Locus 5229

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	13,649,744 – 13,649,873
Length	129
Max. P	0.999960

overview

Window 4

Location	13,649,744 – 13,649,852
Length	108
Sequences	5
Columns	109
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.75
Mean single sequence MFE	-33.06
Consensus MFE	-28.38
Energy contribution	-27.58
Covariance contribution	-0.80
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-1.79
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	1.49
SVM RNA-class probability	0.958366
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13649744 108 - 22224390
GAUGACAUCAUCGUCAUCAUUUGUGUGAUGUGUUGUUAGGCUUUAGCUGCUUCUCAGCUGCAGCAAUGCCAUCGAUCUACAGUGGAUAUUGGCUAAGUAGAA-CCGCCA
((..(((.(((((.(((.....)))))))))))..)).(((....(((((.........)))))...((((...((((.....))))..)))).........-..))). ( -32.90)
>DroSec_CAF1 2062 99 - 1
GAUGACAUCAUCGUCAUCAUUUGUGUGAUGUGU---UUGGCUUUAGCUGCUUCUCAGCUGCAGCAAUGCCAUCGAUCUACAGUGGAUACCGGCUAAGCGGAA-------
((((((......))))))..((((((((((.((---...(((.((((((.....)))))).)))...)))))))...)))))......(((......)))..------- ( -30.80)
>DroSim_CAF1 2043 99 - 1
GAUGACAUCAUCGUCAUCAUUUGUGUGAUGUGU---UUGGCUUUAGCUGCUUCUCAGCUGCAGCAAUGCCAUCGAUCUACAGUGGAUACCGGCUAAGCGGAA-------
((((((......))))))..((((((((((.((---...(((.((((((.....)))))).)))...)))))))...)))))......(((......)))..------- ( -30.80)
>DroEre_CAF1 3050 106 - 1
GAUGACAUCAUCGUCAUCAUUUGUGUGAUGUGU---UUGGCUUUAGCUGCUUCUCAGCUGCAGCAAUGCCAUCGAUCUACAGUGGACACCGGCUAAGCGGAUUUUGCGU
((((((......))))))....(((.(((.(((---((((((...(((((.........)))))..((((((.(.....).)))).))..))))))))).))).))).. ( -34.00)
>DroYak_CAF1 2151 105 - 1
GAUGACAUCAUCGUCGUCAUUUGUGUGAUGUGU---UUGGCUUUAGCUGCUUCUCAGCUGCAGCAAUGCCAUCGAUCUACAGUGGAUACCGGCUACGCGGAU-CUGCGA
((((((......))))))...(((((((((.((---...(((.((((((.....)))))).)))...)))))))...))))(..(((.(((......)))))-)..).. ( -36.80)
>consensus
GAUGACAUCAUCGUCAUCAUUUGUGUGAUGUGU___UUGGCUUUAGCUGCUUCUCAGCUGCAGCAAUGCCAUCGAUCUACAGUGGAUACCGGCUAAGCGGAA___GC__
((((((......))))))..((((((((((.((......(((.((((((.....)))))).)))...)))))))...)))))......(((......)))......... (-28.38 = -27.58 +  -0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	13,649,783 – 13,649,873
Length	90
Sequences	5
Columns	90
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.73
Mean single sequence MFE	-32.24
Consensus MFE	-32.02
Energy contribution	-32.22
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.76
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	4.90
SVM RNA-class probability	0.999960
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13649783 90 + 22224390
GCAUUGCUGCAGCUGAGAAGCAGCUAAAGCCUAACAACACAUCACACAAAUGAUGACGAUGAUGUCAUCAGGCGUGCGGUGUGUGAAGUU
.....(((..(((((.....)))))..)))......(((((((.(((...(((((((......)))))))...))).)))))))...... ( -33.10)
>DroSec_CAF1 2095 87 + 1
GCAUUGCUGCAGCUGAGAAGCAGCUAAAGCCAA---ACACAUCACACAAAUGAUGACGAUGAUGUCAUCAGGCGUGCGGUGUGUGAAGUU
