Locus 5179

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	13,520,656 – 13,520,896
Length	240
Max. P	0.632278

overview

Window 0

Location	13,520,656 – 13,520,776
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.33
Mean single sequence MFE	-45.07
Consensus MFE	-28.35
Energy contribution	-27.97
Covariance contribution	-0.38
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-2.06
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.632278
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13520656 120 - 22224390
GUUUCCGUACCCAGGGUGGAUGUGCUCGACAGAAUCUGGCAUUGCAGAAUAUGCAAUCGAGGAUACGCAUGGUCCUGGCCUACAUCUUUGCCCAGUUGACGUUGUGGGUAAGAAACAGGC
(((((..(((((((((((((((((((((((((...)))...(((((.....)))))))))).........(((....))))))))))..)))).(....)....)))))).))))).... ( -39.90)
>DroPse_CAF1 5345 120 - 1
GCUUCCGAACCCAGGGCGGCUGUGCCCGCCAGAAUUUGGCCCUGCAGAACAUCCAAUCACGCCUGCGCAUGGUCCUGGCGUACAUUUUCGCCCAGCUUAUGCUGUGGGUGAGGAAUCGAC
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>DroEre_CAF1 3754 120 - 1
GAUUCUGGACGCAGGGUGGCUGUGCCCGUCAGAAUCUGGCAUUGCAGAAUAUGCAAUCGAGGAUACGCAUGGUCCUGGCCUACAUCUUUGCCCAGUUGAUGUUGUGGGUAAGGAACAGGC
((((((((.....((((......)))).)))))))).(((((((((.....))))))..(((((.......))))).)))....((((((((((..........))))))))))...... ( -42.60)
>DroWil_CAF1 3710 120 - 1
GAUUUCGCACCCAGGGCGGAUGUGCUCGACAAAAUUUGGCUUUGCAGAAUAUUCAAUCGAGAAUUCGCAUGGUUCUGGCCUAUAUUUUUGCUCAGCUCAUGCUUUGGGUGAGAAAUCGUC
((((((.((((((((((..(((.(((.(((((((...((((.(((.((((.(((....))).))))))).......)))).....))))).))))).))))))))))))).))))))... ( -45.30)
>DroAna_CAF1 7900 120 - 1
GUUUCCGCACCCAAGGUGGCUGCGCCCGCCAGAAUCUGGCUCUGCAGAACAUCCAAUCUCGCAUCCGCAUGGUCCUGGCCUACAUCUUUGCCCAGCUUAUGCUCUGGGUGAGGAAUAGAC
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>DroPer_CAF1 6558 120 - 1
GCUUCCGAACCCAGGGCGGCUGUGCCCGCCAGAAUUUGGCCCUGCAGAACAUCCAAUCACGCCUGCGCAUGGUCCUGGCGUACAUUUUCGCCCAGCUUAUGCUGUGGGUGAGGAAUCGAC
(.((((..(((((((((((..(((..((((((.....((((.(((((...............)))))...))))))))))..)))..))))))(((....))).)))))..)))).)... ( -50.86)
>consensus
GAUUCCGAACCCAGGGCGGCUGUGCCCGCCAGAAUCUGGCACUGCAGAACAUCCAAUCGAGCAUACGCAUGGUCCUGGCCUACAUCUUUGCCCAGCUUAUGCUGUGGGUGAGGAAUAGAC
..((((..(((((((((((..(((...(((((.....((((.(((.((........))..(....)))).)))))))))...)))..))))))(((....))).)))))..))))..... (-28.35 = -27.97 +  -0.38)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	13,520,776 – 13,520,896
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.44
Mean single sequence MFE	-51.07
Consensus MFE	-33.41
Energy contribution	-34.17
Covariance contribution	0.76
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.05
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.541680
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13520776 120 + 22224390
GUGGCGUUAAACCAGUGACGGCAUUGAAUAUGCUCAAUAGUGCAUUCACCGCCGAAUCAAUGCUAAUCUCGAUGUGGUAACUGCCCAGUUGAUUGGCCAAUUGGGCUGCCCGUCGACGGG
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>DroPse_CAF1 5465 120 + 1
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>DroWil_CAF1 3830 120 + 1
GUGGCGUCAAACCGGUCACGGCAUUGAAGAUGCCCAAGAGGGCAUUCACUGCCAGAUCGAUGCUGAUCUCAAUGUGAUAGCUACCCAAUUGAUUGGCCAAUUGGGCAGCUCGUCGUCGUG
..((((.(......(((((((((.(((..((((((....))))))))).))))((((((....))))))....)))))((((.((((((((......)))))))).)))).).))))... ( -51.20)
>DroYak_CAF1 3788 120 + 1
GGGGCGUCAAACCGGUGACGGCAUUGAAUAUGCUCAAUAGGGCAUUCACCGCCGAGUCAAUGCUGAUCUCGAUGUGGUAACUGCCCAGUUGGUUGGCCAGUUGGGCGGCACGCCUGCGUG
.(((((((((.(((....)))..))))..((((((....))))))..((((((((((((....))).))))..)))))..(((((((..(((....)))..)))))))..)))))..... ( -52.30)
>DroAna_CAF1 8020 120 + 1
GCGGUGUCAGGCCAGUGACGGCAUUGAAGAUCCCCAGCAAGGCAUUCACGGCCAGGUCGAUGCUGAUCUCGAUGUGGUAGCUGCCCAGUUGGUUGGCCAGUUGGGCGGCACGUCGCCGAG
.(((((.(..((((((.((.(((((((.((((........((((((.((......)).))))))))))))))))).)).)))(((((..(((....)))..))))))))..).))))).. ( -54.10)
>DroPer_CAF1 6678 120 + 1
GAGGCGUCAGUCCGGUGACGGCAUUGAAGAUGCCCAGCAGGGCAUUCACCGCCAGGUCGAUGCUGAUCUCGAUGUGAUAGCUACCGAGCUGGUUCGCCAGCUGCGCGGCCCGUCGUCGAG
..((((((((((((....))).))))).(((((((....)))))))...)))).(((((....)))))((((((.....(((..((((((((....)))))).)).)))....)))))). ( -53.00)
>consensus
GAGGCGUCAAACCGGUGACGGCAUUGAAGAUGCCCAACAGGGCAUUCACCGCCAGGUCGAUGCUGAUCUCGAUGUGAUAGCUACCCAGUUGGUUGGCCAGUUGGGCGGCCCGUCGUCGAG
..(((((((.....(.(((((((((((.(((((((....)))))))..........))))))))).)).)....)))..(((.(((((((((....))))))))).))).))))...... (-33.41 = -34.17 +   0.76)

alignment

secondary structure

dotplot

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