Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,896,003 – 12,896,102 |
Length | 99 |
Max. P | 0.993983 |
Location | 12,896,003 – 12,896,102 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 103 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 85.42 |
Mean single sequence MFE | -43.57 |
Consensus MFE | -39.89 |
Energy contribution | -39.45 |
Covariance contribution | -0.44 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -5.71 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 2.44 |
SVM RNA-class probability | 0.993983 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12896003 99 + 22224390 AGAAUUCCGUGGCUGGCA--UCGCUCGCUGUAAAUUGUAAUCAUCAAAGCGUUUU--CUCAGAGCCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGUGCCAGUCCG .......((.((((((((--.((((((((((((...((((.((((((.((((((.--....))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))))) ( -47.00) >DroGri_CAF1 123742 91 + 1 ---------UGAAUGACGUCACGCCCGCUGUAAUAUGUAAUCAUCAAAGCGUGUAU-UU--UACUCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGCGACGGCCAC ---------.......((((.(((.((((((((...((((.((((((.(((.(((.-..--))).)))))))))))))...)))))))).))).))))..... ( -35.80) >DroSec_CAF1 96848 99 + 1 AGAAUUCCGUGGCUGGCA--UCGCUCGCUGUAAAUUGUAAUCAUCAAAGCGUUUU--CUCAGAGCCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGUGCCAGUCCG .......((.((((((((--.((((((((((((...((((.((((((.((((((.--....))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))))) ( -47.00) >DroEre_CAF1 93949 99 + 1 AGAAUUCCGUGGCUGGCA--UCGCCCGCUGUAAAUUGUAAUCAUCAAAGCGUUUU--CUCAGAGCCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGUGCCAGUCCG .......((.((((((((--.(((.((((((((...((((.((((((.((((((.--....))).)))))))))))))...)))))))).))))))))))))) ( -42.20) >DroYak_CAF1 105539 99 + 1 AGAAUUCCGUGGCUGGCA--UCGCUCGCUGUAAAUUGUAAUCAUCAAAGCGUUUU--CUCAGAGCCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGUGCCAGUCCG .......((.((((((((--.((((((((((((...((((.((((((.((((((.--....))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))))) ( -47.00) >DroAna_CAF1 108583 101 + 1 AAAAUUCCGUGGCUGGCA--UCGUUCACUGUAAAUUGUAACCAUCAAAGCGUUUUUUAUCAGAGCCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGAGCCAGCUGG ..........(((((((.--(((((((((((((...(((((.(((((.(((.(((......))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))).. ( -42.40) >consensus AGAAUUCCGUGGCUGGCA__UCGCUCGCUGUAAAUUGUAAUCAUCAAAGCGUUUU__CUCAGAGCCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGUGCCAGUCCG ..........((((((((...((((((((((((...((((.((((((.(((.(((......))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))).. (-39.89 = -39.45 + -0.44)
Location | 12,896,003 – 12,896,102 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 103 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.42 |
Mean single sequence MFE | -35.21 |
Consensus MFE | -25.61 |
Energy contribution | -26.56 |
Covariance contribution | 0.95 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -3.99 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 1.14 |
SVM RNA-class probability | 0.921720 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12896003 99 - 22224390 CGGACUGGCACACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGGCUCUGAG--AAAACGCUUUGAUGAUUACAAUUUACAGCGAGCGA--UGCCAGCCACGGAAUUCU .((.(((((((.(((.(((((((..(((((((.(((((........--....))))).).)).))))..))))))).))).).--)))))))).......... ( -35.50) >DroGri_CAF1 123742 91 - 1 GUGGCCGUCGCACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGAGUA--AA-AUACACGCUUUGAUGAUUACAUAUUACAGCGGGCGUGACGUCAUUCA--------- (((((.(((((.(((.((((((...(((((((.(((((.(((--..-.))).))))).).)).))))...)))))).))).))))))))))...--------- ( -33.50) >DroSec_CAF1 96848 99 - 1 CGGACUGGCACACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGGCUCUGAG--AAAACGCUUUGAUGAUUACAAUUUACAGCGAGCGA--UGCCAGCCACGGAAUUCU .((.(((((((.(((.(((((((..(((((((.(((((........--....))))).).)).))))..))))))).))).).--)))))))).......... ( -35.50) >DroEre_CAF1 93949 99 - 1 CGGACUGGCACACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGGCUCUGAG--AAAACGCUUUGAUGAUUACAAUUUACAGCGGGCGA--UGCCAGCCACGGAAUUCU .((.(((((((.(((.(((((((..(((((((.(((((........--....))))).).)).))))..))))))).))).).--)))))))).......... ( -34.60) >DroYak_CAF1 105539 99 - 1 CGGACUGGCACACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGGCUCUGAG--AAAACGCUUUGAUGAUUACAAUUUACAGCGAGCGA--UGCCAGCCACGGAAUUCU .((.(((((((.(((.(((((((..(((((((.(((((........--....))))).).)).))))..))))))).))).).--)))))))).......... ( -35.50) >DroAna_CAF1 108583 101 - 1 CCAGCUGGCUCACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGGCUCUGAUAAAAAACGCUUUGAUGGUUACAAUUUACAGUGAACGA--UGCCAGCCACGGAAUUUU ((.((((((((..((((((((((..(((((.(.(((((..............))))).)...)))))..))))))))))..))--.))))))...))...... ( -36.64) >consensus CGGACUGGCACACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGGCUCUGAG__AAAACGCUUUGAUGAUUACAAUUUACAGCGAGCGA__UGCCAGCCACGGAAUUCU .((.(((((((.(((.(((((((..(((((((.(((((..............))))).).)).))))..))))))).))).)...)))))))).......... (-25.61 = -26.56 + 0.95)
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