Locus 5030

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	13,165,506 – 13,165,626
Length	120
Max. P	0.975407

overview

Window 8

Location	13,165,506 – 13,165,626
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.00
Mean single sequence MFE	-44.53
Consensus MFE	-37.05
Energy contribution	-36.92
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.71
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	-0.05
SVM RNA-class probability	0.509898
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13165506 120 + 22224390
AGACCCUGCGUCUCGUCCAGGCCUUCCAGUACACCGACAAGUACGGCGAGGUCUGCCCCGCCAACUGGAAGCCCGGCCAGAAGACCAUGGUGGCCGAUCCCACCAAGUCCAAGGAGUACU
..(((((...(((.(.((.(((.(((((((((........))))((((.((....)).))))...)))))))).))).))).(((..((((((......)))))).)))..))).))... ( -44.70)
>DroVir_CAF1 2588 120 + 1
AGACACUGCGUCUGGUCCAGGCAUUCCAGUAUACCGACAAGUAUGGCGAGGUGUGCCCAGCCAACUGGAAGCCCGGCCAGAAGACCAUGGUGGCCGAUCCCACCAAGUCCAAGGAGUACU
....(((.(.(((((.((.(((.(((((((((((......))))(((..((....))..))).)))))))))).))))))).(((..((((((......)))))).)))...).)))... ( -49.60)
>DroEre_CAF1 450 120 + 1
AGACCCUGCGUCUCGUUCAGGCCUUCCAGUACACCGACAAGUACGGCGAGGUCUGCCCCGCCAACUGGAAGCCCGGCCAGAAGACCAUGGUGGCCGAUCCCACCAAGUCCAAGGAGUACU
..(((((...(((.(..(.(((.(((((((((........))))((((.((....)).))))...)))))))).)..)))).(((..((((((......)))))).)))..))).))... ( -42.70)
>DroYak_CAF1 449 120 + 1
AGACACUGCGUCUCGUUCAGGCCUUCCAGUACACCGAUAAGUACGGCGAGGUGUGCCCCGCCAACUGGAAGCCCGGCCAGAAGACCAUGGUGGCCGAUCCCACCAAGUCCAAGGAGUACU
.(((..((.((((((..(.(((.(((((((((........))))((((.((....)).))))...)))))))).)..).).))))))((((((......)))))).)))........... ( -42.30)
>DroMoj_CAF1 450 120 + 1
AGACACUGCGUCUAGUGCAGGCCUUCCAGUACACUGACAAGUAUGGCGAGGUGUGCCCAGCCAACUGGAAGCCCGGCCAGAAGACCAUGGUGGCCGAUCCCACCAAGUCCAAGGAGUACU
((((.....))))(((((.((.((((((((..(((....))).((((..((....))..)))))))))))).))..((....(((..((((((......)))))).)))...)).))))) ( -45.00)
>DroAna_CAF1 450 120 + 1
AGACCAUCCGUUUGGUUCAGGCCUUCCAGUACACCGAUAAGUACGGUGAGGUGUGCCCCGCCAACUGGAAGCCCGGCCAGAAGACCAUGGUCGCUGAUCCCACCAAGUCCAAGGAGUACU
.((((((...((((((...((.((((((((.(((((.......))))).((((.....)))).)))))))).)).)))))).....))))))..........((........))...... ( -42.90)
>consensus
AGACACUGCGUCUCGUUCAGGCCUUCCAGUACACCGACAAGUACGGCGAGGUGUGCCCCGCCAACUGGAAGCCCGGCCAGAAGACCAUGGUGGCCGAUCCCACCAAGUCCAAGGAGUACU
.(((.....((((.(.((.(((.(((((((((........))))((((.((....)).))))...)))))))).)).)...))))..((((((......)))))).)))........... (-37.05 = -36.92 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	13,165,506 – 13,165,626
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.00
Mean single sequence MFE	-51.47
Consensus MFE	-46.50
Energy contribution	-46.83
Covariance contribution	0.34
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.83
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	1.75
SVM RNA-class probability	0.975407
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13165506 120 - 22224390
AGUACUCCUUGGACUUGGUGGGAUCGGCCACCAUGGUCUUCUGGCCGGGCUUCCAGUUGGCGGGGCAGACCUCGCCGUACUUGUCGGUGUACUGGAAGGCCUGGACGAGACGCAGGGUCU
......(((((((((((((((......)))))).)))).(((.((((((((((((((.(((((((....))))))).((((....)))).))))))).)))))).).)))..)))))... ( -58.00)
>DroVir_CAF1 2588 120 - 1
AGUACUCCUUGGACUUGGUGGGAUCGGCCACCAUGGUCUUCUGGCCGGGCUUCCAGUUGGCUGGGCACACCUCGCCAUACUUGUCGGUAUACUGGAAUGCCUGGACCAGACGCAGUGUCU
..((((.(..(((((((((((......)))))).)))))((((((((((((((((((.(((.(((....))).)))(((((....)))))))))))).)))))).))))).).))))... ( -55.40)
>DroEre_CAF1 450 120 - 1
AGUACUCCUUGGACUUGGUGGGAUCGGCCACCAUGGUCUUCUGGCCGGGCUUCCAGUUGGCGGGGCAGACCUCGCCGUACUUGUCGGUGUACUGGAAGGCCUGAACGAGACGCAGGGUCU
......(((((((((((((((......)))))).)))).((((..((((((((((((.(((((((....))))))).((((....)))).))))))).)))))..).)))..)))))... ( -53.20)
>DroYak_CAF1 449 120 - 1
AGUACUCCUUGGACUUGGUGGGAUCGGCCACCAUGGUCUUCUGGCCGGGCUUCCAGUUGGCGGGGCACACCUCGCCGUACUUAUCGGUGUACUGGAAGGCCUGAACGAGACGCAGUGUCU
.((.(((...(((((((((((......)))))).)))))...(..((((((((((((.(((((((....))))))).((((....)))).))))))).)))))..))))))......... ( -50.60)
>DroMoj_CAF1 450 120 - 1
AGUACUCCUUGGACUUGGUGGGAUCGGCCACCAUGGUCUUCUGGCCGGGCUUCCAGUUGGCUGGGCACACCUCGCCAUACUUGUCAGUGUACUGGAAGGCCUGCACUAGACGCAGUGUCU
..........((((.((((((......))))))((((((....((.((.((((((((.(((.(((....))).)))(((((....))))))))))))).)).))...)))).))..)))) ( -48.20)
>DroAna_CAF1 450 120 - 1
AGUACUCCUUGGACUUGGUGGGAUCAGCGACCAUGGUCUUCUGGCCGGGCUUCCAGUUGGCGGGGCACACCUCACCGUACUUAUCGGUGUACUGGAAGGCCUGAACCAAACGGAUGGUCU
.((..((((..........))))...))((((((((((....))))((.((((((((..((((((....))))((((.......)))))))))))))).))....((....)))))))). ( -43.40)
>consensus
AGUACUCCUUGGACUUGGUGGGAUCGGCCACCAUGGUCUUCUGGCCGGGCUUCCAGUUGGCGGGGCACACCUCGCCGUACUUGUCGGUGUACUGGAAGGCCUGAACGAGACGCAGGGUCU
......((..(((((((((((......)))))).)))))...)).((((((((((((((((((((....))))))))((((....)))).))))))).)))))....((((.....)))) (-46.50 = -46.83 +   0.34)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:38:32 2006