Locus 5282

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 13,830,224 – 13,830,314
Length 90
Max. P 0.544784
window8548

overview

Window 8

Location 13,830,224 – 13,830,314
Length 90
Sequences 6
Columns 93
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.25
Mean single sequence MFE -34.02
Consensus MFE -23.67
Energy contribution -24.70
Covariance contribution 1.03
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.12
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.544784
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13830224 90 - 22224390
UGGUAGUGUGUGUGUGCGUUGCUGUGACUAACGUGCGUCUGUGUGGCGUGCGUGUGAGCGGCAAUGUCAAAAUGACAGGGUUGCUAGGGU---
(((((((((.....(((((((((((.....(((..((((.....))))..)))....))))))))).)).....)))...))))))....--- ( -31.90)
>DroSec_CAF1 135768 90 - 1
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..((((((..(.(((((((((((((.....(((..((((.....))))..)))....)))))))))).......))).)..))))))...--- ( -35.51)
>DroSim_CAF1 137134 90 - 1
CGCUAGUAUGUGUGUGCGUUGCUGUAACUAACGUGCGUCUGUGUGGCGUGCGUGUGAGCGGCAAUGUCAAAAUGACAGGGUUGCUAGGCU---
..((((((..(.(((((((((((((.....(((..((((.....))))..)))....)))))))))).......))).)..))))))...--- ( -34.41)
>DroEre_CAF1 138632 90 - 1
CGCCAGUGUGUGUGCGCGUUGGUGUGACUAACGUGCGUCUGUGUGGCGUGCGUGUGAGCGGCAAUGUCAAAAUGGCAGGGUUGCCAGAGC---
((((((((((....))))))))))......(((..((((.....))))..))).((.(((((..((((.....))))..)))))))....--- ( -36.30)
>DroYak_CAF1 149142 90 - 1
CGCUUGUGUGUGUGCGCGUUGGUGUGACUAACGUGCGUCUGUGUGGCGUGCGUGUGAGCGGCAAUGUCAAAAUGGCAGGGUUGCCAGGGC---
.(((((..((..((((((((((.....)))))))))(((.....))))..))..)))))(((((((((.....))))...))))).....--- ( -37.50)
>DroAna_CAF1 148552 91 - 1
UGCUGGUAUGCGUGUGUCGGUGUGCGACUGACUUGCAU--GUGUUCUGUACGUGAGAGCGGCAAUGUCAGAUUUCCAGGGUUGCCAGGGCGUU
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>consensus
CGCUAGUAUGUGUGUGCGUUGCUGUGACUAACGUGCGUCUGUGUGGCGUGCGUGUGAGCGGCAAUGUCAAAAUGACAGGGUUGCCAGGGC___
((((((((((....))))))))))...((((((((((((.....)))))))))....(((((..((((.....))))..))))))))...... (-23.67 = -24.70 +   1.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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