Locus 5016

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 13,126,184 – 13,126,378
Length 194
Max. P 0.783876
window8169 window8170

overview

Window 9

Location 13,126,184 – 13,126,304
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.18
Mean single sequence MFE -41.43
Consensus MFE -26.41
Energy contribution -27.38
Covariance contribution 0.98
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.57
SVM RNA-class probability 0.783876
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13126184 120 - 22224390
UGUGGAGCUGCAUUUGCAUUUGCAUCUGGAGCUGCAUCUGCGGCAUUGUCUGGCGCUGCAGCUCGAAGUUGUUCCGCUUGGCCAGGCGCUUCUGCUUCUUGAAGAACUUUCGGGCCACGU
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>DroSec_CAF1 3911 120 - 1
UGUGGAGCUGCAUUUGCAUUUGCAUCUGGAGCUGCAUCUGCGGCAUUGUCUGGCGCUGCAGCUCGAAGUUGUUCCGCUUAGCCAGGCGCUUCUGCUUUUUAAAGAACUUUCGGGCCACGU
.((((.((((((..((((.((.(....).)).))))..))))))...(((((((((.(((((.....)))))...))...)))))))((....))...................)))).. ( -41.40)
>DroWil_CAF1 3915 102 - 1
U------CUGCAUUUGC---UGCAUAUG---------CUGCGGCAUGGUCUGACGCUGCAAUUCGAAAUUGUUCCGUUUGGCCAAUCGUUUUUGCUUCUUAAAGAACUUGCGGGCCACAU
(------(((((..(((---((((....---------.)))))))(((((.((((..(((((.....)))))..)))).)))))...((((((........)))))).))))))...... ( -33.60)
>DroYak_CAF1 4065 120 - 1
UGUGGAGCUGCAUUUGCAUUUGCAUCUGCAGCUGCAUCUGCGGCAUUGUCUGGCGCUGCAGCUCGAAGUUGUUCCGCUUGGCCAGGCGCUUCUGCUUCUUGAAGAACUUUCGGGCCACGU
.(((((((((((..(((....)))..)))))))....(((((((..........)))))))(((((((((.(((.((((....))))((....)).....))).))).)))))))))).. ( -47.90)
>DroMoj_CAF1 3939 93 - 1
UGUGCAUCU------------------------GCUG---GGGCAGCGCCUGGCGCUGCAGCUCGAAGUUGUUGCGCUUGGCCAGACGCUUCUGUUUCUUGAAGAACUUGCGCGCCACAU
.((((((((------------------------((((---...))))(((.(((((.(((((.....))))).))))).))).)))..((((........))))....)))))....... ( -34.90)
>DroAna_CAF1 4207 120 - 1
CAUGGAGCUGCAUCUGCAUCUGCAUCUGGAGCUGCAUCUGGGGCAUGGUCUGGCGCUGAAGCUCGAAGUUGUUCCGCUUGGCGAGGCGCUUCUGUUUCUUGAAGAACUUCCGGGCCACGU
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>consensus
UGUGGAGCUGCAUUUGCAUUUGCAUCUGGAGCUGCAUCUGCGGCAUUGUCUGGCGCUGCAGCUCGAAGUUGUUCCGCUUGGCCAGGCGCUUCUGCUUCUUGAAGAACUUUCGGGCCACGU
.(((.((((.((..(((....)))..)).)))).)))....(((...(((.((((..(((((.....)))))..)))).)))......((((........)))).........))).... (-26.41 = -27.38 +   0.98)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 13,126,264 – 13,126,378
Length 114
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.38
Mean single sequence MFE -42.97
Consensus MFE -29.32
Energy contribution -31.67
Covariance contribution 2.35
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.21
SVM RNA-class probability 0.636195
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13126264 114 - 22224390
GGCCAGCAUUGUCAUCGCAUUGUGGUGCCUACUGUACAGCUGCUCCGAACUGGCAUCGCUCAGGCU---GUGCUGGCUGUGGAGCUGCAUUUGCAUUUGCAUCUGGAGCUGCAUCUG
(((((((((.(((........((((((((....(((....)))........))))))))...))).---)))))))))(((.((((.((..(((....)))..)).)))).)))... ( -44.30)
>DroSec_CAF1 3991 114 - 1
GGCCAGCAUUGUCAUCGCAUUGUGGUGCCUACUGUACAGCUGCUCGGAACUGGCAUCGCUCAGGCU---GUGCUGGCUGUGGAGCUGCAUUUGCAUUUGCAUCUGGAGCUGCAUCUG
(((((((((.(((........((((((((..(((..(....)..)))....))))))))...))).---)))))))))(((.((((.((..(((....)))..)).)))).)))... ( -46.70)
>DroEre_CAF1 16716 114 - 1
GGCCAGCAUUGUCAUGGCAUUGUGGUGCCUACUGUACAGCUGCUCCGAGCUGGCAUCGCUCAAGCU---GUGCUGGCUGUGGAGCUGCAUCUGCAUUUGCAUCUGGAGCUGCAUCUG
(((((((........(((((....)))))......((((((.....((((.......)))).))))---)))))))))(((.((((.((..(((....)))..)).)))).)))... ( -46.70)
>DroWil_CAF1 3995 96 - 1
AGCUAGCAGGGUCAUGGCAUUAUGAUGACGACUAUACAAUUGCUCCGAGCUGGCAUCGCUUAGACU---GUGAUGGCU------CUGCAUUUGC---UGCAUAUG---------CUG
(((((((((.(((((.(.....).))))).......(((.(((...((((...((((((.......---)))))))))------).))).))))---))).)).)---------)). ( -29.00)
>DroYak_CAF1 4145 114 - 1
GGCCAGCAUUGUCAUGGCAUUGUGGUGCCUACUGUACAGCUGCUCCGAGCUGGCAUCGCUCAAGCU---GUGCUGGCUGUGGAGCUGCAUUUGCAUUUGCAUCUGCAGCUGCAUCUG
(((((((........(((((....)))))......((((((.....((((.......)))).))))---)))))))))(((.(((((((..(((....)))..))))))).)))... ( -52.00)
>DroAna_CAF1 4287 117 - 1
CGCCAGGAGCGUCAUGGCGUUGUGAUGGCGACUGUAGAGCUGCUCGGAACUGGCAUCACUGAGACUACUAUGACCGCCAUGGAGCUGCAUCUGCAUCUGCAUCUGGAGCUGCAUCUG
..((((..(((((((.((...)).)))))((.((((((((.((((.(...((((.(((..(......)..)))..))))).)))).)).)))))))).))..))))........... ( -39.10)
>consensus
GGCCAGCAUUGUCAUGGCAUUGUGGUGCCUACUGUACAGCUGCUCCGAACUGGCAUCGCUCAGGCU___GUGCUGGCUGUGGAGCUGCAUUUGCAUUUGCAUCUGGAGCUGCAUCUG
(((((((((......(((...((((((((......................))))))))....)))...)))))))))(((.((((.((..(((....)))..)).)))).)))... (-29.32 = -31.67 +   2.35)

alignment

Postscript

secondary structure

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