Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,776,685 – 12,776,805 |
Length | 120 |
Max. P | 0.992079 |
Location | 12,776,685 – 12,776,805 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.06 |
Mean single sequence MFE | -38.08 |
Consensus MFE | -35.04 |
Energy contribution | -33.98 |
Covariance contribution | -1.05 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.91 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 2.31 |
SVM RNA-class probability | 0.992079 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12776685 120 + 22224390 ACUAUCUGCCGCAAACCAUGACGCAGGAGGAGAUGCGAUCGCUCUUCUCCAGCAUCGGUGAGCUCGAGAGUUGCAAACUGGUGCGUGAUAAAGUCUCAGGUAAUUUGGGUAAAUAUUAAC ..(((.((((.((((((.(((.((.((((((((.((....)))))))))).((((((((..((.(....)..))..))))))))........)).))))))...))))))).)))..... ( -43.30) >DroPse_CAF1 92 120 + 1 ACUAUCUGCCACAGACCAUGACCCAAGAGGAGAUGCGAUCGCUCUUCUCGAGUAUCGGUGAGCUCGAGAGUUGCAAACUGGUGCGUGAUAAAGUCUCAGGUAAUUUGGGUAAAUAUUAAC ..(((.((((.((((((.(((..(..(((((((.((....)))))))))..((((((((..((.(....)..))..))))))))........)..))))))...))))))).)))..... ( -36.30) >DroGri_CAF1 80 120 + 1 ACUAUCUGCCACAAACCAUGACGCAAGAGGAGAUGCGUUCGCUCUUCUCUAGCAUUGGUGAGUUGGAGAGUUGCAAACUGGUGCGAGAUAAAGUCUCAGGUAAUUUGGGUAAAUAUUAAC ..(((.((((.((((((........((((((((.((....)))))))))).((((..((..((.........))..))..))))(((((...))))).)))...))))))).)))..... ( -35.40) >DroSec_CAF1 125 120 + 1 UUUAUCUGCCGCAGACCAUGACGCAGGAGGAGAUGCGAUCGCUCUUCUCCAGCAUCGGUGAGCUGGAGAGUUGCAAACUGGUGCGUGAUAAAGUCUCAGGUAAUUUGGGUAAAUAUUAAC ((((((((((..((((..((.(((.((((((((.((....)))))))))).((((((((..((.........))..))))))))))).))..))))..))).....)))))))....... ( -42.10) >DroWil_CAF1 92 120 + 1 ACUAUCUGCCACAAACCAUGACGCAAGAGGAGAUGCGAUCGCUCUUCUCCAGCAUUGGUGAGUUGGAGAGUUGCAAACUGGUGCGUGAUAAAGUCUCAGGUAAUUUGGGUAAAUAUUGAC ..(((.((((.((((((....(....)..(((((...(((((..(((((((((........)))))))))..(((......))))))))...))))).)))...))))))).)))..... ( -37.30) >DroPer_CAF1 92 120 + 1 ACUAUCUGCCACAGACCAUGACCCAAGAGGAGAUGCGAUCGCUCUUUUCGAGUAUCGGUGAGCUCGAGAGUUGCAAACUGGUGCGUGAUAAAGUCUCAGGUAAUUUGGGUAAAUAUUAAC ....((((...)))).....(((((((..(((((...(((((((.....))((((((((..((.(....)..))..)))))))))))))...)))))......))))))).......... ( -34.10) >consensus ACUAUCUGCCACAAACCAUGACGCAAGAGGAGAUGCGAUCGCUCUUCUCCAGCAUCGGUGAGCUCGAGAGUUGCAAACUGGUGCGUGAUAAAGUCUCAGGUAAUUUGGGUAAAUAUUAAC ..(((.((((.((((((.(((..(..(((((((.((....)))))))))..((((((((..((.........))..))))))))........)..))))))...))))))).)))..... (-35.04 = -33.98 + -1.05)
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