Locus 5529

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	14,308,197 – 14,308,459
Length	262
Max. P	0.983991

overview

Window 0

Location	14,308,197 – 14,308,311
Length	114
Sequences	5
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.72
Mean single sequence MFE	-46.08
Consensus MFE	-34.64
Energy contribution	-36.12
Covariance contribution	1.48
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.85
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	1.96
SVM RNA-class probability	0.983881
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14308197 114 + 22224390
GUGAGGGCUGCAAACUGGGGUGGUGGAGGUCCGUAAUUACCACUUGGUGGUGGUGGCGGUCCAUAGUUGCCACUGGGU---GGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUAGGUGGUGGU
....(((((....(((.....)))...)))))...(((((((((((((((..(..((((.((....(..(((((....---)))))..).)).))))..)..))))))))))))))) ( -51.50)
>DroSec_CAF1 20841 114 + 1
GUAAGGGCUGCAAACUGGGGUGGUGGAGGUCCGUAAUUACCACUUGGUGGUGGUGGCGGUCCAUAGUUUCCACUGGGU---GGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUUGGUGGUGGU
......((..(..((..((.(((..(.((.((...(((((((((..((((..((((....)))).....))))..)))---))))))...)).))....)..)))))..)).)..)) ( -45.80)
>DroSim_CAF1 18149 114 + 1
GUGAGGGCUGCAAACUGGGGUGGUGGAGGUCCGUAAUUGCCACUUGGUGGUGGCGGCGGUCCAUAGUUUCCACUGGGU---GGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGU
....(((((....(((.....)))...)))))...((..(((((..((((..((.((((.((......((((((....---...)))))))).)))).))..))))..)))))..)) ( -50.20)
>DroEre_CAF1 17897 114 + 1
GUGAGGGCUGCGAACUGGGGUGGUGGGGGUCCGUAGAUUCCAGUGGGCGGUGGUGGAGGGCCAUAGUUUCCACUGGGC---GGUGGUGGAGGUCCAUAGUUUCCACUGGGUGGUGGU
......((..(.(.(..(((..(((((..((((..(..(((((((((..(((((.....)))))....))))))))).---..)..))))..))))).....)).)..).).)..)) ( -40.20)
>DroWil_CAF1 21116 111 + 1
GUGAGGGCAGCAAAUUGCGGUGGUGGUGGUCCAUAGUUACCACUGGGUGGU------GGGCCAUAUUUGCCAAUGGGUUGUGGUGGUGGUGGUCCAUAGUUGCCACUGGGGGGUGGU
.(.((((((((......(((((((..(........)..)))))))....((------(((((((..(..(((........)))..)..))))))))).)))))).)).)........ ( -42.70)
>consensus
GUGAGGGCUGCAAACUGGGGUGGUGGAGGUCCGUAAUUACCACUUGGUGGUGGUGGCGGUCCAUAGUUUCCACUGGGU___GGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGU
....(((((....(((.....)))...)))))...(((((((((.(((((.....((((.((....(..(((((.......)))))..).)).)))).....))))).))))))))) (-34.64 = -36.12 +   1.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	14,308,197 – 14,308,311
Length	114
Sequences	5
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.72
Mean single sequence MFE	-25.21
Consensus MFE	-17.00
Energy contribution	-18.64
Covariance contribution	1.64
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.18
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.38
SVM RNA-class probability	0.711837
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14308197 114 - 22224390
ACCACCACCUAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACC---ACCCAGUGGCAACUAUGGACCGCCACCACCACCAAGUGGUAAUUACGGACCUCCACCACCCCAGUUUGCAGCCCUCAC
.((((......)))).......(((..(((......---.....(((((...........))))).(((((...)))))......)))..)))........................ ( -24.90)
>DroSec_CAF1 20841 114 - 1
ACCACCACCAAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACC---ACCCAGUGGAAACUAUGGACCGCCACCACCACCAAGUGGUAAUUACGGACCUCCACCACCCCAGUUUGCAGCCCUUAC
.((((......))))(((((..((...(((((....---.....))))).....(((((((..(((((......))))).....)))...))))...))..)))))........... ( -25.70)
>DroSim_CAF1 18149 114 - 1
ACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACC---ACCCAGUGGAAACUAUGGACCGCCGCCACCACCAAGUGGCAAUUACGGACCUCCACCACCCCAGUUUGCAGCCCUCAC
.((((......))))(((((..((...(((((....---.....))))).....(((......(((((......)))))......((....)).)))))..)))))........... ( -27.70)
>DroEre_CAF1 17897 114 - 1
ACCACCACCCAGUGGAAACUAUGGACCUCCACCACC---GCCCAGUGGAAACUAUGGCCCUCCACCACCGCCCACUGGAAUCUACGGACCCCCACCACCCCAGUUCGCAGCCCUCAC
...........(((((..((((((...(((((....---.....)))))..))))))...)))))....((..(((((.......((....))......)))))..))......... ( -25.72)
>DroWil_CAF1 21116 111 - 1
ACCACCCCCCAGUGGCAACUAUGGACCACCACCACCACAACCCAUUGGCAAAUAUGGCCC------ACCACCCAGUGGUAACUAUGGACCACCACCACCGCAAUUUGCUGCCCUCAC
..........((.((((....(((.(((.....(((((........(((.......))).------........))))).....))).)))........((.....))))))))... ( -22.03)
>consensus
ACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACC___ACCCAGUGGAAACUAUGGACCGCCACCACCACCAAGUGGUAAUUACGGACCUCCACCACCCCAGUUUGCAGCCCUCAC
.((((......))))(((((..((.......((((.........)))).......((.(((.....(((((...))))).....))).)).......))..)))))........... (-17.00 = -18.64 +   1.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	14,308,237 – 14,308,351
Length	114
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.39
Mean single sequence MFE	-44.50
Consensus MFE	-27.25
Energy contribution	-29.00
Covariance contribution	1.75
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-2.42
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	1.50
SVM RNA-class probability	0.959416
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14308237 114 + 22224390
CACUUGGUGGUGGUGGCGGUCCAUAGUUGCCACUGGGU---GGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUAGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGAGGUC
((((..((((..(..((((.((...(..((((((.(((---((..((((....)))).....))))).))))))..)...)).))))..)..))))..))))............... ( -46.90)
>DroSec_CAF1 20881 114 + 1
CACUUGGUGGUGGUGGCGGUCCAUAGUUUCCACUGGGU---GGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUUGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGAGGCC
((((..((((..(..(((((((((.....((((..(((---((..((((....)))).....)))))..))))..)))))...))))..)..))))..))))..(((.......))) ( -47.00)
>DroSim_CAF1 18189 114 + 1
CACUUGGUGGUGGCGGCGGUCCAUAGUUUCCACUGGGU---GGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGAGGUC
((((..((((..((.(((((((((.....(((((.(((---((..((((....)))).....))))).)))))..)))))...)))).))..))))..))))............... ( -48.30)
>DroEre_CAF1 17937 114 + 1
CAGUGGGCGGUGGUGGAGGGCCAUAGUUUCCACUGGGC---GGUGGUGGAGGUCCAUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGUGGAGGCC
(((((((..(((((.....)))))....))))))).((---((..((((....))))..((((((((.......)))))))).)))).((((((((((........)))))))))). ( -43.50)
>DroWil_CAF1 21156 98 + 1
CACUGGGUGGU------GGGCCAUAUUUGCCAAUGGGUUGUGGUGGUGGUGGUCCAUAGUUGCCACUGGGGGGUGGUGGUGGUCCAUAGUUGCCGCUGGGUGGU-------------
((((.(((((.------.((((((....(((....)))....))))).((((.((((....((((((....)))))).)))).))))..)..))))).))))..------------- ( -45.00)
>DroPer_CAF1 25680 95 + 1
----------CGGCGGUGGACCGUAGUUUCCGUUGGGC---GGUGGUGGCGGCCCGUAGUUUCCAUUUGGUGGCGGUGGAGGUCCAAAGUUUCCAUUGGGUGG---------GGGUC
----------.(((((.((((....)))))))))((((---.((....)).))))....(..(((((..(((((..(((....)))..)...))))..)))))---------..).. ( -36.30)
>consensus
CACUUGGUGGUGGUGGCGGUCCAUAGUUUCCACUGGGU___GGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGAGGUC
