Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,470,257 – 12,470,396 |
Length | 139 |
Max. P | 0.952658 |
Location | 12,470,257 – 12,470,361 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.08 |
Mean single sequence MFE | -29.93 |
Consensus MFE | -23.73 |
Energy contribution | -23.82 |
Covariance contribution | 0.09 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.18 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 1.42 |
SVM RNA-class probability | 0.952658 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12470257 104 + 22224390 AAAGUGCCCAUAAUCGA----AAGGCAUCUGUUGCAGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUG--A--UUUG---AAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGUUG ...(((((.........----..)))))..((((.((((.(((.((((((((..((((((...(((..--.--.)))---...)))))))))))))).))))))).))))..... ( -29.30) >DroGri_CAF1 218 106 + 1 AAAGUCUGCCCAAAAAA----UUGACGUCUGUUGUAGCCUGCGUAUGUUUUAUUUGGUAGUUGUAACU--AAAAUCG---AAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUCACAGUUC ...(((...........----..)))..((((.((((((.((((.(((((((..(((((((((.....--.....))---)..))))))))))))).)))))))))).))))... ( -30.92) >DroEre_CAF1 208 103 + 1 AAAGUGCC-UUAAUCGA----AAGGCAUCCGUUGCAGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUG--A--UUUG---AAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUG .....(((-((......----)))))(((.((((.((((.(((.((((((((..((((((...(((..--.--.)))---...)))))))))))))).))))))).)))).))). ( -34.10) >DroWil_CAF1 7965 111 + 1 AGAGUGUA--CAAUCGUAUUCAGGGCAUUUGUUGCAGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGCACUAAAA--UUUCAAUAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUGACCGAUG .(((((..--......)))))....((((.(((..((((.(((.((((((((..((((((.(.........--........).)))))))))))))).)))))))..))).)))) ( -27.03) >DroYak_CAF1 227 104 + 1 AUAGUGCAUUUAAUCGA----AAGGCAUCUGUUGCAGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUG--A--UUUG---AAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUG .............((..----..))((((.((((.((((.(((.((((((((..((((((...(((..--.--.)))---...)))))))))))))).))))))).)))).)))) ( -30.80) >DroAna_CAF1 183 98 + 1 UUAGUGGA------AGA----AAGGCAUUUGUUGCAGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGAUAUC--G--AAAG---AAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAAUCGAUG ........------...----....((((.((((.((((.(((.((((((((..((((((......((--.--...)---)..)))))))))))))).))))))).)))).)))) ( -27.40) >consensus AAAGUGCA__UAAUCGA____AAGGCAUCUGUUGCAGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUG__A__UUUG___AAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUG .........................((((.((((.((((.(((.((((((((..((((((.......................)))))))))))))).))))))).)))).)))) (-23.73 = -23.82 + 0.09)
Location | 12,470,288 – 12,470,396 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.27 |
Mean single sequence MFE | -24.25 |
Consensus MFE | -19.60 |
Energy contribution | -19.60 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.39 |
Structure conservation index | 0.81 |
SVM decision value | 0.47 |
SVM RNA-class probability | 0.749414 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12470288 108 + 22224390 AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUGAUUUGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGUUGUC--UAAGAGCUUCAAAAUCGAUAAUA-ACAAACAAUA ((((.(((.((((((((..((((((...(((....)))...)))))))))))))).)))))))......(((((.--...((.........))....)))-))........ ( -24.50) >DroSec_CAF1 215 103 + 1 AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGAAUUGAUUUGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUGUC--UAAAUGCUUCAAA-AUGAUAAUU-----ACAUUA ((((.(((.((((((((..((((((.(..(......)..).)))))))))))))).)))))))......(((((.--..(((...((...-..))..)))-----))))). ( -21.60) >DroSim_CAF1 240 108 + 1 AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGAAUUGAUUUGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUGUC--UAAAUGCUUCAAA-UCGACAUUUAAACAACAUUU ((((.(((.((((((((..((((((.(..(......)..).)))))))))))))).)))))))......(.(((.--(((((((......-..).)))))).))).).... ( -25.10) >DroEre_CAF1 238 107 + 1 AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUGAUUUGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUGUC--UAAACGCUUCAAA-GUG-CAAUAAACCCAUAUUC ((((.(((.((((((((..((((((...(((....)))...)))))))))))))).)))))))............--.....((......-..)-)............... ( -23.60) >DroYak_CAF1 258 96 + 1 AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUGAUUUGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUGUC--ACA---------C-AUG-CGACACACAC--AUUA ((((.(((.((((((((..((((((...(((....)))...)))))))))))))).)))))))......(.((((--.(.---------.-..)-.)))))....--.... ( -25.50) >DroAna_CAF1 208 105 + 1 AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGAUAUCGAAAGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAAUCGAUGUCCUUAGAGUCUACAAG-CUAAAAAUU-----AUAGUU ((((.(((.((((((((..((((((......((....))..)))))))))))))).)))((((.(((.........))).))))....))-)).......-----...... ( -25.20) >consensus AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGAAAUGAUUUGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUGUC__UAAAUGCUUCAAA_AUGACAAUA_AC__ACAUUA ((((.(((.((((((((..((((((.(............).)))))))))))))).)))))))................................................ (-19.60 = -19.60 + -0.00)
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