Locus 558

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,610,515 – 1,610,612
Length 97
Max. P 0.999448
window877 window878

overview

Window 7

Location 1,610,515 – 1,610,612
Length 97
Sequences 5
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.83
Mean single sequence MFE -50.64
Consensus MFE -29.00
Energy contribution -29.16
Covariance contribution 0.16
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.96
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 3.61
SVM RNA-class probability 0.999448
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1610515 97 + 22224390
GCCCGGCUAACAGCCGAGCAACACGUGGUCGGU------CAGCAGCAGCCACGUGUUGCUGCCGCGCCUGGUGA-----CCAGU--GGACAUCCUA---G-CGGAGAGCGAAGU
((.((((.....))))(((((((((((((.(..------......).))))))))))))).((((..((((...-----)))).--((....))..---)-)))...))..... ( -41.90)
>DroSec_CAF1 6258 96 + 1
GCCCGGCU-ACAGCCGAGCAACACGUGGUCGGU------CAGCAGCAGCCACGUGUUGCUGCCGUGGCUGGUGG-----CCAGU--GGACCUGCUG---G-CGGAGAGCGGUGU
((((((((-((.((..(((((((((((((.(..------......).))))))))))))))).))))))))..(-----(((((--......))))---)-).....))..... ( -50.20)
>DroSim_CAF1 22240 97 + 1
GCCCGGCUAACAGCCGAGCAACACGUGGUCGGU------CAGCAGCAGCCACGUGUUGCUGCCGUGGCUGGUGG-----CCAGU--GGACCUGCUG---G-CGGAGAGCGGGGU
((((.(((..(((((((((((((((((((.(..------......).)))))))))))))....))))))...(-----(((((--......))))---)-)....))).)))) ( -53.60)
>DroEre_CAF1 7164 93 + 1
GCCGGGC----AGC--AGCAACACGUGGUCAGCA----GGAGCAGGUGCCACGUGUUGCUGCCGCGCCGG-CGG-----CCAGU--GGA---GCUGCUCAAGGAAUUGCGACUG
(((((((----.((--((((((((((((.((.(.----......).)))))))))))))))).)).))))-)..-----.((((--.(.---.((......)).....).)))) ( -49.10)
>DroYak_CAF1 7768 101 + 1
GCCGGGC----AGC--AGCAACACGUGGUCAGCAGCAAGGAGCAGUUGCCACGUGUUGCUGCCACGCCUGGAGGCGACUCCAGUAUGGU---GCUG---G-GGGAGAGCGGAGC
.((((((----.((--((((((((((((.((((.((.....)).))))))))))))))))))...))))))..((..(((((((.....---))))---)-))....))..... ( -58.40)
>consensus
GCCCGGCU_ACAGCCGAGCAACACGUGGUCGGU______CAGCAGCAGCCACGUGUUGCUGCCGCGCCUGGUGG_____CCAGU__GGAC_UGCUG___G_CGGAGAGCGGAGU
((..(((.........(((((((((((((..((........))....))))))))))))))))....((((........))))........................))..... (-29.00 = -29.16 +   0.16) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 1,610,515 – 1,610,612
Length 97
Sequences 5
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.83
Mean single sequence MFE -44.96
Consensus MFE -26.59
Energy contribution -28.15
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.74
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 3.21
SVM RNA-class probability 0.998738
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1610515 97 - 22224390
ACUUCGCUCUCCG-C---UAGGAUGUCC--ACUGG-----UCACCAGGCGCGGCAGCAACACGUGGCUGCUGCUG------ACCGACCACGUGUUGCUCGGCUGUUAGCCGGGC
.....(((((.((-(---(.((.((.((--...))-----.)))).)))).)).)))(((((((((.((......------..)).)))))))))(((((((.....))))))) ( -41.50)
>DroSec_CAF1 6258 96 - 1
ACACCGCUCUCCG-C---CAGCAGGUCC--ACUGG-----CCACCAGCCACGGCAGCAACACGUGGCUGCUGCUG------ACCGACCACGUGUUGCUCGGCUGU-AGCCGGGC
.....((((...(-(---(((.......--.))))-----).....((.(((((((((((((((((.((......------..)).))))))))))))..)))))-.)).)))) ( -41.20)
>DroSim_CAF1 22240 97 - 1
ACCCCGCUCUCCG-C---CAGCAGGUCC--ACUGG-----CCACCAGCCACGGCAGCAACACGUGGCUGCUGCUG------ACCGACCACGUGUUGCUCGGCUGUUAGCCGGGC
.(((.(((....(-(---(((.......--.))))-----)...(((((...(.((((((((((((.((......------..)).))))))))))))))))))..))).))). ( -42.90)
>DroEre_CAF1 7164 93 - 1
CAGUCGCAAUUCCUUGAGCAGC---UCC--ACUGG-----CCG-CCGGCGCGGCAGCAACACGUGGCACCUGCUCC----UGCUGACCACGUGUUGCU--GCU----GCCCGGC
((((.((..(((...)))..))---...--)))).-----..(-((((.(((((((((((((((((((...((...----.)))).))))))))))))--)))----))))))) ( -50.60)
>DroYak_CAF1 7768 101 - 1
GCUCCGCUCUCCC-C---CAGC---ACCAUACUGGAGUCGCCUCCAGGCGUGGCAGCAACACGUGGCAACUGCUCCUUGCUGCUGACCACGUGUUGCU--GCU----GCCCGGC
((...(((.....-.---.)))---......((((((....))))))))(..((((((((((((((((.(.((.....)).).)).))))))))))))--)).----.)..... ( -48.60)
>consensus
ACUCCGCUCUCCG_C___CAGCA_GUCC__ACUGG_____CCACCAGGCGCGGCAGCAACACGUGGCUGCUGCUG______ACCGACCACGUGUUGCUCGGCUGU_AGCCGGGC
.....((((.........(((..........)))............(((((((((((((((((((((.................).))))))))))))..)))))..))))))) (-26.59 = -28.15 +   1.56) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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