Locus 5235

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 13,661,637 – 13,661,732
Length 95
Max. P 0.939732
window8482

overview

Window 2

Location 13,661,637 – 13,661,732
Length 95
Sequences 5
Columns 100
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.79
Mean single sequence MFE -29.66
Consensus MFE -15.98
Energy contribution -17.06
Covariance contribution 1.08
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 1.30
SVM RNA-class probability 0.939732
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13661637 95 + 22224390
AGCAGAUUCUUGGUGAGACCUGAUGGC--GGUACAGAGUAGAU--AUUAGGUCAUGCUAUUGACUUGGCUUGCAA-GGCCAAGUGAAGAUUAGUCAGCUU
(((.((((..(((((.(((((((((((--........))...)--)))))))).)))))((.((((((((.....-)))))))).))....)))).))). ( -30.40)
>DroSec_CAF1 4591 95 + 1
AGCAGAUUCUUAGUGAGACCUGAUGGC--GGUACAGAGCAAAU--AUUAGUUCAUGCUAUUGACUUGGUUUGUAA-GGCCAAGUGAUGCUUAGUCAGCUU
(((.((((...(((.......((((((--(.....((((....--....)))).))))))).((((((((.....-))))))))...))).)))).))). ( -23.10)
>DroEre_CAF1 4617 89 + 1
AGCAGAUUCUUGGUGAGACCUGAUGGC---GCACAGAGCAGAU--AUUAGGUCAUGCUAUCGAUUUGGCU------GGCCAAGUAAAGCUUAGUCAGCGU
..((((((..(((((.(((((((((..---((.....))...)--)))))))).)))))..))))))(((------(((.(((.....))).)))))).. ( -34.00)
>DroYak_CAF1 4500 94 + 1
AGCAGAUUCUUGGUGAGACCUGAGCAGAUAUUACAGAGCAGAUAUAUUAGGUCAUGCUAUCGAUUUGGCU------GGCCAAGCAAAGCUUAGUCAGCGU
..((((((..(((((.(((((((....(((((........))))).))))))).)))))..))))))(((------(((.((((...)))).)))))).. ( -32.80)
>DroAna_CAF1 4249 93 + 1
AGCAGAUUCUUGGUGAGGCCUGUUCG----AAAUUGGCCAGAG--AUUAGGUCAUGCUUUCAGUCCG-AUGACGCACCCAGAGUCGGGCUUAGUCAUCGU
(((.((((((.((((.((((......----.....))))....--.....(((((((.....))...-))))).)))).))))))..))).......... ( -28.00)
>consensus
AGCAGAUUCUUGGUGAGACCUGAUGGC___GUACAGAGCAGAU__AUUAGGUCAUGCUAUCGAUUUGGCU______GGCCAAGUAAAGCUUAGUCAGCGU
.((.((((..(((((.((((((((.....................)))))))).)))))...((((((((......)))))))).......)))).)).. (-15.98 = -17.06 +   1.08)

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Postscript

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