| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,027,923 – 14,028,040 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.635363 |
| Location | 14,027,923 – 14,028,040 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.82 |
| Mean single sequence MFE | -39.38 |
| Consensus MFE | -28.87 |
| Energy contribution | -28.73 |
| Covariance contribution | -0.14 |
| Combinations/Pair | 1.19 |
| Mean z-score | -1.33 |
| Structure conservation index | 0.73 |
| SVM decision value | 0.21 |
| SVM RNA-class probability | 0.635363 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 14027923 117 + 22224390 AUCUUCAUUCCAAUCCGGAUAUCCAGACUACCGACUGUGCCGACCGCCACAUUGGUUCCCGUGUGCCCAGCCACACGGAGCCUGCCUGGCAGCGGAACUAAUGUGCAACGGCAUCGA .(((....(((.....))).....)))....(((...(((((...((.(((((((((((((((((......))))))..(((.....)))...)))))))))))))..)))))))). ( -43.00) >DroVir_CAF1 73633 108 + 1 AUAUCCUUG-GAC--------UGCAGACUACAAAAUGUGCCGGCAGCCGCAUUGGUUCCCGUGUGCCCAGCCACACGGUGCCUGCCUGGCAGCGGAACUAAUAUGCAACGGCGUCGA ....((..(-(.(--------(((....(((.....)))...))))))(((((((((((.(((((......)))))(.((((.....)))).))))))))..))))...))...... ( -37.30) >DroPse_CAF1 161006 109 + 1 ACCUCACUUUCGU--------UGCAGACUACAAGCUGUGCCGGGAACCGCAUUGGUUCCCGUGCGCCCAGCCACAUGGAGCCUGCCUGGCAGCAGAACUAAAAUGCAACGGCAUCGA .........((((--------((((........(((((((((((((((.....)))))))).))))(((......))))))((((......))))........))))))))...... ( -41.30) >DroGri_CAF1 44531 109 + 1 AUCUCUCUCUCUG--------UGCAGACUACAAGCUGUGUCGGCAGCCGCAUUGGUUCCCGUGUGCUCAGCCACACGGAGCCUGCCUGGCAGCGGAACUAAUAUGCAACGGCGUCGA .............--------.((((........)))).(((((.((((((((((((((((((((......))))))..(((.....)))...)))))))..))))...)))))))) ( -37.50) >DroMoj_CAF1 74663 108 + 1 AUCUCCGUG-GAU--------GGCAGACUACAAGCUGUGCCGGCAGCCGCAUUGGUUCCCGUGUGCCCAGCCACACGGUGCCUGCCUGGCAGCGGAACUAAUAUGCAAUGGUGUCGA ..(.(((((-(.(--------((((.(........).)))))....))))(((((((((.(((((......)))))(.((((.....)))).)))))))))).......)).).... ( -39.00) >DroAna_CAF1 2920 107 + 1 --UGGUAAUCCCU--------UCCAGACUACCGACUGUGCCGAGAGCCACAUUGGUUCCCGUGUGCCCCGCCACACGGCGCCUGCCUGGCAGUGGAAAUAAUGUGCAACGGCAUCGA --.((((.((...--------....)).))))..(.((((((...((.((((((.((((((((((......))))))..(((.....)))...)))).))))))))..)))))).). ( -38.20) >consensus AUCUCCAUU_CAU________UGCAGACUACAAACUGUGCCGGCAGCCGCAUUGGUUCCCGUGUGCCCAGCCACACGGAGCCUGCCUGGCAGCGGAACUAAUAUGCAACGGCAUCGA ...................................(((((((...((...(((((((((((((((......))))))).(((.....)))....))))))))..))..))))).)). (-28.87 = -28.73 + -0.14)
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