Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,514,832 – 1,514,980 |
Length | 148 |
Max. P | 0.988601 |
Location | 1,514,832 – 1,514,940 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.60 |
Mean single sequence MFE | -29.30 |
Consensus MFE | -24.12 |
Energy contribution | -23.96 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -1.55 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.56 |
SVM RNA-class probability | 0.782243 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1514832 108 - 22224390 CACAGGAGAUAAAAAAGAAGGGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA----CUGGUUAAGGCUUAUUUAUUGGUUUUGG-------U .................((((.((.((((..((((.(((..(...(((((((((((((...-.)))))))))))))....----)..)))..))))..)))).)).))))..-------. ( -27.00) >DroSec_CAF1 4292 108 - 1 CACAGGAGAUAAAAAAGAAGAGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA----CUGGUUUAGGCUUAUUUAUUGGUUUUGG-------U .................((((.((.((((..((((((((..(...(((((((((((((...-.)))))))))))))....----)..)))).))))..)))).)).))))..-------. ( -28.40) >DroSim_CAF1 5514 108 - 1 CACAGGAGAUAAAAAAGAAGAGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA----CUGGUCUAGGCUUAUUUAUUGGUUUUGG-------U .................((((.((.((((..((((((((..(...(((((((((((((...-.)))))))))))))....----)..)))).))))..)))).)).))))..-------. ( -31.10) >DroEre_CAF1 4326 115 - 1 CACAGGAGAUAAAAAAGAAUGGCGUUAGAUCGGUCGGACUGGCGUAGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA----CUGGUUUAGGCUUAUUUAUUGGUUUUGGUAUUUGGU ......(((((....(((((.(...(((((.((((((((..(...(((((((((((((...-.)))))))))))))....----)..)))).)))).))))).).)))))..)))))... ( -29.00) >DroYak_CAF1 5869 113 - 1 CACAGGAGAUAAAAAAGAAGGGCGUUAGUUCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGCGUGGGUCUUAUCAAUUUGAGAACUUUGGUUUAGGCAUAUUUAUUGGUUUUGA-------U ..(((((((((((...((((.((((((((((....))))))))))(((((((((((((.....)))))))))))))......)))).((....))...))))))..))))).-------. ( -31.00) >consensus CACAGGAGAUAAAAAAGAAGGGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG_GGGUCUUAUCAAUUUGAA____CUGGUUUAGGCUUAUUUAUUGGUUUUGG_______U .................((((.((.((((..((((((((..(...(((((((((((((.....)))))))))))))........)..)))).))))..)))).)).)))).......... (-24.12 = -23.96 + -0.16)
Location | 1,514,861 – 1,514,980 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.48 |
Mean single sequence MFE | -39.28 |
Consensus MFE | -35.92 |
Energy contribution | -35.76 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.81 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 2.13 |
SVM RNA-class probability | 0.988601 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1514861 119 - 22224390 GGCGAGGUAGCUGCGGAGCGGGUGAUGCUGUGCGGUCCUGCACAGGAGAUAAAAAAGAAGGGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA .((.(((..((((((.((((.....)))).)))))))))((.(((..(((...........((......)).)))...)))))))(((((((((((((...-.))))))))))))).... ( -36.30) >DroSec_CAF1 4321 119 - 1 GGCGAGGUAGCUGCGGAGCGGGUGAUGCUGUGCGGUCCUGCACAGGAGAUAAAAAAGAAGAGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA .((.(((..((((((.((((.....)))).)))))))))((.(((..(((...........((......)).)))...)))))))(((((((((((((...-.))))))))))))).... ( -37.40) >DroSim_CAF1 5543 119 - 1 GGCGAGGUAGCUGCGGAGCGGGUGAUGCUGUGCGGUCCUGCACAGGAGAUAAAAAAGAAGAGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA .((.(((..((((((.((((.....)))).)))))))))((.(((..(((...........((......)).)))...)))))))(((((((((((((...-.))))))))))))).... ( -37.40) >DroEre_CAF1 4362 119 - 1 GGCGAGGUAGCUGCGGAGCGGGUGAUGCUGUGCGGUCCUGCACAGGAGAUAAAAAAGAAUGGCGUUAGAUCGGUCGGACUGGCGUAGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA .((.(((..((((((.((((.....)))).)))))))))))....................(((((((.((.....)))))))))(((((((((((((...-.))))))))))))).... ( -40.40) >DroYak_CAF1 5902 120 - 1 GGCGAGGUAGCUGCGGAGCGGGUGAUGCUGUGCGGUCCUGCACAGGAGAUAAAAAAGAAGGGCGUUAGUUCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGCGUGGGUCUUAUCAAUUUGAG .((.(((..((((((.((((.....)))).)))))))))))....................((((((((((....))))))))))(((((((((((((.....))))))))))))).... ( -44.90) >consensus GGCGAGGUAGCUGCGGAGCGGGUGAUGCUGUGCGGUCCUGCACAGGAGAUAAAAAAGAAGGGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG_GGGUCUUAUCAAUUUGAA .((.(((..((((((.((((.....)))).)))))))))((.(((..(((.......((.....))......)))...)))))))(((((((((((((.....))))))))))))).... (-35.92 = -35.76 + -0.16)
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