Locus 5380

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	13,984,418 – 13,984,577
Length	159
Max. P	0.997514

overview

Window 3

Location	13,984,418 – 13,984,537
Length	119
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.82
Mean single sequence MFE	-41.06
Consensus MFE	-37.82
Energy contribution	-38.26
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.02
Mean z-score	-1.40
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	0.64
SVM RNA-class probability	0.808470
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13984418 119 + 22224390
AUGGGCAUGGGAUGCGAUGCGAUGCGGCGCUACAGGCUCAACUGAGCUGAAUUGAGCAUUGAUCGACGAUGACGAUGUCGACAGGAUCAGUGCUGCCAAUUCGGACAUUAAGUUGGCCA
....((((.(.((...)).).))))(((((.....)).(((((...((((((((((((((((((..((((......))))....))))))))))..))))))))......)))))))). ( -42.10)
>DroSec_CAF1 17600 119 + 1
AUGGGCAUGGGAUGCGAUGCGAUGCGGCGCUACAGGCUCAACUGAGCUGAAUUGAGCAUUGAUCGACGAUGACGAUGUCGACAGGAUCAGUGCUGCCAAUUCGGACAUUAAGUUGGUCA
....((((.(.((...)).).))))(((((.....)).(((((...((((((((((((((((((..((((......))))....))))))))))..))))))))......)))))))). ( -39.40)
>DroSim_CAF1 17671 119 + 1
AUGGGCAUGGGAUGCGAUGCGAUGCGGCGCUACAGGCUCAACUGAGCUGAAUUGAGCAUUGAUCGACGAUGACGAUGUCGACAGGAUCAGUGCUGCCAAUUCGGACAUUAAGUUGGCCA
....((((.(.((...)).).))))(((((.....)).(((((...((((((((((((((((((..((((......))))....))))))))))..))))))))......)))))))). ( -42.10)
>DroEre_CAF1 12119 119 + 1
AUGGGCAUGGGAUGCGAUGCGAUGCGGCGCUACAGGCUCAACUGAGCUGAAUUGAGCAUUGAUCGACGAUGACGAUGUCGACAGGAUCAGUACUGCCCAUUCGGACAUUUAGUUGGCCA
(((((((.(.(((.((((.((((((..((.....(((((....)))))....)).)))))))))..((((......))))...).)))....))))))))..((.((......)).)). ( -37.10)
>DroYak_CAF1 18384 119 + 1
AUGGGCAUGGGAUGCGAUGCGAUGCGGCGCUACAGGCUCAACUGAGCUGAAUUGAGCAUUGAUCGACGAUGACGAUGUCGACAGGAUCAGUGCUGCCAAUUCGGAUAUUUAGUUGCCCA
.((((((((((..(((.(((...))).)))......))))(((((.((((((((((((((((((..((((......))))....))))))))))..))))))))....))))))))))) ( -44.60)
>consensus
AUGGGCAUGGGAUGCGAUGCGAUGCGGCGCUACAGGCUCAACUGAGCUGAAUUGAGCAUUGAUCGACGAUGACGAUGUCGACAGGAUCAGUGCUGCCAAUUCGGACAUUAAGUUGGCCA
....((((.(.((...)).).))))(((((.....)).(((((((.((((((((((((((((((..((((......))))....))))))))))..))))))))...)).)))))))). (-37.82 = -38.26 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	13,984,458 – 13,984,577
Length	119
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.84
Mean single sequence MFE	-32.80
Consensus MFE	-29.22
Energy contribution	-29.86
Covariance contribution	0.64
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.18
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	2.87
SVM RNA-class probability	0.997514
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13984458 119 + 22224390
ACUGAGCUGAAUUGAGCAUUGAUCGACGAUGACGAUGUCGACAGGAUCAGUGCUGCCAAUUCGGACAUUAAGUUGGCCAAAAUAAGUCAACAAAGUUGAAACGUAAAGCUUAAUAGAUU
..((((((((((((((((((((((..((((......))))....))))))))))..)))))).........((((((........))))))...............))))))....... ( -34.60)
>DroSec_CAF1 17640 119 + 1
ACUGAGCUGAAUUGAGCAUUGAUCGACGAUGACGAUGUCGACAGGAUCAGUGCUGCCAAUUCGGACAUUAAGUUGGUCAAAAUAAGUCAACAAAGUUGAAACGUAAAGCUUAAUGUAUG
......((((((((((((((((((..((((......))))....))))))))))..))))))))((((((((((............(((((...))))).......))))))))))... ( -36.31)
>DroSim_CAF1 17711 119 + 1
ACUGAGCUGAAUUGAGCAUUGAUCGACGAUGACGAUGUCGACAGGAUCAGUGCUGCCAAUUCGGACAUUAAGUUGGCCAAAAUAAGUCAGCAAAGUUGAAACGUAAAGCUUAAUGUAUU
......((((((((((((((((((..((((......))))....))))))))))..))))))))((((((((((............(((((...))))).......))))))))))... ( -36.31)
>DroEre_CAF1 12159 119 + 1
ACUGAGCUGAAUUGAGCAUUGAUCGACGAUGACGAUGUCGACAGGAUCAGUACUGCCCAUUCGGACAUUUAGUUGGCCAAAACAAGUCAACAAAGCUGAAAUUUAAAGCCCAUUAUCUG
..((.((.(.(((((...(((.((((((.......)))))))))..))))).).)).))(((((...(((.((((((........))))))))).)))))................... ( -25.60)
>DroYak_CAF1 18424 119 + 1
ACUGAGCUGAAUUGAGCAUUGAUCGACGAUGACGAUGUCGACAGGAUCAGUGCUGCCAAUUCGGAUAUUUAGUUGCCCAAAAUAAGUCCACAAAGUUGCAAGUUCUUGCUCAUUAUCUU
..(((((.((((((((((((((((..((((......))))....))))))))))..))))))((((((((.(.....).))))..))))..................)))))....... ( -31.20)
>consensus
ACUGAGCUGAAUUGAGCAUUGAUCGACGAUGACGAUGUCGACAGGAUCAGUGCUGCCAAUUCGGACAUUAAGUUGGCCAAAAUAAGUCAACAAAGUUGAAACGUAAAGCUUAAUAUAUU
..((((((((((((((((((((((..((((......))))....))))))))))..)))))).........((((((........))))))...............))))))....... (-29.22 = -29.86 +   0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

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