Locus 555

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	1,604,686 – 1,604,839
Length	153
Max. P	0.580043

overview

Window 2

Location	1,604,686 – 1,604,799
Length	113
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.63
Mean single sequence MFE	-37.87
Consensus MFE	-27.35
Energy contribution	-29.72
Covariance contribution	2.37
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.82
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.09
SVM RNA-class probability	0.580043
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1604686 113 + 22224390
UCCUCCAUUGUCUCAGCCGGGUCGAGCAUGGCCAUCGCUCUUGGCUAUCAACUAUCAGCUAUCAGCCCUCGCUGACAGGCCCGCCAGGUGGCUGUGCUCCGC---CGUGACCCGUC
.................((((((((((((((((((((((..(((.......)))..)))..(((((....)))))..((....)).)))))))))))))...---...)))))).. ( -43.10)
>DroPse_CAF1 2013 107 + 1
-ACGCCAUUGUCUCAGGUCGCGGUUGCUCAGCCAUUGCCAUU-GCUAUCAGCAAUCAGCCAGCAGGCACCAUCUAC-------CUGGCCGGCUGUCUUCUACUAUCAUGACCCAUC
-..............(((((.(((....(((((...((((((-((.....))))...(((....))).........-------.)))).))))).........))).))))).... ( -27.52)
>DroSec_CAF1 503 113 + 1
UCCUCCAUUGUCUCAGCUGGGUCGAGCAUGGCCAUCGCUCUUGACUAUCAACUAUCAGCUAUCAGCCCUCGCUGACAGCCCCGCCAGGUGGCUGUGUUCCGC---CGUGACCCGUC
..................((((((((((((((((((((..(((.....)))......(((.(((((....))))).)))...))..)))))))))))))...---...)))))... ( -38.20)
>DroSim_CAF1 16458 113 + 1
UCCUCCAUUGUCUCAGCUGGGUCGAGCAUGGCCAUCGCUCUUGGCUAUCAACUAUCAGCUAUCAGCCCUCGCUGACAGCCCCGCCAGGUGGCUGUGUUCCGC---CGUGACCCGUC
..................((((((((((((((((((((.....))............(((.(((((....))))).))).......)))))))))))))...---...)))))... ( -39.50)
>DroEre_CAF1 1682 113 + 1
UCCUCCAUUGUCUCAGGUGGCUCGACCACGGCCAUCGCUCUUGGCUAUCAACUAUCAGCUAUCAGCCCUCGCUGACAGCCCCUCCAGGUGGCUGUGUUCCGC---CGUGACCCGUC
.........(((...(((((...(((.(((((((((((.....))............(((.(((((....))))).))).......))))))))))))))))---)..)))..... ( -39.40)
>DroYak_CAF1 1869 113 + 1
UCCUCCAUUGUCUUAGCUGGGUCGAGCAUGGCCAUCGCUCUUGGCUAUCAACUAUCAGCUAUCAGCCCUCGCUGACAGCCCCACCAGGUGGCUGUGUUCCGC---CGUGACCCGUC
..................((((((((((((((((((((.....))............(((.(((((....))))).))).......)))))))))))))...---...)))))... ( -39.50)
>consensus
UCCUCCAUUGUCUCAGCUGGGUCGAGCAUGGCCAUCGCUCUUGGCUAUCAACUAUCAGCUAUCAGCCCUCGCUGACAGCCCCGCCAGGUGGCUGUGUUCCGC___CGUGACCCGUC
.................(((((((((((((((((((((.....))............(((.(((((....))))).))).......)))))))))))))((....)).)))))).. (-27.35 = -29.72 +   2.37)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	1,604,726 – 1,604,839
Length	113
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.80
Mean single sequence MFE	-41.13
Consensus MFE	-23.90
Energy contribution	-25.52
Covariance contribution	1.61
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-1.62
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	0.08
SVM RNA-class probability	0.574639
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1604726 113 - 22224390
AUCCCGACUAGGACUGAGGGAUGGUCGAUGGGUGACGGGUGACGGGUCACG---GCGGAGCACAGCCACCUGGCGGGCCUGUCAGCGAGGGCUGAUAGCUGAUAGUUGAUAGCCAA
..((((((((...(....)..)))))....(....))))(((((((((.((---.(((.(........)))).))))))))))).....(((((.((((.....)))).))))).. ( -41.80)
>DroPse_CAF1 2052 95 - 1
AU-------------GGCGAAUGGCGAAUGGCGAAUGGGUGAUGGGUCAUGAUAGUAGAAGACAGCCGGCCAG-------GUAGAUGGUGCCUGCUGGCUGAUUGCUGAUAGC-AA
..-------------((((((((((..((.((......)).))..)))))............((((((((.((-------(((.....))))))))))))).)))))......-.. ( -33.00)
>DroSec_CAF1 543 113 - 1
AUCCCGACUAGGACUGAGGGAUGGUCGAUGGGCGACGGGUGACGGGUCACG---GCGGAACACAGCCACCUGGCGGGGCUGUCAGCGAGGGCUGAUAGCUGAUAGUUGAUAGUCAA
..((((.(((((...........((((.....))))..((((....))))(---((........))).)))))))))(((((((((....)))))))))((((........)))). ( -45.40)
>DroSim_CAF1 16498 113 - 1
AUCCCGACUAGGACUGAGGGAUGGUCGAUGGGCGACGGGUGACGGGUCACG---GCGGAACACAGCCACCUGGCGGGGCUGUCAGCGAGGGCUGAUAGCUGAUAGUUGAUAGCCAA
...(((.(((((...........((((.....))))..((((....))))(---((........))).))))))))((((((((((...(((.....)))....)))))))))).. ( -45.80)
>DroEre_CAF1 1722 106 - 1
GUACCGACUAGGACUGAGGGAU-------GGGCGACGGGUGACGGGUCACG---GCGGAACACAGCCACCUGGAGGGGCUGUCAGCGAGGGCUGAUAGCUGAUAGUUGAUAGCCAA
...((..(((((..........-------.........((((....))))(---((........))).))))).))((((((((((...(((.....)))....)))))))))).. ( -38.80)
>DroYak_CAF1 1909 106 - 1
AUCCCGACUAGGAGUGAGGAAU-------GGGCGACGGGUGACGGGUCACG---GCGGAACACAGCCACCUGGUGGGGCUGUCAGCGAGGGCUGAUAGCUGAUAGUUGAUAGCCAA
...((.((((((.((((.....-------.(....).(....)...))))(---((........))).))))))))((((((((((...(((.....)))....)))))))))).. ( -42.00)
>consensus
AUCCCGACUAGGACUGAGGGAUGGUCGAUGGGCGACGGGUGACGGGUCACG___GCGGAACACAGCCACCUGGCGGGGCUGUCAGCGAGGGCUGAUAGCUGAUAGUUGAUAGCCAA
...(((.(((((..........................((((....))))....((........))..))))))))((((((((((...(((.....)))....)))))))))).. (-23.90 = -25.52 +   1.61)

alignment

secondary structure

dotplot

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