Locus 5398

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 14,045,469 – 14,045,600
Length 131
Max. P 0.999932
window8758 window8759 window8760 window8761

overview

Window 8

Location 14,045,469 – 14,045,560
Length 91
Sequences 5
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.84
Mean single sequence MFE -32.18
Consensus MFE -28.74
Energy contribution -28.98
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -3.69
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 4.36
SVM RNA-class probability 0.999880
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14045469 91 + 22224390
----------GCGCUCUUCGCUCUGCUCACGCACUGUUAACCGAACGUUAACAGUGCAAGAGAGCGCCAGCUCUCAAUGUUGCAUUUGUUUACAGUACAUU
----------(..((.(..((..(((..(((((((((((((.....)))))))))))..((((((....))))))...)).)))...))..).))..)... ( -32.20)
>DroSec_CAF1 14208 91 + 1
----------GCGCUCUUCGCUCUGCUCACGCACUGUUAACCGAACGUUAACAGUGCAAGAGAGCGCCAGCUCUCAAUGUUGCAUUUGUUUACAGUACAUU
----------(..((.(..((..(((..(((((((((((((.....)))))))))))..((((((....))))))...)).)))...))..).))..)... ( -32.20)
>DroSim_CAF1 14565 91 + 1
----------GCGCUCUUCGCUCUGCUCACGCACUGUUAACCGAACGUUAACAGUGCAAGAGAGCGCCAGCUCUCCAUGUUGCAUUUGUUUACAGUACAUU
----------(..((.(..((..(((..(((((((((((((.....)))))))))))..((((((....))))))...)).)))...))..).))..)... ( -31.30)
>DroEre_CAF1 14418 101 + 1
CUCGCCAUCGGCGCUCUUCGCUCCGCUCACGCACUGUUAACCCAGCGUUAACAGUGUGAGAGAGCGCCAGCACACAAUGUUGCAUAUCGUUACAGUACAUU
.........(((((((((.((...))...((((((((((((.....)))))))))))).))))))))).(((........))).................. ( -35.70)
>DroYak_CAF1 14181 101 + 1
CUCUCCAUCGCCGCUCUUCGCUCUGCUCACGCACUGUUAACCGAGCAUUAACAGUGCGAGAGAGCGUCAGCUUACAAUGUUGCAUUUCUUUACAGUACAUU
............(((...((((((.(((..((((((((((.......)))))))))))))))))))..)))....(((((.((...........))))))) ( -29.50)
>consensus
__________GCGCUCUUCGCUCUGCUCACGCACUGUUAACCGAACGUUAACAGUGCAAGAGAGCGCCAGCUCUCAAUGUUGCAUUUGUUUACAGUACAUU
..........((((((((.((...))....(((((((((((.....)))))))))))..))))))))((((.......))))................... (-28.74 = -28.98 +   0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 14,045,469 – 14,045,560
Length 91
Sequences 5
Columns 101
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.84
Mean single sequence MFE -36.88
Consensus MFE -34.04
Energy contribution -33.88
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.72
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 4.64
SVM RNA-class probability 0.999932
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14045469 91 - 22224390
AAUGUACUGUAAACAAAUGCAACAUUGAGAGCUGGCGCUCUCUUGCACUGUUAACGUUCGGUUAACAGUGCGUGAGCAGAGCGAAGAGCGC----------
(((((..((((......)))))))))....(((..((((((((((((((((((((.....)))))))))))..))).))))))...)))..---------- ( -35.20)
>DroSec_CAF1 14208 91 - 1
