Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,914,101 – 12,914,205 |
Length | 104 |
Max. P | 0.826109 |
Location | 12,914,101 – 12,914,205 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.36 |
Mean single sequence MFE | -45.06 |
Consensus MFE | -33.31 |
Energy contribution | -34.40 |
Covariance contribution | 1.09 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -1.28 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 0.70 |
SVM RNA-class probability | 0.826109 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12914101 104 - 22224390 CGUAUGCAGGUGGCC---UGGGCACCAGGUUGUCCGGAGCCGAACGGCGAAUCGGCGAUCGUCGGACGUGUUCGGCCAGCGGAUCGUAUUCCAGCUUGUAUACGGAU------------- (((((((((((((((---(((...)))))))(((((..((((((((.((..(((((....))))).))))))))))...))))).........)))))))))))...------------- ( -48.70) >DroSec_CAF1 114473 104 - 1 CGUAUGCAGGUGGCC---UCGGCACCAGGUUGUCCGAAACCGAUCGGCGAAUCGGCGGUCGUCGGUCGUGUUCGGCCAGCGGAUCAUAUGCCAGCUUGUAUACGGAU------------- ((((((((((((((.---......((..((((.(((((..((((((((((........))))))))))..))))).)))))).......)))).))))))))))...------------- ( -48.14) >DroSim_CAF1 98509 104 - 1 CGUAUGCAGGUGGCC---UCGGCACCAGGUUGUCCGGAACCGAUCGGCGAAUCGGCGGUCGUCGGACGUGUUCGGCCAGCGGAUCGUAUGCCAGCUUGUAUACGGAU------------- ((((((((((((((.---.(((..((..((((.(((((..((.(((((((........))))))).))..))))).)))))).)))...)))).))))))))))...------------- ( -45.00) >DroEre_CAF1 111483 107 - 1 CGUAUGCAGGUGGCCGUCUGGGCACCAGGUCGUCCGGAACUGACCGGCGGAUCGGCGGUCGUCGGACGUGUUCGGCCAGCGGAUCGUAUGCCAGCUUGUAUACGGAC------------- (((((((((((((((((((((...))))).(((((((...((((((.((...)).)))))))))))))....)))))...((........)).)))))))))))...------------- ( -51.00) >DroYak_CAF1 124832 107 - 1 CGUAUACAGGUGGCCACCAGGGCACUAGGUCGUUCGGUGCUGACCGGCGGAUCGGCGGUCGUCGGACGUGUUCGGCCAGCGGAUCGUAUGCCAGCUUGUAUACGGAU------------- (((((((((((.(((.....)))....((.(((.((((((((((((.((...)).)))))((((((....)))))).)))..)))).))))).)))))))))))...------------- ( -46.10) >DroAna_CAF1 131774 102 - 1 CGAAUAC-GGUGGCU---------GGAAGUCUUCC--------ACGGCGGAUGGCUGGACGUCGGGCGUGUUCGGCGAAUGGAUCCUUCACCAGCUUAUACUCGGAGGCAGAGGCAGAGG .......-...((((---------((..(((...(--------(((.(.((((......)))).).))))...)))(((.(....)))).))))))....(((....((....)).))). ( -31.40) >consensus CGUAUGCAGGUGGCC___UGGGCACCAGGUCGUCCGGAACCGAACGGCGAAUCGGCGGUCGUCGGACGUGUUCGGCCAGCGGAUCGUAUGCCAGCUUGUAUACGGAU_____________ (((((((((((((((.....(((.....)))((((((...((((((.(.....).))))))))))))......))))...((........)).)))))))))))................ (-33.31 = -34.40 + 1.09)
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