| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,101,093 – 13,101,210 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.537421 |
| Location | 13,101,093 – 13,101,210 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 82.84 |
| Mean single sequence MFE | -48.43 |
| Consensus MFE | -33.98 |
| Energy contribution | -34.65 |
| Covariance contribution | 0.67 |
| Combinations/Pair | 1.21 |
| Mean z-score | -1.55 |
| Structure conservation index | 0.70 |
| SVM decision value | 0.01 |
| SVM RNA-class probability | 0.537421 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 13101093 117 + 22224390 GCGGCAGCAGCGGCUGCUGCAGCAGCUCCGCUGCGAGUCAGGACGGUCUGGCGGACUUUCUGGUUCACCACCUGGUGCUCGUACGCCUGGCGCUCCGCCUAAAUAAUUGUGAAACAA ((((..(((((((((((....)))))..))))))..((((((.((..(.((((((((....)))))(((....)))))).)..))))))))...))))................... ( -48.50) >DroVir_CAF1 7659 115 + 1 GCAGCGGCUGCCGCAGCGGCGGCGGCAUCGCUUCGCGUCAGCACCUUCUGGCGCAGCUUCUGUGUGAGCACCUGAUGCUCGUAGGCCUGCCGUUCCGCCUG-CAAGU-GCAAGAGUG (.((((((((((((....))))))))..)))).)(((((((......))))))).(((..((..((((((.....)))))((((((..........)))))-)..).-.))..))). ( -53.70) >DroSec_CAF1 2177 116 + 1 GCGGCAGCAGCGGCUGCUGCAGCAGCUCCGCUGCGAGUGAGGACGGUCUGGCGGACUUUCUGGUUCACCACCUGGUGCUCGUACGCCUGGCGCUCCGCCUU-AUAUUUGCAAAACAA (((((.(((((((((((....)))))..))))))(..((((.((.(..(((.(((((....))))).)))..).)).))))..)))).((((...))))..-......))....... ( -49.30) >DroSim_CAF1 2041 116 + 1 GCGGCAGCAGCGGCUGCUGCAGCAGCUCCGCUGCGAGUCAGGACGGUCUGGCGGACUUUCUGGUUCACCACCUGGUGCUCGUACGCCUGGCGCUCCGCCUA-AUAUUUGCAAAAUAA ((((..(((((((((((....)))))..))))))..((((((.((..(.((((((((....)))))(((....)))))).)..))))))))...))))...-............... ( -48.50) >DroEre_CAF1 2184 113 + 1 GCGGCAGCAGCGGCUGCUGCAGCAGCUCCGCUGCGAGUCAGGACAGUCUGACGGACUUUCUGGUUCACCACCUGAUGCUCGUACGCCUGGCGCUCCGCCUA-GUAAUUGUAAAU--- (((((((((((((((((....)))))..))))))((..(((((.((((.....)))))))))..)).........))).)))..((..((((...))))..-))..........--- ( -45.30) >DroYak_CAF1 2142 113 + 1 GCGGCAGCAGCGGCUGCUGCAGCAGCUCCACUGCGAGUAAGGACGGUUUGACGGACCUUCUGGUUAACCACCUGGUGCUCGUACGCCUGCCGCUCCGCCUA-AUAAGAAUAUAU--- (((((((..((((((((....))))).....(((((((((((..((((...(((.....)))...)))).)))..))))))))))))))))))........-............--- ( -45.30) >consensus GCGGCAGCAGCGGCUGCUGCAGCAGCUCCGCUGCGAGUCAGGACGGUCUGGCGGACUUUCUGGUUCACCACCUGGUGCUCGUACGCCUGGCGCUCCGCCUA_AUAAUUGCAAAA_AA ((((.(((.(.((((((....)))))).)(((((((((((((..((((.....))))...(((....)))))))..))))))).)).....)))))))................... (-33.98 = -34.65 + 0.67)
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