Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,355,650 – 12,355,749 |
Length | 99 |
Max. P | 0.960539 |
Location | 12,355,650 – 12,355,749 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.34 |
Mean single sequence MFE | -52.90 |
Consensus MFE | -36.01 |
Energy contribution | -36.83 |
Covariance contribution | 0.82 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.81 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 1.52 |
SVM RNA-class probability | 0.960539 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12355650 99 + 22224390 -------CGCUGCC---CCGUCCGCCGGCCAAGGAGGAGGCAGGAGCGGAUGUGAUGCAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGUCCCAGCAGGCGGUGCGGUGGCAUCGGCU-- -------....(((---.((((((((.(((........)))..).))))))).(((((.....((((((.((.((((((....)))))).))))))))..)))))))).-- ( -56.20) >DroPse_CAF1 2933 98 + 1 -------CACCUCCAGCUCCUCCUCCGGCUCCGG------CUGGGGGGGCGGCUACACAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGUCCGAGCAGACGGUGCGGUGGCAUCGGCGCC -------...(.((((((.((((((((((....)------))))))))).))))......(((((((((.((.(((((......))))).)))))))).)))...)).).. ( -50.10) >DroEre_CAF1 2778 99 + 1 -------CGCUGCC---CCGUCCGCCGGCCAAGGAGGAGGCAGGAGCGGAUGUGAUGCAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGUCCCAGCAGGCGGUGCGGUGGCAUCGGCU-- -------....(((---.((((((((.(((........)))..).))))))).(((((.....((((((.((.((((((....)))))).))))))))..)))))))).-- ( -56.20) >DroYak_CAF1 2783 99 + 1 -------CGCUGCC---CCGUCCGCCGGCCAAGGAGGAGGCAGGAGCGGAUGUGAUGCAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGUCCCAGCAGGCGGUGCGGUGGCAUCGGCU-- -------....(((---.((((((((.(((........)))..).))))))).(((((.....((((((.((.((((((....)))))).))))))))..)))))))).-- ( -56.20) >DroMoj_CAF1 3175 89 + 1 --------GUGGCC---CAGUCCAAUCGUCUUGU------UGGGCGU---CGGUAUGCAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGGCCCAGCAGGCGGUGCGGCGGCAUCGACU-- --------...(((---(((..(((.....))))------)))))((---((((......(((((((((.((.((((((....)))))).)))))))).))))))))).-- ( -45.00) >DroAna_CAF1 8169 102 + 1 UCACCACGGCUACC---CCGGCCGCCGG---AGGAGGAUGGUGGGGCG---GCGAUGCAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGUCCGAGCAGGCGGUGCGGUGGCAUCGGCUCA .(((((...((.((---((((...))))---.)).)).)))))((((.---.((((((.....((((((.((.(((((......))))).))))))))..)))))))))). ( -53.70) >consensus _______CGCUGCC___CCGUCCGCCGGCCAAGGAGGAGGCAGGAGCGGAUGUGAUGCAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGUCCCAGCAGGCGGUGCGGUGGCAUCGGCU__ .......((((.((.......((.((......)).)).....))))))....((((((.....((((((.((.((((((....)))))).))))))))..))))))..... (-36.01 = -36.83 + 0.82)
Location | 12,355,650 – 12,355,749 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.34 |
Mean single sequence MFE | -47.33 |
Consensus MFE | -32.60 |
Energy contribution | -33.52 |
Covariance contribution | 0.92 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -1.33 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.76 |
SVM RNA-class probability | 0.844787 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12355650 99 - 22224390 --AGCCGAUGCCACCGCACCGCCUGCUGGGACCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGCAUCACAUCCGCUCCUGCCUCCUCCUUGGCCGGCGGACGG---GGCAGCG------- --.(((((((((.((((((((.((((((....)))))).)).)))))).)...))))).(.((((((...(((........))).)))))).).---)))....------- ( -51.10) >DroPse_CAF1 2933 98 - 1 GGCGCCGAUGCCACCGCACCGUCUGCUCGGACCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGUGUAGCCGCCCCCCCAG------CCGGAGCCGGAGGAGGAGCUGGAGGUG------- ((((....)))).((((((((.(((((......))))).)).)))))).((((...((((..((((.((.(------(....)).)).)).)).)))).)))).------- ( -41.90) >DroEre_CAF1 2778 99 - 1 --AGCCGAUGCCACCGCACCGCCUGCUGGGACCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGCAUCACAUCCGCUCCUGCCUCCUCCUUGGCCGGCGGACGG---GGCAGCG------- --.(((((((((.((((((((.((((((....)))))).)).)))))).)...))))).(.((((((...(((........))).)))))).).---)))....------- ( -51.10) >DroYak_CAF1 2783 99 - 1 --AGCCGAUGCCACCGCACCGCCUGCUGGGACCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGCAUCACAUCCGCUCCUGCCUCCUCCUUGGCCGGCGGACGG---GGCAGCG------- --.(((((((((.((((((((.((((((....)))))).)).)))))).)...))))).(.((((((...(((........))).)))))).).---)))....------- ( -51.10) >DroMoj_CAF1 3175 89 - 1 --AGUCGAUGCCGCCGCACCGCCUGCUGGGCCCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGCAUACCG---ACGCCCA------ACAAGACGAUUGGACUG---GGCCAC-------- --.((((((((..((((((((.((((((....)))))).)).)))))).....))))..))---))(((((------.(((.....)))...))---)))...-------- ( -43.00) >DroAna_CAF1 8169 102 - 1 UGAGCCGAUGCCACCGCACCGCCUGCUCGGACCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGCAUCGC---CGCCCCACCAUCCUCCU---CCGGCGGCCGG---GGUAGCCGUGGUGA ...(((((((((.((((((((.(((((......))))).)).)))))).)...)))))).---.))..((((((.((.((---((((...))))---)).))..)))))). ( -45.80) >consensus __AGCCGAUGCCACCGCACCGCCUGCUGGGACCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGCAUCACAUCCGCUCCUGCCUCCUCCUUGGCCGGCGGACGG___GGCAGCG_______ ...(((((((((.((((((((.((((((....)))))).)).)))))).)...)))))....(((((..................))))).......)))........... (-32.60 = -33.52 + 0.92)
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