AAUGUACUGUAAACAAAUGCAACAUUGAGAGCUGGCGCUCUCUUGCACUGUUAACGUUCGGUUAACAGUGCGUGAGCAGAGCGAAGAGCGC----------
(((((..((((......)))))))))....(((..((((((((((((((((((((.....)))))))))))..))).))))))...)))..---------- ( -35.20)
>DroSim_CAF1 14565 91 - 1
AAUGUACUGUAAACAAAUGCAACAUGGAGAGCUGGCGCUCUCUUGCACUGUUAACGUUCGGUUAACAGUGCGUGAGCAGAGCGAAGAGCGC----------
......((((..((...........(((((((....))))))).(((((((((((.....)))))))))))))..)))).((.....))..---------- ( -35.30)
>DroEre_CAF1 14418 101 - 1
AAUGUACUGUAACGAUAUGCAACAUUGUGUGCUGGCGCUCUCUCACACUGUUAACGCUGGGUUAACAGUGCGUGAGCGGAGCGAAGAGCGCCGAUGGCGAG
..(((..((((......)))).(((((.(((((..((((((((((((((((((((.....)))))))))..))))).))))))...))))))))))))).. ( -41.60)
>DroYak_CAF1 14181 101 - 1
AAUGUACUGUAAAGAAAUGCAACAUUGUAAGCUGACGCUCUCUCGCACUGUUAAUGCUCGGUUAACAGUGCGUGAGCAGAGCGAAGAGCGGCGAUGGAGAG
.......((((......)))).((((((..(((..((((((((((((((((((((.....)))))))))))..))).))))))...))).))))))..... ( -37.10)
>consensus
AAUGUACUGUAAACAAAUGCAACAUUGAGAGCUGGCGCUCUCUUGCACUGUUAACGUUCGGUUAACAGUGCGUGAGCAGAGCGAAGAGCGC__________
(((((..((((......)))))))))....(((..((((((((((((((((((((.....)))))))))))..))).))))))...)))............ (-34.04 = -33.88 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 14,045,482 – 14,045,600
Length 118
Sequences 5
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.54
Mean single sequence MFE -39.72
Consensus MFE -32.72
Energy contribution -33.60
Covariance contribution 0.88
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -4.06
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 3.63
SVM RNA-class probability 0.999470
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14045482 118 + 22224390
UGCUCACGCACUGUUAACCGAACGUUAACAGUGCAAGAGAGCGCCAGCUCUCAAUGUUGCAUUUGUUUACAGUACAUUGGCCGAAAUGCAGCAACAUAUGCAAUGAAUUCAGGAUUUA
(((....(((((((((((.....)))))))))))..((((((....))))))..((((((((((.....(((....)))....))))))))))......)))................ ( -40.80)
>DroSec_CAF1 14221 118 + 1
UGCUCACGCACUGUUAACCGAACGUUAACAGUGCAAGAGAGCGCCAGCUCUCAAUGUUGCAUUUGUUUACAGUACAUUGGCCGAAAUGCAGCAACAUAUGCAAUGAAUUCACGGUUUC
(((....(((((((((((.....)))))))))))..((((((....))))))..((((((((((.....(((....)))....))))))))))......)))................ ( -40.80)
>DroSim_CAF1 14578 118 + 1
UGCUCACGCACUGUUAACCGAACGUUAACAGUGCAAGAGAGCGCCAGCUCUCCAUGUUGCAUUUGUUUACAGUACAUUGGCCGAAAUGCAGCAACAUAUGCAAUGAAUUCACGAUUUC
(((....(((((((((((.....)))))))))))..((((((....))))))..((((((((((.....(((....)))....))))))))))......)))................ ( -39.90)
>DroEre_CAF1 14441 92 + 1
CGCUCACGCACUGUUAACCCAGCGUUAACAGUGUGAGAGAGCGCCAGCACACAAUGUUGCAUAUCGUUACAGUACAUUGGUCGAAAUGCAGC--------------------------
(((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))............(((((((.(((...(((....)))..))).)))))))-------------------------- ( -35.00)
