Locus 4882

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	12,694,171 – 12,694,327
Length	156
Max. P	0.987658

overview

Window 7

Location	12,694,171 – 12,694,287
Length	116
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	71.62
Mean single sequence MFE	-31.75
Consensus MFE	-10.63
Energy contribution	-11.37
Covariance contribution	0.74
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-2.00
Structure conservation index	0.33
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.630028
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12694171 116 - 22224390
CCGAUACAC-ACACUUGCACAC-GUUCAUACAUGUACAUGUAUGUAGAUGUGCUGGCGUGUGGAAAUUAUGGUUUUGUAAUUGGCAUAUCGCUGUCUCUAUCGCCAAACAGCUGGCCG
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>DroSec_CAF1 47107 112 - 1
CCGAUACAC-ACACUUACACAC-GUAUGUACAU----AUGUAUGUGCAUGUGCUGGCGUGUGGAAAUUAUGGUUUUGUAAUUGGCAUAUCGCUGUCUCUAUCGCCAAACAGCUGGCCG
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>DroSim_CAF1 33218 112 - 1
CCGAUACAC-ACACUUACACAC-GUAUGUACAU----AUGUAUGUGCAUGUGCUGGCGUGUGGAAAUUAUGGUUUUGUAAUUGGGAUAUCGCUGUCUCUAUCGCCAAACAGCUGGCCG
..(((((((-((.((..((((.-((((((((..----..)))))))).))))..)).)))))..((((((......))))))((((((....))))))))))((((......)))).. ( -35.50)
>DroEre_CAF1 46404 98 - 1
UCGGU--AC-ACGCAUACACUC-GUACAUA----------------AAUGUGCUGGCGUGUGGAAAUUAUGGUUUUGUAAUUGGCAUAUCGCUGUCUCUAUCGCCAAACAUCUAACCG
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>DroYak_CAF1 50691 100 - 1
CCGAUCCAC-ACGCAUACAAAG-GUACAUA----------------CAUGUGCUGGCGUGUGGAAAUUAUGGUUUUGUAAUUGGCAUAUCGCUAUCUCUAUCGCCAUACAUCUGGCCA
....(((((-((((.......(-(((((..----------------..)))))).))))))))).....(((((.((((..(((((((..........))).))))))))...))))) ( -32.10)
>DroPer_CAF1 75609 93 - 1
UCGCUACUGAAAGCUUGUAGGAGCCAGACA----------------GAUGUGU---CGGGUGCGCGUUAUACUUUUAUAAUUGCCACUGCUACGCAUCUAU------ACAUCUGUGCG
.(((..(((...((((....)))))))(((----------------(((((((---.(((((((.((((((....)))))).((....))..)))))))))------))))))))))) ( -30.50)
>consensus
CCGAUACAC_ACACUUACACAC_GUACAUA________________CAUGUGCUGGCGUGUGGAAAUUAUGGUUUUGUAAUUGGCAUAUCGCUGUCUCUAUCGCCAAACAGCUGGCCG
................................................(((..(((((.(((((((((((......))))))(((.....)))...)))))))))).)))........ (-10.63 = -11.37 +   0.74)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	12,694,209 – 12,694,327
Length	118
Sequences	5
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.62
Mean single sequence MFE	-29.90
Consensus MFE	-22.20
Energy contribution	-24.18
Covariance contribution	1.98
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.88
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	2.09
SVM RNA-class probability	0.987658
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12694209 118 + 22224390
UUACAAAACCAUAAUUUCCACACGCCAGCACAUCUACAUACAUGUACAUGUAUGAACGUGUGCAAGUGUGUGUAUCGGGAUUUUUUGGCCAUGGACUGCAUUCAAAAUGCAAUUUGUU
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>DroSec_CAF1 47145 114 + 1
UUACAAAACCAUAAUUUCCACACGCCAGCACAUGCACAUACAU----AUGUACAUACGUGUGUAAGUGUGUGUAUCGGGUUUUUUUGGCCAUGGACUGCAUUCAAAAUGCAAUUUGUU
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>DroSim_CAF1 33256 114 + 1
