Locus 5154

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	13,446,221 – 13,446,378
Length	157
Max. P	0.713710

overview

Window 6

Location	13,446,221 – 13,446,341
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	71.93
Mean single sequence MFE	-47.98
Consensus MFE	-32.66
Energy contribution	-33.14
Covariance contribution	0.48
Combinations/Pair	1.47
Mean z-score	-1.13
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.07
SVM RNA-class probability	0.569103
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13446221 120 - 22224390
CUGUUGGAGACCACGCUCCCGGAGAGCGGAGUGCAGCUCCUCCGCUCGACGACGAAAGACUCGUCAGGAUCGGCAGUGCUCUACGUAGAGCACCGGCGCAUUGGGAUCCAGCUCUUCGCC
..((((((..(((((.(((.(..((((((((........))))))))..)(((((.....))))).))).))((.(((((((....)))))))..))....)))..))))))........ ( -55.60)
>DroPse_CAF1 12432 117 - 1
CUGCUGGAGACCGCGCUCUUGCAGAGCCGCGUGUAGCUCUUCGGCCCGACGACGGAAAACGCGUCAGGAGCGGCAGUGUUCGAUGUAGAGGACUGGCUGCGAAGGAUCCAGGGCUG---C
.....(((((((((((((.....))).)))).))..)))).((((((((((.((.....)))))).(((((((((((.(((......))).))).)))))......))).))))))---. ( -48.10)
>DroEre_CAF1 297 120 - 1
GUGUUGGAGCCCACGCUCCUGCAGAGCGGAGUGCAGCUCCUCCGCUCGACGACGAAAGACUCGUCAGGAUCGGCAGUGCUCUAUGUAUAGCGCCGGCUUAUUGGGAUCCAACUCUUCGGC
(.((((((.((((((.((((...((((((((........))))))))((((((....)..))))))))).))((.(((((........)))))..))....)))).)))))).)...... ( -52.30)
>DroWil_CAF1 12306 120 - 1
UUGCUUCAAUCCGCGUUCCUGCAAUGUGGCAUGUAUCUCGGUGGCACGUUUGCCAAAGGUAUGACAGGAGCGGCAAUGUUCAAUAUAGAGGACUGGCUUUCCUGGAUCGAGUCCCUCAUU
....(((.((((.(((((((((((((((.(((........))).))))).((((...)))))).))))))))((...((((........))))..))......)))).)))......... ( -34.30)
>DroPer_CAF1 10558 117 - 1
CUGCUGGAGACCGCGCUCUUGCAGAGCCGCGUGUAGCUCUUCGGCCCGACGACGGAAAACGCGUCAGGAGCGGCAGUGUUCGAUGUAGAGGACUGGCUGCGAGGGAUCCAGGGCUG---C
((((.((((......)))).))))........((((((((....(((((((.((.....))))))....((((((((.(((......))).))).)))))..)))....)))))))---) ( -49.60)
>consensus
CUGCUGGAGACCGCGCUCCUGCAGAGCGGCGUGUAGCUCCUCGGCCCGACGACGAAAGACGCGUCAGGAGCGGCAGUGUUCGAUGUAGAGGACUGGCUGAGAGGGAUCCAGCGCUUC__C
..((((((..((..((((((...((((((((........))))))))((((..........))))))))))(.((((.(((......))).)))).)......)).))))))........ (-32.66 = -33.14 +   0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	13,446,261 – 13,446,378
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.28
Mean single sequence MFE	-50.26
Consensus MFE	-28.40
Energy contribution	-28.76
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.45
Mean z-score	-1.72
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.38
SVM RNA-class probability	0.713710
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13446261 117 - 22224390
GCCGUGGUGCUCCA---AGUGCAUUCAGCUGGAGCUGAAGCUGUUGGAGACCACGCUCCCGGAGAGCGGAGUGCAGCUCCUCCGCUCGACGACGAAAGACUCGUCAGGAUCGGCAGUGCU
((((((((.(((((---(..((.((((((....))))))))..)))))))))))(.(((.(..((((((((........))))))))..)(((((.....))))).))).))))...... ( -60.70)
>DroPse_CAF1 12469 117 - 1
GACGAGGCGUCCCU---UCGACAUUCAGCUGAAGCUGCAGCUGCUGGAGACCGCGCUCUUGCAGAGCCGCGUGUAGCUCUUCGGCCCGACGACGGAAAACGCGUCAGGAGCGGCAGUGUU
((((..(((..(((---..........((((((((((((((.((.(....).))((((.....)))).)).)))))))..)))))..((((.((.....)))))))))..).))..)))) ( -45.00)
>DroEre_CAF1 337 117 - 1
GCCGAGGUGCUCCA---AGUGCAUUCAGCUGGAGCUGAAGGUGUUGGAGCCCACGCUCCUGCAGAGCGGAGUGCAGCUCCUCCGCUCGACGACGAAAGACUCGUCAGGAUCGGCAGUGCU
(((((((.((((((---(.(((.((((((....)))))).))))))))))))....((((...((((((((........))))))))((((((....)..))))))))))))))...... ( -60.80)
>DroWil_CAF1 12346 120 - 1
GUCGUGGUGGACGAUCCAGGGCAUUGAGCUGCAAUUGAAGUUGCUUCAAUCCGCGUUCCUGCAAUGUGGCAUGUAUCUCGGUGGCACGUUUGCCAAAGGUAUGACAGGAGCGGCAAUGUU
(((.(((........))).))).....(((((..((((((...))))))(((.(((.(((((((((((.(((........))).)))).))))...))).)))...))))))))...... ( -39.80)
>DroPer_CAF1 10595 117 - 1
GACGAGGCGUCCCU---UCGACAUUCAGCUGAAGCUGCAGCUGCUGGAGACCGCGCUCUUGCAGAGCCGCGUGUAGCUCUUCGGCCCGACGACGGAAAACGCGUCAGGAGCGGCAGUGUU
((((..(((..(((---..........((((((((((((((.((.(....).))((((.....)))).)).)))))))..)))))..((((.((.....)))))))))..).))..)))) ( -45.00)
>consensus
GACGAGGUGCCCCA___AGGGCAUUCAGCUGAAGCUGAAGCUGCUGGAGACCGCGCUCCUGCAGAGCGGCGUGUAGCUCCUCGGCCCGACGACGAAAGACGCGUCAGGAGCGGCAGUGUU
....................((.((((((....))))))(((((.(....)..(((((((...((((((((........))))))))((((..........)))))))))))))))))). (-28.40 = -28.76 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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