Locus 5431

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 14,164,183 – 14,164,289
Length 106
Max. P 0.800687
window8808

overview

Window 8

Location 14,164,183 – 14,164,289
Length 106
Sequences 6
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.41
Mean single sequence MFE -42.58
Consensus MFE -23.73
Energy contribution -24.03
Covariance contribution 0.30
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -3.52
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.62
SVM RNA-class probability 0.800687
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14164183 106 - 22224390
CCCAUGCCCAUACGAAUGGUAACUUCUCAUGUCCAG-------CGAGCUGGCAUUCGCAGGACAUGA---GGAGUUGGUAUUUGGUCAAUGCGUCAGUUUUACGGCUCGUAAUGCU
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>DroPse_CAF1 83752 104 - 1
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>DroSec_CAF1 74716 106 - 1
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>DroSim_CAF1 52636 106 - 1
UCCAUGCCCAUGCGAAUGGCAACUUCUCAUGUCCAG-------CGAGCUGGCAUUCGCAGGACAUGA---GGAGUUGGUAUUUGGUCAAUGCGUCAGUUUUACGGCUCGUAAUGCU
...((((.....((((((.(((((((((((((((.(-------((((......))))).))))))))---))))))).))))))......)))).(((.(((((...))))).))) ( -43.70)
>DroEre_CAF1 64481 106 - 1
UCCAUGGCCAUACGAAUAGCAACUUCUCAUGUCCAG-------CGAGCAAGCAUUCGCCGGACAUGA---GGAGUUGGUAUUUGGUCAAUGCGUCAGUUUUACGGCUCGUAAUGCU
....(((((((.((((((.(((((((((((((((.(-------((((......))))).))))))))---))))))).))))))....))).))))((.(((((...))))).)). ( -47.70)
>DroYak_CAF1 65254 106 - 1
CUCAUGCCCAUACGAAUAGCAACUUCUCAUGUCCAG-------CGAGCAAGCAUUCGCAGGACAUGA---GGAGUUGGUAUUUGGUCAAUGCGUCAGUUUUACGGCUCGUAAUGCU
...((((.....((((((.(((((((((((((((.(-------((((......))))).))))))))---))))))).))))))......)))).(((.(((((...))))).))) ( -45.10)
>consensus
UCCAUGCCCAUACGAAUGGCAACUUCUCAUGUCCAG_______CGAGCUGGCAUUCGCAGGACAUGA___GGAGUUGGUAUUUGGUCAAUGCGUCAGUUUUACGGCUCGUAAUGCU
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