Locus 5257

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 13,729,900 – 13,730,013
Length 113
Max. P 0.996998
window8516

overview

Window 6

Location 13,729,900 – 13,730,013
Length 113
Sequences 6
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.39
Mean single sequence MFE -53.02
Consensus MFE -44.97
Energy contribution -45.48
Covariance contribution 0.52
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -4.46
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 2.78
SVM RNA-class probability 0.996998
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13729900 113 - 22224390
GGUUUUCACUUGGCCAACGUGGCGUAUGCGUAAUGU--GUCGAGCACCGCCUGGCCAUUGCGCAUACGCCGCGUGGUCACGUACGCGACUCAAAUGCGCUAAUCCAUCGAGACAG
.(((((.((.((((((.((((((((((((((((((.--((((.((...)).)))))))))))))))))))))))))))).))..(((.(......)))).........))))).. ( -54.40)
>DroSec_CAF1 40700 113 - 1
GGUUUUCACUUGGCCAACGUGGCGUAUGCGUAAUGU--GUCGAGCACCGCCUGGCCAUUGCGCAUACGCCGCGUGGUCACGUACGCGGCUCAAAUGCGCUAAUCCAUCGAGACAG
.(((((.((.((((((.((((((((((((((((((.--((((.((...)).)))))))))))))))))))))))))))).))..(((.(......)))).........))))).. ( -54.40)
>DroSim_CAF1 47468 113 - 1
GGUUUUCACUUGGCCAACGUGGCGUAUGCGUAAUGU--GUCGAGCACCGCCUGGCCAUUGCGCAUACGCCGCGUGGUCACGUACGCGGCUCAAAUGCGCUAAUCCAUCGAGACAG
.(((((.((.((((((.((((((((((((((((((.--((((.((...)).)))))))))))))))))))))))))))).))..(((.(......)))).........))))).. ( -54.40)
>DroEre_CAF1 41718 113 - 1
GGUUUUCACUUGGCCAACGUGGCGUAUGCGUAAUGU--GUCGAGCACCGCCUGGCCAUUGCGCAUACGCCGCGUGGUCACGUACACGGCUCAAAUGCGCUAAUCCAUCGAGACAG
.(((((.((.((((((.((((((((((((((((((.--((((.((...)).)))))))))))))))))))))))))))).))....(((.(....).)))........))))).. ( -53.10)
>DroYak_CAF1 48163 113 - 1
GGUUUUCACUUGGCCAACGUGGCGUAUGCGUAAUGU--GUCGAGCACCGCCUGGCCAUUGCGCAUACGCCGCGUGGUCACGUACGCGGCUCAAAUGCGCUAAUCCAUCGAGACAG
.(((((.((.((((((.((((((((((((((((((.--((((.((...)).)))))))))))))))))))))))))))).))..(((.(......)))).........))))).. ( -54.40)
>DroAna_CAF1 43327 94 - 1
----GCCAUUUGGCCAACACGGCGUAUGCGUAAUGCUGUUCGAAUAGCGC----ACAUUGCGCAUACGCCGCGUGGUCACGUAC-------------GCUAAUCCGUUGUGGCAG
----(((((.((((((.(.((((((((((((((((.(((.(.....).))----))))))))))))))))).)))))))...((-------------(......))).))))).. ( -47.40)
>consensus
GGUUUUCACUUGGCCAACGUGGCGUAUGCGUAAUGU__GUCGAGCACCGCCUGGCCAUUGCGCAUACGCCGCGUGGUCACGUACGCGGCUCAAAUGCGCUAAUCCAUCGAGACAG
.(((((.((.((((((.((((((((((((((((((...((((.((...)).)))))))))))))))))))))))))))).)).((((.......))))..........))))).. (-44.97 = -45.48 +   0.52)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:43:25 2006