UUACAAAACCAUAAUUUCCACACGCCAGCACAUGCACAUACAU----AUGUACAUACGUGUGUAAGUGUGUGUAUCGGGAUUUUUUGGCCAUGGACUGCAUUCAAAAUGCAAUUUGUU
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>DroEre_CAF1 46442 100 + 1
UUACAAAACCAUAAUUUCCACACGCCAGCACAUU----------------UAUGUACGAGUGUAUGCGUGU--ACCGAGAUUUUUUGUCCAUGGACUGCAUUCAAAAUGCAAUUUGUU
..(((((.....((((((.((((((..((((...----------------.........))))..))))))--...))))))....(((....)))(((((.....))))).))))). ( -22.30)
>DroYak_CAF1 50729 102 + 1
UUACAAAACCAUAAUUUCCACACGCCAGCACAUG----------------UAUGUACCUUUGUAUGCGUGUGGAUCGGAAUUUUUUGGCCAUGGACAGCAUUCAAAAUGCAAUUUGUU
..(((((.((((....(((((((((..(((...(----------------(....))...)))..)))))))))..((..........))))))...((((.....))))..))))). ( -25.90)
>consensus
UUACAAAACCAUAAUUUCCACACGCCAGCACAUG_ACAUACAU____AUGUAUGUACGUGUGUAAGUGUGUGUAUCGGGAUUUUUUGGCCAUGGACUGCAUUCAAAAUGCAAUUUGUU
..(((((.(((.(((((((((((((..(((((((....(((((....)))))....)))))))..)))))))....))))))...))).........((((.....))))..))))). (-22.20 = -24.18 +   1.98)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	12,694,209 – 12,694,327
Length	118
Sequences	5
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.62
Mean single sequence MFE	-30.00
Consensus MFE	-16.66
Energy contribution	-17.28
Covariance contribution	0.62
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.54
Structure conservation index	0.56
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.651981
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12694209 118 - 22224390
AACAAAUUGCAUUUUGAAUGCAGUCCAUGGCCAAAAAAUCCCGAUACACACACUUGCACACGUUCAUACAUGUACAUGUAUGUAGAUGUGCUGGCGUGUGGAAAUUAUGGUUUUGUAA
.(((((((((((.....)))))))((((((..........))....(((((.((.((((((...(((((((....)))))))..).))))).)).)))))......))))..)))).. ( -34.10)
>DroSec_CAF1 47145 114 - 1
AACAAAUUGCAUUUUGAAUGCAGUCCAUGGCCAAAAAAACCCGAUACACACACUUACACACGUAUGUACAU----AUGUAUGUGCAUGUGCUGGCGUGUGGAAAUUAUGGUUUUGUAA
.....(((((((.....)))))))...........((((((.(((.(((((.((..((((.((((((((..----..)))))))).))))..)).)))))...)))..)))))).... ( -32.20)
>DroSim_CAF1 33256 114 - 1
AACAAAUUGCAUUUUGAAUGCAGUCCAUGGCCAAAAAAUCCCGAUACACACACUUACACACGUAUGUACAU----AUGUAUGUGCAUGUGCUGGCGUGUGGAAAUUAUGGUUUUGUAA
.(((((((((((.....)))))))((((((..........))....(((((.((..((((.((((((((..----..)))))))).))))..)).)))))......))))..)))).. ( -32.00)
>DroEre_CAF1 46442 100 - 1
AACAAAUUGCAUUUUGAAUGCAGUCCAUGGACAAAAAAUCUCGGU--ACACGCAUACACUCGUACAUA----------------AAUGUGCUGGCGUGUGGAAAUUAUGGUUUUGUAA
.(((((((((((.....)))))))((((((...........((..--...))(((((.((.(((((..----------------..))))).)).)))))....))))))..)))).. ( -23.40)
>DroYak_CAF1 50729 102 - 1
AACAAAUUGCAUUUUGAAUGCUGUCCAUGGCCAAAAAAUUCCGAUCCACACGCAUACAAAGGUACAUA----------------CAUGUGCUGGCGUGUGGAAAUUAUGGUUUUGUAA
.(((((..((((.....))))...((((((..........))..(((((((((.......((((((..----------------..)))))).)))))))))....)))).))))).. ( -28.30)
>consensus
AACAAAUUGCAUUUUGAAUGCAGUCCAUGGCCAAAAAAUCCCGAUACACACACUUACACACGUACAUACAU____AUGUAUGU_CAUGUGCUGGCGUGUGGAAAUUAUGGUUUUGUAA
.(((((((((((.....))))))((((((((((.........(.....)............((((((.(((..........))).)))))))))).)))))).........))))).. (-16.66 = -17.28 +   0.62)

alignment

secondary structure

dotplot

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