((((..((((.....((((.((....(((((((((........))))))))).........((((((.......)))))))).)))).....))))..))))............... (-27.25 = -29.00 +   1.75)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	14,308,237 – 14,308,351
Length	114
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.39
Mean single sequence MFE	-24.23
Consensus MFE	-13.93
Energy contribution	-14.35
Covariance contribution	0.42
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.56
SVM RNA-class probability	0.780734
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14308237 114 - 22224390
GACCUCCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACCACCUAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACC---ACCCAGUGGCAACUAUGGACCGCCACCACCACCAAGUG
...............(((...((((......(((...((((((((......)))).......((....)).((((.---.....))))......)))))))......))))...))) ( -23.30)
>DroSec_CAF1 20881 114 - 1
GGCCUCCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACCACCAAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACC---ACCCAGUGGAAACUAUGGACCGCCACCACCACCAAGUG
(((.(((.......((((...((((.......((....))...........(((((..(....)...)))))..))---))...)))).......)))..)))..(((......))) ( -27.54)
>DroSim_CAF1 18189 114 - 1
GACCUCCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACC---ACCCAGUGGAAACUAUGGACCGCCGCCACCACCAAGUG
...............(((...((((......(((...((((((((......)))).......((....)).((((.---.....))))......))))...)))...))))...))) ( -24.90)
>DroEre_CAF1 17937 114 - 1
GGCCUCCACCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUAUGGACCUCCACCACC---GCCCAGUGGAAACUAUGGCCCUCCACCACCGCCCACUG
(((........((((......)))).......(((..((((((((......))))......))))..)))......---)))((((((......(((.......)))....)))))) ( -28.90)
>DroWil_CAF1 21156 98 - 1
-------------ACCACCCAGCGGCAACUAUGGACCACCACCACCCCCCAGUGGCAACUAUGGACCACCACCACCACAACCCAUUGGCAAAUAUGGCCC------ACCACCCAGUG
-------------..((((((..(....)..)))....(((.......(((((((......(((.......))).......)))))))......)))...------........))) ( -17.04)
>DroPer_CAF1 25680 95 - 1
GACCC---------CCACCCAAUGGAAACUUUGGACCUCCACCGCCACCAAAUGGAAACUACGGGCCGCCACCACC---GCCCAACGGAAACUACGGUCCACCGCCG----------
((((.---------....((((.(....).)))).......((((((.....))).......((((.(......).---))))..))).......))))........---------- ( -23.70)
>consensus
GACCUCCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACC___ACCCAGUGGAAACUAUGGACCGCCACCACCACCAAGUG
..................(((.(((.......((....)).((((......)))).......((....))...........))).)))......(((.......))).......... (-13.93 = -14.35 +   0.42)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	14,308,275 – 14,308,391
Length	116
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.47
Mean single sequence MFE	-39.44
Consensus MFE	-27.96
Energy contribution	-27.21
Covariance contribution	-0.75
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-1.63
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.35
SVM RNA-class probability	0.701906
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14308275 116 + 22224390
GGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUAGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGAGGUCCAUAGUUACCACUGGGUGGUGGUGGUGGAGGUCCAUAGUU
....(((((..(((((..(..(((((.((((((((((((..(((....(..(((((....)))))..).)))..)))))...))))))).)))))..)..)))))..))))).... ( -46.10)
>DroPse_CAF1 26796 98 + 1
GGUGGUGGCGGCCCGUAGUUUCCAUUUGGUGGCGGUGGAGGUCCAAAGUUUCCAUUGGGUGG---------GGGUCCAAAGUUUCCGUUG---------GGUGGGGGUCCAUAGUU
