Locus 5048

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 13,217,836 – 13,217,948
Length 112
Max. P 0.660603
window8214

overview

Window 4

Location 13,217,836 – 13,217,948
Length 112
Sequences 5
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.39
Mean single sequence MFE -41.63
Consensus MFE -41.52
Energy contribution -41.60
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.04
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.660603
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13217836 112 + 22224390
AAGCAACCAGG---ACUGUCGGCCACGGACGCCACUGUGUGCGCGCGGUAGGACUGUUCUUUUUCACGGACGCCACUGUGUGUGUUUAUGUAUGGCUAACAGUGGUGUCCC-ACCG
........(((---((.((((((.......)))((((((....))))))..))).))))).......((((((((((((....(((.......)))..)))))))))))).-.... ( -41.60)
>DroSec_CAF1 9470 112 + 1
AAGCAACCAGG---ACUGUCGGCCACGGACGCCACUGUGUGCGCGCGGUAGGACUGUUCUUUUUCACGGACGCCACUGUGUGUGUUCAUGUAUGGCUAACAGUGGUGUCCC-ACCG
........(((---((.((((((.......)))((((((....))))))..))).))))).......((((((((((((....(((.......)))..)))))))))))).-.... ( -40.80)
>DroSim_CAF1 11469 112 + 1
AAGCAACCAGG---ACUGUCGGCCACGGACGCCACUGUGUGCGCGCGGUAGGACUGUUCUUUUUCACGGACGCCACUGUGUGUGUUCUUGUAUGGCUAACAGUGGUGUCCC-ACCG
........(((---((.((((((.......)))((((((....))))))..))).))))).......((((((((((((....(((.......)))..)))))))))))).-.... ( -40.80)
>DroEre_CAF1 9644 112 + 1
AAGCCACCAGG---ACUGUUGGCCACGGACGCCACUGUGUGCACGCGAUAGGACUGUUCUCU-UUACGGACGCCACUGUGUGUGUUUAUGUAUGGCUUACAGUGGUGUCCCAACCG
..((((.((..---..)).))))...(((((((((((((.((((((.((((...(((((...-....)))))...))))))))))............)))))))))))))...... ( -42.32)
>DroYak_CAF1 9418 114 + 1
AAGCAAUCAGGACGACUGUUGGCCACGGACGCCACUGUGUGCGCACGCUAGGACUGUUCUUU-UCACGGACGCCACUGUGUGUGUUUAUGUAUGGCUUACAGUGGUGUCCC-ACCG
..((...(((.....)))...))...(((((((((((((.((((((((.((...(((((...-....)))))...))))))))))............))))))))))))).-.... ( -42.62)
>consensus
AAGCAACCAGG___ACUGUCGGCCACGGACGCCACUGUGUGCGCGCGGUAGGACUGUUCUUUUUCACGGACGCCACUGUGUGUGUUUAUGUAUGGCUAACAGUGGUGUCCC_ACCG
..((...(((.....)))...))...((((((((((((..(((((((((.((...((((........)))).)))))))))))(((.......)))..))))))))))))...... (-41.52 = -41.60 +   0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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