Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,896,209 – 12,896,307 |
Length | 98 |
Max. P | 0.999423 |
Location | 12,896,209 – 12,896,307 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.00 |
Mean single sequence MFE | -36.98 |
Consensus MFE | -29.28 |
Energy contribution | -32.00 |
Covariance contribution | 2.72 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -4.26 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 3.59 |
SVM RNA-class probability | 0.999423 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12896209 98 + 22224390 GGAAAACUGAAU----------------------GGGCCAAUACAAGCUGUAUACCAGAUUUAUGACAUAUUCUUCGGAAUGGGAUACCACCACAGGAAUCCUCAUAAAACUGGUAUAAG ............----------------------.(((........))).((((((((.(((((((..(((((....)))))((((.((......)).))))))))))).)))))))).. ( -30.00) >DroSec_CAF1 97051 120 + 1 GGAAACCUGAAUGAUUUAUGCACCUGGUUUGAUUGGGCCAAUACAAGCUGUAUACCAGAUUUAUGACAUAUUCUUCGGAAUGGGAUACCACUUUAGGUAUCCUCAUAAGACUGGUAUAAG (....)...................((((((((((...)))).)))))).((((((((.(((((((..(((((....)))))(((((((......)))))))))))))).)))))))).. ( -39.00) >DroSim_CAF1 81072 120 + 1 GGAAACCUGAAUGAAUUAUGCACCUGAUUUGAUUGGGCCAAUACAAGCUGUAUACCAGAUUUAUGACAUAUUCUUCGGAAUGGGAUACCACUUUAGGUAUCCUCAUAAGACUGGUAUAAG ((...((..(.(((((((......))))))).)..))))...........((((((((.(((((((..(((((....)))))(((((((......)))))))))))))).)))))))).. ( -39.90) >DroEre_CAF1 94167 118 + 1 GCA-ACCCGAAUUAAUUAUGCAGCUGGUUUGAGUUGGCCAAUAAAAACUCUAUACCAGAUUUACGAUACGUUCUUCGGAAUGGGAAACCUCU-UAGGUAUCCUCGUAAAACUGGUAUAAG .((-((.(((((((..........))))))).))))..............((((((((.(((((((..(((((....)))))(((.(((...-..))).)))))))))).)))))))).. ( -39.20) >DroYak_CAF1 105742 120 + 1 GAAAACCUGAAUUAAUUAUGCAGCUGCUUUCAUUUGGCCAAUAAAAACUCGAUACCAGAUUUAUGAUAUAUUCUUCGGAAUGGGAUACCACUUUAGGUAUCCUCAUAAGACUGGUAUGAG ......(..(((.((....((....)).)).)))..)..........(((.(((((((.(((((((..(((((....)))))(((((((......)))))))))))))).)))))))))) ( -36.80) >consensus GGAAACCUGAAUGAAUUAUGCACCUGGUUUGAUUGGGCCAAUACAAGCUGUAUACCAGAUUUAUGACAUAUUCUUCGGAAUGGGAUACCACUUUAGGUAUCCUCAUAAGACUGGUAUAAG ..................................................((((((((.(((((((..(((((....)))))(((((((......)))))))))))))).)))))))).. (-29.28 = -32.00 + 2.72)
Location | 12,896,209 – 12,896,307 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.00 |
Mean single sequence MFE | -32.12 |
Consensus MFE | -26.38 |
Energy contribution | -26.62 |
Covariance contribution | 0.24 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -3.18 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 3.06 |
SVM RNA-class probability | 0.998291 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12896209 98 - 22224390 CUUAUACCAGUUUUAUGAGGAUUCCUGUGGUGGUAUCCCAUUCCGAAGAAUAUGUCAUAAAUCUGGUAUACAGCUUGUAUUGGCCC----------------------AUUCAGUUUUCC ..((((((((.(((((((.(((((.((..((((....))))..))..)))).).))))))).))))))))..(((......)))..----------------------............ ( -26.90) >DroSec_CAF1 97051 120 - 1 CUUAUACCAGUCUUAUGAGGAUACCUAAAGUGGUAUCCCAUUCCGAAGAAUAUGUCAUAAAUCUGGUAUACAGCUUGUAUUGGCCCAAUCAAACCAGGUGCAUAAAUCAUUCAGGUUUCC ..((((((((..(((((((((((((......))))))).((((....))))...))))))..)))))))).((((((.(((.((((..........)).))...)))....))))))... ( -34.30) >DroSim_CAF1 81072 120 - 1 CUUAUACCAGUCUUAUGAGGAUACCUAAAGUGGUAUCCCAUUCCGAAGAAUAUGUCAUAAAUCUGGUAUACAGCUUGUAUUGGCCCAAUCAAAUCAGGUGCAUAAUUCAUUCAGGUUUCC ..((((((((..(((((((((((((......))))))).((((....))))...))))))..)))))))).((((((.((((((((..........)).)).)))).....))))))... ( -34.80) >DroEre_CAF1 94167 118 - 1 CUUAUACCAGUUUUACGAGGAUACCUA-AGAGGUUUCCCAUUCCGAAGAACGUAUCGUAAAUCUGGUAUAGAGUUUUUAUUGGCCAACUCAAACCAGCUGCAUAAUUAAUUCGGGU-UGC ..((((((((.((((((((((.(((..-...))).)))..(((....)))....))))))).))))))))(((((.((((((((............)))).))))..)))))....-... ( -29.60) >DroYak_CAF1 105742 120 - 1 CUCAUACCAGUCUUAUGAGGAUACCUAAAGUGGUAUCCCAUUCCGAAGAAUAUAUCAUAAAUCUGGUAUCGAGUUUUUAUUGGCCAAAUGAAAGCAGCUGCAUAAUUAAUUCAGGUUUUC .(((((((((..(((((((((((((......))))))).((((....))))...))))))..))))))).))(((((((((.....)))))))))..(((.((.....)).)))...... ( -35.00) >consensus CUUAUACCAGUCUUAUGAGGAUACCUAAAGUGGUAUCCCAUUCCGAAGAAUAUGUCAUAAAUCUGGUAUACAGCUUGUAUUGGCCCAAUCAAACCAGCUGCAUAAUUAAUUCAGGUUUCC ..((((((((..(((((((((((((......))))))).((((....))))...))))))..))))))))..(((......))).................................... (-26.38 = -26.62 + 0.24)
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