.....(((..(((((.....)))))..)))...---(((((((.(((...(((((((......)))))))...))).)))))))...... ( -33.10)
>DroSim_CAF1 2076 87 + 1
GCAUUGCUGCAGCUGAGAAGCAGCUAAAGCCAA---ACACAUCACACAAAUGAUGACGAUGAUGUCAUCAGGCGUGCGGUGUGUGAAGUU
.....(((..(((((.....)))))..)))...---(((((((.(((...(((((((......)))))))...))).)))))))...... ( -33.10)
>DroEre_CAF1 3090 87 + 1
GCAUUGCUGCAGCUGAGAAGCAGCUAAAGCCAA---ACACAUCACACAAAUGAUGACGAUGAUGUCAUCAGGCGUGCGGUGUGUGAAGUU
.....(((..(((((.....)))))..)))...---(((((((.(((...(((((((......)))))))...))).)))))))...... ( -33.10)
>DroYak_CAF1 2190 87 + 1
GCAUUGCUGCAGCUGAGAAGCAGCUAAAGCCAA---ACACAUCACACAAAUGACGACGAUGAUGUCAUCAGGCGUGCGGUGUGUGAAGUU
.....(((..(((((.....)))))..)))...---(((((((.(((...(((.(((......))).)))...))).)))))))...... ( -28.80)
>consensus
GCAUUGCUGCAGCUGAGAAGCAGCUAAAGCCAA___ACACAUCACACAAAUGAUGACGAUGAUGUCAUCAGGCGUGCGGUGUGUGAAGUU
.....(((..(((((.....)))))..)))......(((((((.(((...(((((((......)))))))...))).)))))))...... (-32.02 = -32.22 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	13,649,783 – 13,649,873
Length	90
Sequences	5
Columns	90
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.73
Mean single sequence MFE	-34.36
Consensus MFE	-34.30
Energy contribution	-34.14
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-5.25
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	3.38
SVM RNA-class probability	0.999109
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13649783 90 - 22224390
AACUUCACACACCGCACGCCUGAUGACAUCAUCGUCAUCAUUUGUGUGAUGUGUUGUUAGGCUUUAGCUGCUUCUCAGCUGCAGCAAUGC
(((...(((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))).))))).)))..(((.((((((.....)))))).)))..... ( -35.00)
>DroSec_CAF1 2095 87 - 1
AACUUCACACACCGCACGCCUGAUGACAUCAUCGUCAUCAUUUGUGUGAUGUGU---UUGGCUUUAGCUGCUUCUCAGCUGCAGCAAUGC
......(((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))).)))))---...(((.((((((.....)))))).)))..... ( -34.30)
>DroSim_CAF1 2076 87 - 1
AACUUCACACACCGCACGCCUGAUGACAUCAUCGUCAUCAUUUGUGUGAUGUGU---UUGGCUUUAGCUGCUUCUCAGCUGCAGCAAUGC
......(((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))).)))))---...(((.((((((.....)))))).)))..... ( -34.30)
>DroEre_CAF1 3090 87 - 1
AACUUCACACACCGCACGCCUGAUGACAUCAUCGUCAUCAUUUGUGUGAUGUGU---UUGGCUUUAGCUGCUUCUCAGCUGCAGCAAUGC
......(((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))).)))))---...(((.((((((.....)))))).)))..... ( -34.30)
>DroYak_CAF1 2190 87 - 1
AACUUCACACACCGCACGCCUGAUGACAUCAUCGUCGUCAUUUGUGUGAUGUGU---UUGGCUUUAGCUGCUUCUCAGCUGCAGCAAUGC
......(((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))).)))))---...(((.((((((.....)))))).)))..... ( -33.90)
>consensus
AACUUCACACACCGCACGCCUGAUGACAUCAUCGUCAUCAUUUGUGUGAUGUGU___UUGGCUUUAGCUGCUUCUCAGCUGCAGCAAUGC
......(((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))).)))))......(((.((((((.....)))))).)))..... (-34.30 = -34.14 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

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