Locus 5053

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	13,242,428 – 13,242,541
Length	113
Max. P	0.907807

overview

Window 9

Location	13,242,428 – 13,242,541
Length	113
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.72
Mean single sequence MFE	-40.88
Consensus MFE	-20.86
Energy contribution	-22.83
Covariance contribution	1.97
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.71
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	1.06
SVM RNA-class probability	0.907807
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13242428 113 + 22224390
ACAUGGGUGUGGCCACCACGGAGUAUUUCCAGCAAAAGUGGCUGGUGCCGUAUCUGCAAAAGACCCGGCCAGCCGAUAAUGCGGUAGGUGGCGGCACCUCAUCCCUCAUCCCU
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>DroSec_CAF1 3389 108 + 1
ACAUGGGUGUGGCCACCACGGACUACUUCCAGCAAAAGUGGCUAGUGCCGUAUCUGCAAAAGACGCGGCCAGCUGAUAAUGCGGUAGGUGG---CAACUCAUCCC--AAUGCU
...((((((..(((((((((((.....))).(((....(((((.(.((((..(((.....)))..))))))))))....))).)).)))))---)....)).)))--)..... ( -43.40)
>DroEre_CAF1 6171 107 + 1
ACAUGGGUGUGGCCACCACGGAGUACUUCCAGCAGAAGUGGCUGGUGCCGUAUCUGCAGAAGACGCGGCCAGCCGAUAAUGCGGUGAGUA----CUCCUGAUCCC--AAUGUU
(((((((.((((...))))(((((((((((.(((....((((((..((((..(((.....)))..))))))))))....))))).)))))----))))....)))--.)))). ( -51.80)
>DroYak_CAF1 3456 107 + 1
ACAUGGGUGUGGCCACCACGGAGUACUUCCAGCAAAAGUGGCUGGUGCCGUAUCUACAAAAGACCCGGCCAGCCGAUAAUGCGGUAAGUC----AUCCUGGUAGC--UAAAUU
.........((((.((((.(((..((((((.(((....((((((..((((..(((.....)))..))))))))))....))))).)))).----.))))))).))--)).... ( -41.30)
>DroMoj_CAF1 3539 108 + 1
ACAUGGAUGUGGCGUGCACCGACUACUUCCAGCAAAAGUGGCUGGUGCCCUACCUACAGAAAACGCGACCCUCCGAUAAUGCGGUAAGUGC---GAACAUAUUUC--ACUAUA
..((((.(((((.((((((((.((((((.......)))))).))))))...))))))).....((((.....(((......)))....)))---)..........--.)))). ( -30.20)
>DroAna_CAF1 5448 104 + 1
ACAUGGGCGUGGCCACCACCGAGUACUUCCAGCAGAAGUGGCUAGUGCCAUAUCUCCAAAAGACCCGUCCCACCGAUAAUGCGGUGAGUC-------CUCAUCUC--UUUUCU
....((((((((...))))((.((.(((...(.(((.(((((....))))).))).)..))))).))...(((((......))))).)))-------).......--...... ( -27.80)
>consensus
ACAUGGGUGUGGCCACCACGGAGUACUUCCAGCAAAAGUGGCUGGUGCCGUAUCUGCAAAAGACCCGGCCAGCCGAUAAUGCGGUAAGUG____CACCUCAUCCC__AAUACU
..(((((.(((.....)))....(((((((.(((....((((((..((((..(((.....)))..))))))))))....))))).))))).......)))))........... (-20.86 = -22.83 +   1.97)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	13,242,428 – 13,242,541
Length	113
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.72
Mean single sequence MFE	-40.75
Consensus MFE	-22.62
Energy contribution	-22.85
Covariance contribution	0.23
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-2.21
Structure conservation index	0.56
SVM decision value	0.64
SVM RNA-class probability	0.809232
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13242428 113 - 22224390
AGGGAUGAGGGAUGAGGUGCCGCCACCUACCGCAUUAUCGGCUGGCCGGGUCUUUUGCAGAUACGGCACCAGCCACUUUUGCUGGAAAUACUCCGUGGUGGCCACACCCAUGU
........(((.((..(.((((((((.....(((.....(((((((((..(((.....)))..))))..))))).....))).(((.....)))))))))))).))))).... ( -45.60)
>DroSec_CAF1 3389 108 - 1
AGCAUU--GGGAUGAGUUG---CCACCUACCGCAUUAUCAGCUGGCCGCGUCUUUUGCAGAUACGGCACUAGCCACUUUUGCUGGAAGUAGUCCGUGGUGGCCACACCCAUGU
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>DroEre_CAF1 6171 107 - 1
AACAUU--GGGAUCAGGAG----UACUCACCGCAUUAUCGGCUGGCCGCGUCUUCUGCAGAUACGGCACCAGCCACUUCUGCUGGAAGUACUCCGUGGUGGCCACACCCAUGU
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>DroYak_CAF1 3456 107 - 1
AAUUUA--GCUACCAGGAU----GACUUACCGCAUUAUCGGCUGGCCGGGUCUUUUGUAGAUACGGCACCAGCCACUUUUGCUGGAAGUACUCCGUGGUGGCCACACCCAUGU
......--((((((((((.----.((((.(((((.....(((((((((..(((.....)))..))))..))))).....))).))))))..))).)))))))........... ( -42.80)
>DroMoj_CAF1 3539 108 - 1
UAUAGU--GAAAUAUGUUC---GCACUUACCGCAUUAUCGGAGGGUCGCGUUUUCUGUAGGUAGGGCACCAGCCACUUUUGCUGGAAGUAGUCGGUGCACGCCACAUCCAUGU
......--...(((((..(---(((((..(((......)))..))).))).....(((.(((...(((((.((.(((((.....))))).)).)))))..))))))..))))) ( -30.80)
>DroAna_CAF1 5448 104 - 1
AGAAAA--GAGAUGAG-------GACUCACCGCAUUAUCGGUGGGACGGGUCUUUUGGAGAUAUGGCACUAGCCACUUCUGCUGGAAGUACUCGGUGGUGGCCACGCCCAUGU
......--...(((.(-------(.(((((((......))))))).(((((((((..((((..((((....))))..))).)..)))).)))))((((...)))).))))).. ( -39.60)
>consensus
AACAUU__GGGAUGAGGUG____CACUUACCGCAUUAUCGGCUGGCCGCGUCUUUUGCAGAUACGGCACCAGCCACUUUUGCUGGAAGUACUCCGUGGUGGCCACACCCAUGU
..........................(((((((......(((((((((.((((.....)))).)))..))))))(((((.....))))).....)))))))............ (-22.62 = -22.85 +   0.23)

alignment

secondary structure

dotplot

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