Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,550,506 – 1,550,639 |
Length | 133 |
Max. P | 0.956998 |
Location | 1,550,506 – 1,550,623 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.31 |
Mean single sequence MFE | -52.40 |
Consensus MFE | -31.92 |
Energy contribution | -33.87 |
Covariance contribution | 1.95 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -1.85 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 0.92 |
SVM RNA-class probability | 0.882665 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1550506 117 - 22224390 CCGGUGCACCCCGUCGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCACACGCUGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCUCUCGGUGGUGCAGCAUCUGCAGUACGUCGGCGGCGGACUC ..(.(((((((((..((.(((((((((((((.(((....))).)))))..(((((....))))).)))))))).))...))).)))))).).(((((.((......)).)))))... ( -67.60) >DroPse_CAF1 17909 111 - 1 CUGGUCUACCCAG---UGGUGGCU---GCGGAAGCACACGCCGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCCCAACUGUCGGUGGUGCAGCAUUUGCAGUAUGCAGGCGGUGGUUUU ((((.....))))---..(((..(---((....))))))(((((((((..(((((....))))).(((.((((.......)).))))).((((.......)))).)))))))))... ( -50.10) >DroGri_CAF1 16692 109 - 1 CUGUUGCAUCCCGUUGU------UGCGGCCGAGGCGCAUGCCGCCGCCAAGUUACUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCUCUCCGUGGUGCAGCAUCUACAGUAUCCGGGCCAUGGCA-- .((((((.....(((((------((((((.(.(((....))).).)))..(.....)..)))))))).(((((........)))))))))))..............((....)).-- ( -38.40) >DroEre_CAF1 14430 117 - 1 CCAGUGCACCCUGUUGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCGCACGCUGCCGCCAAGCUGCUUAAGCAACAGCAGCCACAGCUGUCGGUGGUGCAGCAUCUGCAGUACGUGGGCGGCGGACUC ....(((((((((..((.(((((((((((((.(((....))).)))))..(((.....)))....)))))))).))...))).))))))...(((((.((......)).)))))... ( -58.30) >DroAna_CAF1 16979 111 - 1 CUGGG----CCUGC--CGGUGGCGGCAGCAGAGGCCCAUGCUGCUGCCAAGCUCCUGAAGCAGCAGCAACCGCAGCUGUCGGUGGUGCAGCAUUUGCAGUAUACGGGUGGUGGACUG .((((----(((((--((....)))).....)))))))(((((((((..((...))...))))))))).(((((.((((..(((.(((((...))))).))))))).).)))).... ( -48.70) >DroPer_CAF1 17649 111 - 1 CUGGUCUACCCAG---UGGUGGCU---GCGGAAGCACACGCCGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCCCAACUGUCGGUGGUGCAGCAUCUGCAGUAUGCAGGCGGUGGUUUU ((((.....))))---..(((..(---((....))))))(((((((((..(((((....))))).((((((((.......)).)))((((...))))....))).)))))))))... ( -51.30) >consensus CUGGUGCACCCAGU__UGGUGGCUGCGGCGGAGGCACACGCCGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCUGUCGGUGGUGCAGCAUCUGCAGUAUGCGGGCGGUGGACUC .........((.........((((((.((((.(((....))).))))...(((((....))))).))))))...((((((.(((.(((((...))))).)))...)))))))).... (-31.92 = -33.87 + 1.95)
Location | 1,550,546 – 1,550,639 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 93 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.96 |
Mean single sequence MFE | -45.02 |
Consensus MFE | -37.78 |
Energy contribution | -38.62 |
Covariance contribution | 0.84 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -2.86 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 1.47 |
SVM RNA-class probability | 0.956998 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1550546 93 - 22224390 AGGAGUCGGCACCGAACCGGUGCACCCCGUCGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCACACGCUGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCU .((.((..((((((...)))))))).))...((.(((((((((((((.(((....))).)))))..(((((....))))).)))))))).)). ( -54.00) >DroSec_CAF1 12921 93 - 1 AGGAGUCGGCACCGAGCCAGUACACCCCGUCGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCACACGCUGCCGCUAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCU .((..(((....))).))(((.(((......)))(((((((((((((.(((....))).)))))..(((((....))))).)))))))).))) ( -46.20) >DroSim_CAF1 14711 93 - 1 AGGAGUCGGCACCGAGCCAGUACACCCCGUCGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCACACGCUGCCGCUAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCU .((..(((....))).))(((.(((......)))(((((((((((((.(((....))).)))))..(((((....))))).)))))))).))) ( -46.20) >DroEre_CAF1 14470 93 - 1 AGGAGUCGGCACCGAGCCAGUGCACCCUGUUGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCGCACGCUGCCGCCAAGCUGCUUAAGCAACAGCAGCCACAGCU (((.((..((((.......)))))))))((((((((.((((.(((((.(((....))).)))))..(((.....)))..)))).)))))))). ( -44.50) >DroYak_CAF1 13205 93 - 1 AGGAGACGGCACCGAACCAGUACACCCUGUCGUGGUCGCUGCAGCGGAGGCGCACGCUGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAACU .(....)(((..(((..(((......))))))..)))(((((.((((.(((....))).))))...(((((....))))).)))))....... ( -38.10) >DroPer_CAF1 17689 87 - 1 AGGGCUCGGAUCCGAUCUGGUCUACCCAG---UGGUGGCU---GCGGAAGCACACGCCGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCCCAACU .(((((((((((......))))).....(---((((((((---((....)))...))))))))...(((((....))))).).)))))..... ( -41.10) >consensus AGGAGUCGGCACCGAGCCAGUACACCCCGUCGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCACACGCUGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCU .((..(((....))).))(((.(((......)))(((((((((((((.(((....))).)))))..(((((....))))).)))))))).))) (-37.78 = -38.62 + 0.84)
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