Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,324,162 – 12,324,282 |
Length | 120 |
Max. P | 0.900393 |
Location | 12,324,162 – 12,324,282 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.67 |
Mean single sequence MFE | -41.48 |
Consensus MFE | -36.16 |
Energy contribution | -36.60 |
Covariance contribution | 0.44 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.51 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 1.01 |
SVM RNA-class probability | 0.900393 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12324162 120 + 22224390 AGAUAUGUUAUUUCCGAUUACCGCGGGAAUCUGUGGCUAUAUAAGCAGACCCGUGGGCGUCGGUAAGGCAACAGUCUUUAGGCAUUGGAUCCAUCAAGUGCAUCCGAUCCGGAGCAGUUA ((((.((((.((((((((..(((((((..(((((..........))))))))))))..))))).)))..))))))))...((.(((((((.(((...))).))))))))).......... ( -40.80) >DroSec_CAF1 2201 120 + 1 AGAUAUGUUAUUUCCGAUUACCGCGGGAGUCUGCGGCUAUAAAAGCAGACCCGUGGGAGUCGGUAAGGCAACAGUCUUUAGGCAUUGGAUCCACCAAGUGCAUCCGAUCCGGAGCAGUUG ((((.((((.(((((((((.(((((((..(((((..........)))))))))))).)))))).)))..))))))))...((.(((((((.(((...))).))))))))).......... ( -45.00) >DroSim_CAF1 2287 120 + 1 AGAUAUGUUAGUUCCGAUUACCGCGGGAAUCUGCGGCUAUAAAAGCAGACCCGUGGGCGUCGGUAAGGCAACAGUCUUUAGGCAUUGGAUCCACCAAGUGCAUCCGAUCCGGAGCAGUUG ..........((((((....(((((((..(((((..........))))))))))))..(((...(((((....)))))..)))(((((((.(((...))).))))))).))))))..... ( -45.60) >DroEre_CAF1 2360 120 + 1 AGAUAUGUUACUCCCGAUUACCGCGGGAAUCUGGGGCUAUAAAAGCGGAGCCGUGGGCAUCGUUCAGGCAACAGACUUUAGGCAUUGGAUCCACCAAGUGCAUCCGAUCCGGAGCAGUUG .....((((..(((((.......))))).((((..(((.....((((..(((...)))..))))..)))..)))).....((.(((((((.(((...))).)))))))))..)))).... ( -36.40) >DroYak_CAF1 3923 120 + 1 AGAUACGUUACUCCCGAUUACCGCGGGCAUCUGGGGCUAUAAAAGCAGACCCGUGGGCGUCGUUAAGGCAACAGUCUUUAGGCAUUGGAUCCACCAAGUGCAUCCGAUCCGGAGCAGUUG ..........((((((((..(((((((..((((............)))))))))))..))))..(((((....)))))..((.(((((((.(((...))).)))))))))))))...... ( -39.60) >consensus AGAUAUGUUACUUCCGAUUACCGCGGGAAUCUGCGGCUAUAAAAGCAGACCCGUGGGCGUCGGUAAGGCAACAGUCUUUAGGCAUUGGAUCCACCAAGUGCAUCCGAUCCGGAGCAGUUG ......(((....(((((..(((((((..(((((..........))))))))))))..)))))...)))(((.(.((((.((.(((((((.(((...))).)))))))))))))).))). (-36.16 = -36.60 + 0.44)
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