| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,199,623 – 13,199,740 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.639542 |
| Location | 13,199,623 – 13,199,740 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.91 |
| Mean single sequence MFE | -49.71 |
| Consensus MFE | -19.83 |
| Energy contribution | -20.47 |
| Covariance contribution | 0.64 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -2.24 |
| Structure conservation index | 0.40 |
| SVM decision value | 0.22 |
| SVM RNA-class probability | 0.639542 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 13199623 117 - 22224390 GCCAAUGGCGCAAUCCCUUGCCCACCGCACAGCUGCCGGCCACGAUGUGACCCAACGGGGUCACC---CCACUAGUUGUCACCCCGAACACGGUCACCCGCAGCUGGGUGGUGGUCAAAC (((...)))((((....))))(((((((.(((((((((....))..((((((...((((((.((.---.........)).)))))).....))))))..))))))).)))))))...... ( -51.50) >DroVir_CAF1 24532 117 - 1 GCCAGUGGCGCAGACCCUUGCCCACCGCACAGCUGCCGGCGAUGACAUGACCCAGCGGCACGAUACCCU---UGUCGGUGACACCGAAGACGGUCAAGCGCAGCUGGACCGUGGUCAGGC (((.((((.((((....)))))))).(((....))).)))..(((((((..(((((.((.(...(((.(---(.((((.....)))).)).)))...).)).)))))..))).))))... ( -44.70) >DroWil_CAF1 21871 117 - 1 GCCAGUGCCGCAGACCCUUGCCAACAGCACAGCUGCCGGCAAUGACAUGGCCCAGCGGCAAUAUC---CCAUUCUCAGUCACACCAAACACGGUGAGACGCAAUUGCACUGUGGUCAGAC ..((.((((((((.....(((.....)))...))).))))).))...((((((((..(((((...---.........(((.((((......)))).)))...))))).))).)))))... ( -36.76) >DroYak_CAF1 36737 120 - 1 GCCAGUGGCGCAAGCCCUUGCCCACCGCACAGCUGCCGGCGACGAUGUGUCCCAAUGGUGUGACACCGCCACUGGUGGUCACACCGAACACGGUCACACGCAGCUGGGUGGUGGUCAGAC ((.((.(((....))))).))(((((((.(((((((((....)).((((.((...(((((((((((((....)))).))))))))).....)).)))).))))))).)))))))...... ( -64.50) >DroMoj_CAF1 18822 120 - 1 GCCAAUGGCGCAAGCCCUUGCCCACCGCACAGCUGCCGGCAAUGACAUGACCCAGAGGCACGAUAGCCCCACCGUCUGUUACACCGAAGACGGUGAGACGCAACUGUACUGUGGUCAGAC (((..(((.((((....)))))))..(((....))).))).......((((((((.(((......))).((((((((..........)))))))).............))).)))))... ( -42.30) >DroPer_CAF1 23517 120 - 1 GCCAGUGCCGCAGUCCCUUGCCCACCGCACAGCUGCCGGCAAUGACAUGGCCCAGCGGCAGAAUACCGCCUUCGGUGGUCACGCCGAACACGGUGAGCCUCAAUUGGGCCGUCGUCAGGC (((..(((((((((....(((.....)))..)))).))))).(((((((((((((.(((....(((((..(((((((....)))))))..))))).)))....))))))))).))))))) ( -58.50) >consensus GCCAGUGGCGCAAACCCUUGCCCACCGCACAGCUGCCGGCAAUGACAUGACCCAGCGGCACGAUACC_CCACUGGCGGUCACACCGAACACGGUCAGACGCAACUGGACCGUGGUCAGAC (((.((((.((((....)))))))).(((....))).))).......(((((....(((.......................)))....((((((...........)))))))))))... (-19.83 = -20.47 + 0.64)
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