).(((....)))....-))-)))))).. ( -16.80)
>consensus
______GAACAUAAAUUGCAGUCAAGUGCUGCCAAUUAGUUG_CUAAAAUUAUUUUAUGAUAUUGGCCAACUAAUUAAACCAACAUU_ACGCUG_ACU___CA
.................(((((.....))))).(((((((((...((.(((((...))))).))...)))))))))........................... (-11.49 = -11.38 +  -0.11)

alignment

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