Locus 5220

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	13,626,975 – 13,627,135
Length	160
Max. P	0.999815

overview

Window 3

Location	13,626,975 – 13,627,095
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.83
Mean single sequence MFE	-32.20
Consensus MFE	-31.76
Energy contribution	-31.64
Covariance contribution	-0.12
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.31
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	4.15
SVM RNA-class probability	0.999815
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13626975 120 - 22224390
UUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCUCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUUGACAGGCCCAUCACUAACACCAUUAUCCAUCACUUCACUU
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>DroSec_CAF1 20703 120 - 1
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>DroSim_CAF1 13956 120 - 1
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>DroEre_CAF1 12015 119 - 1
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>DroYak_CAF1 11424 119 - 1
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>consensus
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	13,627,015 – 13,627,135
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.17
Mean single sequence MFE	-34.86
Consensus MFE	-32.64
Energy contribution	-32.32
Covariance contribution	-0.32
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.58
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	1.54
SVM RNA-class probability	0.962781
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13627015 120 - 22224390
UAGUAACGAUGGCAAUAUUUGCGUGACCCAAAUUCUGGACUUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCUCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUU
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>DroSec_CAF1 20743 120 - 1
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>DroSim_CAF1 13996 120 - 1
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>DroEre_CAF1 12054 120 - 1
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>DroYak_CAF1 11463 120 - 1
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>consensus
UAGUAACGAUGGCAAUAUUUGCGUGACCUAAAUUCUGGACUUGUGUAACCGGCAAUCACGUCGUAGAUCUAUGACACCGAUGUCUAUGUCUCUGUCAAUAUGGCACAUCGGUGGCUGAUU
..................(((((..(((........))..)..))))).((((......((((((....))))))((((((((((((((........)))))).)))))))).))))... (-32.64 = -32.32 +  -0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

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