....((((..((((.((.(..(((((..(((((..(((....)))..)...))))..)))))---------..)(((((........)))---------)))).)))))))).... ( -33.60)
>DroSec_CAF1 20919 116 + 1
GGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUUGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGAGGCCCAUAGUUACCACUUGGAGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUU
......(((..(((((.....((((((...((((((((.((.((....((((((((.......)))))))).)).))....))))))))...))))))..)))))..)))...... ( -39.70)
>DroSim_CAF1 18227 116 + 1
GGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGAGGUCCAUAGUUACCACUUGGAGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUU
......(((..(((((..(..((.(..((((((((((((..(((....(..(((((....)))))..).)))..)))))...)))))))..).))..)..)))))..)))...... ( -42.10)
>DroEre_CAF1 17975 113 + 1
GGUGGUGGAGGUCCAUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGUGGAGGCCCGUAGUUACCAACUGGUGG---UGGUGGGGGUCCAAAGUU
.....((((..(((((.....((((..(.((((..(...((.((.......(((((....))))).......)).))...)..)))).)..))))---..)))))..))))..... ( -41.54)
>DroPer_CAF1 25708 98 + 1
GGUGGUGGCGGCCCGUAGUUUCCAUUUGGUGGCGGUGGAGGUCCAAAGUUUCCAUUGGGUGG---------GGGUCCAAAGUUUCCGUUG---------GGUGGGGGUCCAUAGUU
....((((..((((.((.(..(((((..(((((..(((....)))..)...))))..)))))---------..)(((((........)))---------)))).)))))))).... ( -33.60)
>consensus
GGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUUGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGAGGUCCAUAGUUACCACUGGG_GG___UGGUGGAGGUCCAUAGUU
((((((((.((.((.......(((((..((((...(((....)))......))))..)))))..........)).))....))))))))...........((((....)))).... (-27.96 = -27.21 +  -0.75)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	14,308,275 – 14,308,391
Length	116
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.47
Mean single sequence MFE	-27.27
Consensus MFE	-16.06
Energy contribution	-16.12
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-3.59
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	1.43
SVM RNA-class probability	0.953019
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14308275 116 - 22224390
AACUAUGGACCUCCACCACCACCACCCAGUGGUAACUAUGGACCUCCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACCACCUAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACC
.....((((..(((...(((((......))))).....((((..((((((((.........)))))......)))..))))((((......)))).......)))..))))..... ( -30.60)
>DroPse_CAF1 26796 98 - 1
AACUAUGGACCCCCACC---------CAACGGAAACUUUGGACCC---------CCACCCAAUGGAAACUUUGGACCUCCACCGCCACCAAAUGGAAACUACGGGCCGCCACCACC
.....(((...(((..(---------(((.(....).))))....---------....((((.(....).))))...((((...........))))......)))...)))..... ( -22.90)
>DroSec_CAF1 20919 116 - 1
AACUACGGACCUCCACCACCACCUCCAAGUGGUAACUAUGGGCCUCCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACCACCAAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACC
......(((..(((...(((((......))))).....((((..((((((((.........)))))......)))..))))((((......)))).......)))..)))...... ( -29.30)
>DroSim_CAF1 18227 116 - 1
AACUACGGACCUCCACCACCACCUCCAAGUGGUAACUAUGGACCUCCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACC
......(((..(((...(((((......))))).....((((..((((((((.........)))))......)))..))))((((......)))).......)))..)))...... ( -30.20)
>DroEre_CAF1 17975 113 - 1
AACUUUGGACCCCCACCA---CCACCAGUUGGUAACUACGGGCCUCCACCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUAUGGACCUCCACCACC
.....((((..(((....---..(((....)))......)))..))))...((((......)))).......(((..((((((((......))))......))))..)))...... ( -27.70)
>DroPer_CAF1 25708 98 - 1
AACUAUGGACCCCCACC---------CAACGGAAACUUUGGACCC---------CCACCCAAUGGAAACUUUGGACCUCCACCGCCACCAAAUGGAAACUACGGGCCGCCACCACC
.....(((...(((..(---------(((.(....).))))....---------....((((.(....).))))...((((...........))))......)))...)))..... ( -22.90)
>consensus
AACUAUGGACCCCCACCA___CC_CCAAGUGGUAACUAUGGACCUCCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACCACCAAGUGGAAACUACGGACCUCCACCACC
......(((..(((...............((((.....................(((.....))).......((....))))))(((.....))).......)))..)))...... (-16.06 = -16.12 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	14,308,311 – 14,308,419
Length	108
Sequences	4
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.74
Mean single sequence MFE	-49.15
Consensus MFE	-44.51
Energy contribution	-45.20
Covariance contribution	0.69
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-4.93
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	1.96
SVM RNA-class probability	0.983991
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14308311 108 + 22224390
GGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGAGGUCCAUAGUUACCACUGGGUGGUGGUGGUGGAGGUCCAUAGUUACCACUUGGUGGUGGUGGUGGAGGUCCA
...((.((....((((((((.......))))))))...(((((..(((((((..((((((((..((((....))))..))))))))..)))))))..))))))).)). ( -54.00)
>DroSec_CAF1 20955 108 + 1
GGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGAGGCCCAUAGUUACCACUUGGAGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUACCACUUGGUGGUGGUGGUGGAGGUCCG
(((..(((((..(..((((..((((((..(...(((...((((...(((((((....)))))))))))...)))...)..))))))..))))..)..)))))..))). ( -47.80)
>DroSim_CAF1 18263 108 + 1
GGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGAGGUCCAUAGUUACCACUUGGAGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUACCACUUGGUGGUGGUGGUGGAGGUCCG
(((..(((((..(..((((..((((((..(...(((..(((((...(((((((....))))))))))))..)))...)..))))))..))))..)..)))))..))). ( -51.50)
>DroEre_CAF1 18011 102 + 1
GGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGUGGAGGCCCGUAGUUACCAACUGGUGG---UGGUGGGGGUCCAAAGUUACCAAUUGGUGGU---GGUGGGGGUCCG
...(((((.((.(..((((..(.((((..(..((((..((((..(..(((....)))..---)..))))..))))..)..)))).)..)))).---).)).))).)). ( -43.30)
>consensus
GGAGGUCCGUAGUUUCCACUGGGUGGUGGUGGAGGAGGCCCAUAGUUACCACUUGGAGGUGGUGGUGGAGGUCCAUAGUUACCACUUGGUGGUGGUGGUGGAGGUCCG
(((..(((((.....((((..((((((..(...(((..(((((...(((((((....))))))))))))..)))...)..))))))..)))).....)))))..))). (-44.51 = -45.20 +   0.69)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	14,308,311 – 14,308,419
Length	108
Sequences	4
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.74
Mean single sequence MFE	-30.16
Consensus MFE	-24.80
Energy contribution	-25.11
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-4.45
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	1.58
SVM RNA-class probability	0.965643
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14308311 108 - 22224390
UGGACCUCCACCACCACCACCAAGUGGUAACUAUGGACCUCCACCACCACCACCCAGUGGUAACUAUGGACCUCCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCC
.(((..(((.......((((...(((((......(((..((((..(((((......))))).....))))..)))......)))))...)))).......)))..))) ( -30.64)
>DroSec_CAF1 20955 108 - 1