>DroYak_CAF1 14204 118 + 1
UGCUCACGCACUGUUAACCGAGCAUUAACAGUGCGAGAGAGCGUCAGCUUACAAUGUUGCAUUUCUUUACAGUACAUUGGGCGAAAUGCAGCAGUACAUGCAAUGACUUUACGAUGCA
..(((.(((((((((((.......))))))))))).))).(((((.((......(((((((((((....(((....)))...)))))))))))......))...(......)))))). ( -42.10)
>consensus
UGCUCACGCACUGUUAACCGAACGUUAACAGUGCAAGAGAGCGCCAGCUCUCAAUGUUGCAUUUGUUUACAGUACAUUGGCCGAAAUGCAGCAACAUAUGCAAUGAAUUCACGAUUUA
.......(((((((((((.....)))))))))))..((((((....))))))..((((((((((.....(((....)))....))))))))))......................... (-32.72 = -33.60 +   0.88)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 14,045,482 – 14,045,600
Length 118
Sequences 5
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.54
Mean single sequence MFE -39.04
Consensus MFE -31.50
Energy contribution -32.54
Covariance contribution 1.04
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.27
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 3.08
SVM RNA-class probability 0.998382
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 14045482 118 - 22224390
UAAAUCCUGAAUUCAUUGCAUAUGUUGCUGCAUUUCGGCCAAUGUACUGUAAACAAAUGCAACAUUGAGAGCUGGCGCUCUCUUGCACUGUUAACGUUCGGUUAACAGUGCGUGAGCA
.....((.(..((((((((((.((((((((((((......))))))..)).)))).))))))...))))..).)).((((...((((((((((((.....)))))))))))).)))). ( -40.10)
>DroSec_CAF1 14221 118 - 1
GAAACCGUGAAUUCAUUGCAUAUGUUGCUGCAUUUCGGCCAAUGUACUGUAAACAAAUGCAACAUUGAGAGCUGGCGCUCUCUUGCACUGUUAACGUUCGGUUAACAGUGCGUGAGCA
....(((.(..((((((((((.((((((((((((......))))))..)).)))).))))))...))))..)))).((((...((((((((((((.....)))))))))))).)))). ( -40.60)
>DroSim_CAF1 14578 118 - 1
GAAAUCGUGAAUUCAUUGCAUAUGUUGCUGCAUUUCGGCCAAUGUACUGUAAACAAAUGCAACAUGGAGAGCUGGCGCUCUCUUGCACUGUUAACGUUCGGUUAACAGUGCGUGAGCA
......((.......((((((.((((((((((((......))))))..)).)))).))))))((((((((((....))))))).(((((((((((.....)))))))))))))).)). ( -40.70)
>DroEre_CAF1 14441 92 - 1
--------------------------GCUGCAUUUCGACCAAUGUACUGUAACGAUAUGCAACAUUGUGUGCUGGCGCUCUCUCACACUGUUAACGCUGGGUUAACAGUGCGUGAGCG
--------------------------(((((((......((((((..((((......)))))))))).)))).)))((((...(.((((((((((.....)))))))))).).)))). ( -33.10)
>DroYak_CAF1 14204 118 - 1
UGCAUCGUAAAGUCAUUGCAUGUACUGCUGCAUUUCGCCCAAUGUACUGUAAAGAAAUGCAACAUUGUAAGCUGACGCUCUCUCGCACUGUUAAUGCUCGGUUAACAGUGCGUGAGCA
...........((((((((((((.....((((((((...((......))....))))))))))).)))))..))))((((...((((((((((((.....)))))))))))).)))). ( -40.70)
>consensus
GAAAUCGUGAAUUCAUUGCAUAUGUUGCUGCAUUUCGGCCAAUGUACUGUAAACAAAUGCAACAUUGAGAGCUGGCGCUCUCUUGCACUGUUAACGUUCGGUUAACAGUGCGUGAGCA
................((((........))))..(((((((((((..((((......))))))))))...))))).((((...((((((((((((.....)))))))))))).)))). (-31.50 = -32.54 +   1.04)

alignment

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