Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,993,640 – 12,993,773 |
Length | 133 |
Max. P | 0.861175 |
Location | 12,993,640 – 12,993,736 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 5 |
Columns | 96 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.85 |
Mean single sequence MFE | -26.46 |
Consensus MFE | -15.18 |
Energy contribution | -17.46 |
Covariance contribution | 2.28 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -2.07 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | -0.01 |
SVM RNA-class probability | 0.529603 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12993640 96 - 22224390 CGACUAUCGAUAUUGCUUAUGUUUAUGGCUUGACACUGCAACUAUCGAGCGUUUGGGCAAACCAAUGUUUUCGAUCGAUAGUAGCAAGUGCUAGUA (((((((.(((((.....))))).)))).))).((((((.((((((((.((.((((.....))))......)).)))))))).)).))))...... ( -26.90) >DroSec_CAF1 4764 96 - 1 CGACCAUCGAUAUUGCUUAUGUUUGUGGUGUGACACUGCAACUAUCGAGCGUUUGAGCAAACCAAUGUGUUCGAUCGAUAGUACCAAGUGUUAUUA ..(((((.(((((.....))))).)))))((((((((...((((((((....(((((((........)))))))))))))))....)))))))).. ( -31.30) >DroSim_CAF1 2009 96 - 1 CGACCAUCGAUAUUGCUUAUGUUUGUGGUGUGACACUGCAACUAUCGAGCGUUUGGGCAAACCAAUGUGUUCGAUCGAUAGUAGCAAGUGUUAUUA ..(((((.(((((.....))))).)))))((((((((((.((((((((.((.((((.....))))......)).)))))))).)).)))))))).. ( -34.90) >DroEre_CAF1 1996 95 - 1 CGCCUAUCGAUGUUGCUUAUGUAUAUGCUGUGACACUGCAACUAUCGAACGUUCCUAAAAGCAAGUGUGUUCUAUCGAUAGUACCAAAUAUAAGU- ...(((((((((((((...(((..........)))..)))))....(((((..(..........)..))))).))))))))..............- ( -17.80) >DroYak_CAF1 2024 96 - 1 CGUCUAUCGAUAUUGCUUAUGUUUAUGGUAUGACACUGCAACUAUCGUACGUCUUAUCAGACCAAUGUGUUCUAUCGAUAGUAGCAAAUUUAGGUA .(((((((((((..((.(((.....(((((.(((..(((.......))).))).))))).....))).))..)))))))))..))........... ( -21.40) >consensus CGACUAUCGAUAUUGCUUAUGUUUAUGGUGUGACACUGCAACUAUCGAGCGUUUGAGCAAACCAAUGUGUUCGAUCGAUAGUAGCAAGUGUUAGUA ...((((.(((((.....))))).))))..(((((((((.((((((((.((.....(((......)))...)).)))))))).)).)))))))... (-15.18 = -17.46 + 2.28)
Location | 12,993,656 – 12,993,773 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 89.23 |
Mean single sequence MFE | -34.06 |
Consensus MFE | -24.92 |
Energy contribution | -24.80 |
Covariance contribution | -0.12 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.29 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 0.83 |
SVM RNA-class probability | 0.861175 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12993656 117 - 22224390 UCGAUUUCAGAAGACGUUACUUGUCCGAACUUAUUGGCGACUAUCGAUAUUGCUUAUGUUUAUGGCUUGACACUGCAACUAUCGAGCGUUUGGGCAAACCAAUGUUUUCGAUCGAUA ((((((...(((((((((..((((((((((.....(....)..((((((((((...((((........))))..)))).))))))..))))))))))...))))))))))))))).. ( -38.30) >DroSec_CAF1 4780 117 - 1 UCGAUUUCAGAAGACGUUACUUGUCCGAACUUAUCGGCGACCAUCGAUAUUGCUUAUGUUUGUGGUGUGACACUGCAACUAUCGAGCGUUUGAGCAAACCAAUGUGUUCGAUCGAUA ((((((...(((.(((((..(((..(((((.((((((......))))))..(((((((.(((..(((...)))..))).))).)))))))))..)))...))))).))))))))).. ( -35.40) >DroSim_CAF1 2025 117 - 1 UCGAUUUCAGAAGACGUUACUUGUCCGAACUUAUCGGCGACCAUCGAUAUUGCUUAUGUUUGUGGUGUGACACUGCAACUAUCGAGCGUUUGGGCAAACCAAUGUGUUCGAUCGAUA ((((((...(((.(((((..((((((((((.((((((......))))))..(((((((.(((..(((...)))..))).))).))))))))))))))...))))).))))))))).. ( -40.70) >DroEre_CAF1 2011 117 - 1 UCGAUUUCAGAAGACGUUAUUUGUCCGAACUUAUCGGCGCCUAUCGAUGUUGCUUAUGUAUAUGCUGUGACACUGCAACUAUCGAACGUUCCUAAAAGCAAGUGUGUUCUAUCGAUA (((((...((((.((...((((((((((.....))))......((((((((((...(((..........)))..))))).)))))............)))))))).))))))))).. ( -26.50) >DroYak_CAF1 2040 117 - 1 UCGAUUUCAGAAGACGAUAUUUGUCCGAACUUAUCGGCGUCUAUCGAUAUUGCUUAUGUUUAUGGUAUGACACUGCAACUAUCGUACGUCUUAUCAGACCAAUGUGUUCUAUCGAUA (((((...((((.((((((..((.((((.....))))))..))))((((((((...((((........))))..)))).))))....((((....))))....)).))))))))).. ( -29.40) >consensus UCGAUUUCAGAAGACGUUACUUGUCCGAACUUAUCGGCGACUAUCGAUAUUGCUUAUGUUUAUGGUGUGACACUGCAACUAUCGAGCGUUUGAGCAAACCAAUGUGUUCGAUCGAUA (((((....(((.(((((...((.((((.....))))))....((((((((((...((((........))))..)))).))))))..((((....)))).))))).))).))))).. (-24.92 = -24.80 + -0.12)
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