Locus 5196

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	13,576,566 – 13,576,760
Length	194
Max. P	0.975389

overview

Window 6

Location	13,576,566 – 13,576,686
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.39
Mean single sequence MFE	-40.24
Consensus MFE	-29.26
Energy contribution	-29.47
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.57
Mean z-score	-2.03
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	1.75
SVM RNA-class probability	0.975389
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13576566 120 - 22224390
AAAGCCACUGCACCGGAUGCAGUGGUUAACCAAGAUUGCCGACGCCUGCCAGGUAAAGAAGGGCGGUGAUUUGGCAUCGACCGUUUAUGAUUUCCUUGACAACGGUAACGAUAUGGUCAA
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>DroVir_CAF1 984 120 - 1
GGAGCCACUGCGGCGCAUGCAAUGGCUGACGAAAAUCGCCGAUGCCUGCCAGCUAAAGAAGGGCGGUGACCUGGCCUCCGUGCUAUACACAUUUCUAAACAAUGGUGAUCCCAUGAUCAA
(((((((.((((.....)))).))))).......((((((((.(((.(((..(....)...)))(....)..))).)).(((.....))).............)))))).))........ ( -34.30)
>DroEre_CAF1 968 120 - 1
AAAGCCACUGCACCGGAUGCAGUGGCUAACCAAGAUCGCCGACGCCUGCCAGAUGAAGAAGGGCGGUGAAUUGGCAUCGACCGUGUACGAUUUCCUCGACAAUGGUAACUCGAUGGUGAA
..((((((((((.....)))))))))).((((.(((.(((((((((.(((...........)))))))..)))))))).(((((((.(((.....))))).))))).......))))... ( -46.50)
>DroWil_CAF1 978 120 - 1
GGAGCCAUUGCAUCGCAUGCAGUGGUUGACCAAAAUUGCCGAUGCUUGCCAAAUGAAAAAGGGUGGCGAAUUGGCAUCAGUUGUAUACGAAUAUCUCGAUAAUGGCAAUCCAAUGGUUAA
..(((((((((((...)))))))))))(((((..(((((((((((((((((..(......)..)))))....)))))).........(((.....))).....))))))....))))).. ( -41.50)
>DroYak_CAF1 980 120 - 1
AAAGCCACUGCACCGGAUGCAGUGGCUAACCAAGAUCGCCGACGCCUGUCAGAUGAAGAAGGGCGGUGAACUGGCAUCGACUGUGUACGAUUUCCUCGACAACGGUCAUUCGAUGGUUAA
...(((((((((.....)))))))))((((((.(((.((((.(((((.((.......)).)))))(....))))))))((((((((.(((.....))))).))))))......)))))). ( -49.60)
>DroMoj_CAF1 961 120 - 1
GGAGCCACUUCGUCGAAUGCAAUGGCUUACAAAAAUCGCCGAUGCCUGCCAAAUGAAGAAGGGCGGCGACUUAGCAUCCGUGAUCUAUAAAUUUUUAAAUAAUGGGGACCCCAUGGUAAA
...(((...(((.((.((((..((((...........)))).((((.(((...........))))))).....)))).)))))..................(((((...))))))))... ( -28.30)
>consensus
AAAGCCACUGCACCGGAUGCAGUGGCUAACCAAAAUCGCCGACGCCUGCCAGAUGAAGAAGGGCGGUGAAUUGGCAUCGACCGUAUACGAAUUCCUCGACAAUGGUAACCCCAUGGUCAA
..((((((((((.....))))))))))(((((.....(((((((((.(((...........)))))))..)))))....(((((...(((.....)))...))))).......))))).. (-29.26 = -29.47 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	13,576,646 – 13,576,760
Length	114
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	72.02
Mean single sequence MFE	-35.78
Consensus MFE	-20.36
Energy contribution	-20.92
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-1.40
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.18
SVM RNA-class probability	0.622020
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13576646 114 + 22224390
GGCAAUCUUGGUUAACCACUGCAUCCGGUGCAGUGGCUUUAUAUACCAGGCGAGCAGCUUGAAUAGCGUCAUUUCAUCG--CCAGC-AUCGGGCCCACUAUCCUUUUUCCCCUUGUU
(((...((((((.(((((((((((...))))))))).)).....)))))).((...(((.....))).))........)--))(((-(..(((...............)))..)))) ( -31.26)
>DroVir_CAF1 1064 104 + 1
GGCGAUUUUCGUCAGCCAUUGCAUGCGCCGCAGUGGCUCCAUGUACCAGCAGAGGAGCUUCAUUAGCGUCAGCUGCUCGCGUUGCCUGUCCAA----CCAG---------CUCUGAU
((((.....)))).((((((((.......))))))))(((.(((....)))..)))(((.....)))(((((..(((.(.((((......)))----))))---------).))))) ( -34.40)
>DroPse_CAF1 1032 104 + 1
GGCAAUUUUGGUCAGCCAUUGCAUACGAUGUAGGGGCUUUGUGUACCACACGAGCAGCUUGAAUAGCGUCACCUGCUCCCGCUGGCUAUCGAG----CCAC---------UCCUGCU
(((.....(((((((((((((....)))))..((((..(((((.....)))))((((..(((......))).))))))))))))))))....)----))..---------....... ( -33.70)
>DroEre_CAF1 1048 105 + 1
GGCGAUCUUGGUUAGCCACUGCAUCCGGUGCAGUGGCUUUAUAUACCAGGCGAGUAGCUUAAAAAGUGUGAGUUCGUCG--GCAGC-AUCUAGCUCACUAU---------CCCUGUU
(((((.((((((.(((((((((((...)))))))))))......)))((((.....)))).........))).)))))(--((((.-...(((....))).---------..))))) ( -34.90)
>DroYak_CAF1 1060 105 + 1
GGCGAUCUUGGUUAGCCACUGCAUCCGGUGCAGUGGCUUUAUGUACCAGGCGAGCAGCUUAAAGAGCGUCAGUUCGUCG--GCAGC-AUCAGGUUCGCCAU---------CCUUGUU
(((((.((((((.(((((((((((...)))))))))))...(((....(((((((.((((...))))....))))))).--)))..-)))))).)))))..---------....... ( -46.70)
>DroPer_CAF1 1032 104 + 1
GGCAAUUUUGGUCAGCCAUUGCAUACGAUGUAGGGGCUUUGUGUACCACACGAGCAGCUUGAAUAGCGUCACCUGCUCCCGCUGGCUAUCGAG----CCAC---------UCCUGCU
(((.....(((((((((((((....)))))..((((..(((((.....)))))((((..(((......))).))))))))))))))))....)----))..---------....... ( -33.70)
>consensus
GGCAAUCUUGGUCAGCCACUGCAUCCGGUGCAGUGGCUUUAUGUACCAGGCGAGCAGCUUGAAUAGCGUCAGCUCCUCG__CCAGC_AUCGAG____CCAU_________CCCUGUU
(((...((((((.(((((((((((...)))))))))))......))))))......(((.....))))))............................................... (-20.36 = -20.92 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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