CGGACCUCCACCACCACCACCAAGUGGUAACUACGGACCUCCACCACCACCUCCAAGUGGUAACUAUGGGCCUCCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCC
.(((..(((...(((((......)))))......(((..((((..(((((......))))).....))))..)))(((((.........)))))......)))..))) ( -29.60)
>DroSim_CAF1 18263 108 - 1
CGGACCUCCACCACCACCACCAAGUGGUAACUACGGACCUCCACCACCACCUCCAAGUGGUAACUAUGGACCUCCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCC
.(((..(((...(((((......)))))......(((..((((..(((((......))))).....))))..)))(((((.........)))))......)))..))) ( -30.50)
>DroEre_CAF1 18011 102 - 1
CGGACCCCCACC---ACCACCAAUUGGUAACUUUGGACCCCCACCA---CCACCAGUUGGUAACUACGGGCCUCCACCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCC
.(((..(((...---...((((((((((.....(((....)))...---..))))))))))......)))..)))....((((......))))...(....)...... ( -29.90)
>consensus
CGGACCUCCACCACCACCACCAAGUGGUAACUACGGACCUCCACCACCACCACCAAGUGGUAACUAUGGACCUCCUCCACCACCACCCAGUGGAAACUACGGACCUCC
.(((..(((.......((((...(((((......(((..((((((((.........)))))......)))..)))......)))))...)))).......)))..))) (-24.80 = -25.11 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	14,308,351 – 14,308,459
Length	108
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.14
Mean single sequence MFE	-40.28
Consensus MFE	-21.65
Energy contribution	-22.02
Covariance contribution	0.37
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-2.14
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	1.40
SVM RNA-class probability	0.949867
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14308351 108 + 22224390
CAUAGUUACCACUGGGUGGUGGUGGUGGAGGUCCAUAGUUACCACUUGGUGGUGGUGGUGGAGGUCCA---GAGUGUCCGAUAGUCUGGUACUUCUGGGCGUGCACAGAUC
.....(((((((..((((((((..((((....))))..))))))))..)))))))..(((.(.(((((---(((((.(((......)))))).))))))).).)))..... ( -52.60)
>DroSec_CAF1 20995 108 + 1
CAUAGUUACCACUUGGAGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUACCACUUGGUGGUGGUGGUGGAGGUCCG---GAGUGUCCGAUAGUCUGGUACUUCUGGGCGUGCACAGAAC
......(((((((....)))))))(((.(.((((....((((((((....)))))))).(((((((((---((.(((...))).))))).)))))))))).).)))..... ( -43.90)
>DroSim_CAF1 18303 108 + 1
CAUAGUUACCACUUGGAGGUGGUGGUGGAGGUCCGUAGUUACCACUUGGUGGUGGUGGUGGAGGUCCG---GAGUGUCCGAUAGUCUGGUACUUCUGGGCGUGCACAGAAC
......(((((((....)))))))(((.(.((((....((((((((....)))))))).(((((((((---((.(((...))).))))).)))))))))).).)))..... ( -43.90)
>DroEre_CAF1 18051 102 + 1
CGUAGUUACCAACUGGUGG---UGGUGGGGGUCCAAAGUUACCAAUUGGUGGU---GGUGGGGGUCCG---GAGUGUCCGAUGGUCUGGUACUUCUGGGCAUGCACAGAGC
.....(((((((.((((..---(..(((....)))..)..)))).))))))).---.(((.(.(((((---(((((.(((......)))))).))))))).).)))..... ( -37.00)
>DroWil_CAF1 21254 82 + 1
-----------------------GGUGGUGGUCCAUAGUUACCACUGGGUGGUGGCGGUGG---CAAA---GAGUGUCCGAUAGUCUGGUACUUUUGAGCGUGCACCGAGC
-----------------------..((((((.((((.((((((((...)))))))).))))---).((---(((((.(((......)))))))))).......)))))... ( -28.60)
>DroAna_CAF1 84576 92 + 1
-------------------UGGUGGCGGAGGGCCGUAAUUGCCACUGGGCGGCGGAGGUGGAGGUCCAGCCGAGUGGCCAAUGGUCUGGUACUUCUGAGCAUGCACCGAGC
-------------------.((((.((((((((((..(((((((((.(((...(((........))).))).))))).))))....)))).))))))......)))).... ( -35.70)
>consensus
CAUAGUUACCACUUGG_GGUGGUGGUGGAGGUCCAUAGUUACCACUUGGUGGUGGUGGUGGAGGUCCA___GAGUGUCCGAUAGUCUGGUACUUCUGGGCGUGCACAGAGC
........................((((....))))..(((((((...)))))))..(((.(.(((((...(((((.(((......)))))))).))))).).)))..... (-21.65 = -22.02 +   0.37)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:50:15 2006