Locus 5515

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	14,281,766 – 14,281,990
Length	224
Max. P	0.912832

overview

Window 9

Location	14,281,766 – 14,281,871
Length	105
Sequences	4
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.38
Mean single sequence MFE	-29.80
Consensus MFE	-20.25
Energy contribution	-19.94
Covariance contribution	-0.31
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.45
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.92
SVM RNA-class probability	0.881328
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14281766 105 + 22224390
GAUCGAAUCCAUCGCUUAUACAUCCAGUGCAUUCAAAUA-CAUGUAUGUAUAAUGUGUAUGCAUGGAGUUCGGGUGCGUGUGUGCGGUGCAUAUUGAAUUUAUAAU
..((((((.((((((.(((((.((((.(((((.((.(((-((....)))))....)).)))))))))((......))))))).)))))).)).))))......... ( -28.50)
>DroSec_CAF1 22269 102 + 1
GAUCGAAUCCAUCGCUUAUACAUCCAGUGC---CACAUA-CAUGUACAUAUAAUAUGUAUGCAUGGAGUUGGGGUGCGUGUGUGCGGUGCAUAUUGAAUUUAUAAU
..((((((.((((((.(((((.(((((..(---((((((-(((((.......)))))))))..)))..)))))....))))).)))))).)).))))......... ( -31.60)
>DroSim_CAF1 26351 102 + 1
GAUCGAAUCCAUCGCUUAUACAUCCAGUGC---CACAUA-CAUGUAUAUAUAAUAUGUAUGCAUGGAGUUGGGGUGCGUGUGUGCGGUGCAUAUUGAAUUUAUAAU
..((((((.((((((.(((((.(((((..(---((((((-(((((.......)))))))))..)))..)))))....))))).)))))).)).))))......... ( -31.60)
>DroEre_CAF1 24254 89 + 1
GAUCGAGUCCAUCGCUUAU---UCCAGUGC---CAUGUAU-----------AAUAUGUAUGCAUGGAGCUCGGGCGCGUGUGUGCGAUGCAUAUUGAAUUUAUAAU
..((((...((((((....---.(((((.(---(((((((-----------(.....))))))))).))).))(((....)))))))))....))))......... ( -27.50)
>consensus
GAUCGAAUCCAUCGCUUAUACAUCCAGUGC___CACAUA_CAUGUAUAUAUAAUAUGUAUGCAUGGAGUUCGGGUGCGUGUGUGCGGUGCAUAUUGAAUUUAUAAU
..((((((.((((((.(((((.((((.(((....(((((..............)))))..)))))))((......))))))).)))))).)).))))......... (-20.25 = -19.94 +  -0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	14,281,871 – 14,281,990
Length	119
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.82
Mean single sequence MFE	-38.88
Consensus MFE	-37.18
Energy contribution	-37.46
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.44
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	1.09
SVM RNA-class probability	0.912832
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14281871 119 + 22224390
GCACGGUUGAUAGAUUCUGGCUUUGCAUCCUGUCAACUGCAAGCUGUUUGCCAGGACUGCCUUUUGUCCCGAUUGUUCGGACAGGCGGAGUCAAUCAACGGACAAAAGUUGAUUUCGCA-
((...((((((.(((((((.(...((((((((.(((..((.....))))).))))).)))....(((((.((....)))))))).))))))).)))))).(((....)))......)).- ( -39.00)
>DroSec_CAF1 22371 120 + 1
GCACGGUUGAUAGAUUCUGGCUUUGCAUCCUGUCAACUGCAAGCUGUUUGCCACGACUGCCUUUUGUCCCGAUUGUUCGGACAGGCGGGGUCAAUCAACGGACAAAAGUCGAUUUCGCAA
((...((((((.(((((((((...(((.(.(((.....))).).)))..)))).))((((((...((((.((....)))))))))))).))).)))))).(((....)))......)).. ( -37.50)
>DroSim_CAF1 26453 119 + 1
GCACGGUUGAUAGAUUCUGGCUUUGCAUCCUGUCAACUGCAAGCUGUUUGCCAGGACUGCCUUUUGUCCCGAUUGUUCGGACAGGCGGAGUCAAUCAACGGACAAAAGUCGAUUUCGCA-
((...((((((.(((((((.(...((((((((.(((..((.....))))).))))).)))....(((((.((....)))))))).))))))).)))))).(((....)))......)).- ( -41.20)
>DroEre_CAF1 24343 119 + 1
GCACGCUUGAUAGAUUCUGGCUUUGCAUCCUGUCAACUGCAAGCUGUUUGCCACGACUGCCUUUUGUCCCGAUUGUUCGGACAGGCGGAGUCAAUCAACGGACAAAAGUCGAUUUCGCA-
((.((.(((((.(((((((((...(((.(.(((.....))).).)))..)))......((((...((((.((....)))))))))))))))).)))))))(((....)))......)).- ( -36.90)
>DroYak_CAF1 25873 119 + 1
GCACGGUUGAUAGAUUCUGGCUUUGCAUCCUGUCAACUGCAAGCUGUUUGCCAGUACUGCCUUUUGUCCCGAUUGUUCGGACAGGCGGAGUCAAUCAACGGACAAAAGUCGAUUUCGCA-
((...((((((.(((((((((...(((.(.(((.....))).).)))..)))))..((((((...((((.((....)))))))))))))))).)))))).(((....)))......)).- ( -39.80)
>consensus
GCACGGUUGAUAGAUUCUGGCUUUGCAUCCUGUCAACUGCAAGCUGUUUGCCAGGACUGCCUUUUGUCCCGAUUGUUCGGACAGGCGGAGUCAAUCAACGGACAAAAGUCGAUUUCGCA_
((...((((((.(((((((((...(((.(.(((.....))).).)))..)))))..((((((...((((.((....)))))))))))))))).)))))).(((....)))......)).. (-37.18 = -37.46 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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