Locus 4724

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	12,271,170 – 12,271,305
Length	135
Max. P	0.512766

overview

Window 7

Location	12,271,170 – 12,271,279
Length	109
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.10
Mean single sequence MFE	-35.43
Consensus MFE	-17.25
Energy contribution	-18.05
Covariance contribution	0.80
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.77
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	-0.04
SVM RNA-class probability	0.512766
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12271170 109 + 22224390
AUUG---------GCUCGAGCUUUUGGCAGGUGGCACCAUCUGUGCCAGAGGUAAACCGCAAAGCUUUUAUACAAAGCUUCCCCGAGAUUCUUUAGUGGUCAUAACAACCCCAGAAUU
.(((---------(((((.((((((((((((((....))))..))))))))))........(((((((.....)))))))...))))..........(((.......))))))).... ( -30.50)
>DroPse_CAF1 33016 106 + 1
AUUGGUU------GCUCGAGCUUUUACCGGGUGGCGCCAUCUGUGCGAGAAGUAUUCUUGGGAGCUUUCGG-CGAACAUUCC-----AUCGGUUAGUGCUUAAAGCAUUCGCUGACUU
..((.((------(((.(((((((...((((((....))))))..(((((.....))))))))))))..))-))).))....-----.(((((.(((((.....))))).)))))... ( -32.90)
>DroSec_CAF1 17520 116 + 1
AUUGGCUACAUUGGCUCGAGCUUUUGGCAGGUGGCACCAUCUGUGCCAGAGGUAAACCGCAAAGCUUUUACAAAAAGCUUCCCUG--AUUCUUUAGUGGUCAUAACAACCCCAGAGUU
..(((((((....((....((((((((((((((....))))..)))))))))).....)).(((((((.....))))))).....--........)))))))................ ( -32.40)
>DroEre_CAF1 15552 116 + 1
AUUGGCCACAUGGGCUCGAGCUUUUGGCAGGUGGCACCAUCUGUGCCAGAGGUAAACCGCGAAGCUUUUAUGCAAAGCUUCGCCG--AUUCUUUAGUGGUCAUAACAACCCCAGAAUU
..(((((((..((..(((.((((((((((((((....))))..)))))))))).....((((((((((.....))))))))))))--)..))...)))))))................ ( -46.90)
>DroYak_CAF1 5810 116 + 1
AUUGGCUACAUUGGCUCGAGCUUUUGGCAGGUGGCACCAUCUGUGCCAGAGGUAAACCGCAAAGCUUUUAUACAAAGCUUGCUCG--AUUCUUUAGUGGUCAUAACAACCCCAGAAUG
..((((((((..(..((((((((((((((((((....))))..)))))))))).....((((.(((((.....))))))))))))--)..)..).)))))))................ ( -38.30)
>DroPer_CAF1 31796 105 + 1
AUUGGUU------GCUCGAGCUUUUACCGGGUGGCGCCAUCUGUGCGAGAAGUAUUCUUGGGAGCUUUCG--CGGACAUUCC-----AUCGGUUAGUGCUUAAAGCAUUCGCUGACUU
.......------((..(((((((...((((((....))))))..(((((.....))))))))))))..)--)((.....))-----.(((((.(((((.....))))).)))))... ( -31.60)
>consensus
AUUGGCU______GCUCGAGCUUUUGGCAGGUGGCACCAUCUGUGCCAGAGGUAAACCGCAAAGCUUUUAUACAAAGCUUCCCCG__AUUCUUUAGUGGUCAUAACAACCCCAGAAUU
.((((((.....))).)))((((((((((((((....)))))..)))))))))........(((((((.....)))))))...................................... (-17.25 = -18.05 +   0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	12,271,200 – 12,271,305
Length	105
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	69.19
Mean single sequence MFE	-28.08
Consensus MFE	-11.06
Energy contribution	-13.90
Covariance contribution	2.84
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-1.67
Structure conservation index	0.39
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12271200 105 - 22224390
CAUUUC-GUGGUUGGUAAUAAGCCCA-AAAUUCUGGGGUUGUUAUGACCACUAAAGAAUCUCGGGGAAGCUUUG-UAUAAAAGCUUUGCGGUUUACCUCUGGCACAGA
......-(((((((.((((((.((((-......)))).)))))))))))))...(((......(.((((((((.-....)))))))).)((....)))))........ ( -32.20)
>DroPse_CAF1 33049 84 - 1
CGUUUCAGU----------------G-AAAGUCAGCGAAUGCUUUAAGCACUAACCGAU-----GGAAUGUUCG--CCGAAAGCUCCCAAGAAUACUUCUCGCACAGA
.......((----------------(-(((((..((((((((.....)).(((.....)-----))...)))))--)(....)...........)))).))))..... ( -13.90)
>DroSec_CAF1 17559 103 - 1
CAUUUU-GUGGUUAGGAAUAAGCCCA-AAACUCUGGGGUUGUUAUGACCACUAAAGAAU--CAGGGAAGCUUUU-UGUAAAAGCUUUGCGGUUUACCUCUGGCACAGA
..(((.-(((((((..(((((.((((-......)))).))))).))))))).)))((((--(.(.((((((((.-....)))))))).))))))...((((...)))) ( -32.50)
>DroEre_CAF1 15591 103 - 1
CAUUUU-GUGGUUGGGAAUAAGCCCG-AAAUUCUGGGGUUGUUAUGACCACUAAAGAAU--CGGCGAAGCUUUG-CAUAAAAGCUUCGCGGUUUACCUCUGGCACAGA
...(((-(((.(..((..((((((((-(..((((((((((.....)))).))..)))))--))((((((((((.-....))))))))))))))))..))..))))))) ( -38.10)
>DroYak_CAF1 5849 104 - 1
CAUUUU-GUGGCUGGGAAUAAGCAUGGGCAUUCUGGGGUUGUUAUGACCACUAAAGAAU--CGAGCAAGCUUUG-UAUAAAAGCUUUGCGGUUUACCUCUGGCACAGA
...(((-(((.(..((..(((((....(.(((((((((((.....)))).))..)))))--)..(((((((((.-....))))).)))).)))))..))..))))))) ( -29.50)
>DroAna_CAF1 1278 104 - 1
CAUUUCCCUGAUUAAGAAAAAGCUCA-AAAGCCUUAGGUUCUUAAAAUCGCUACAAAAU--CGGAAAAGCUUUUGAGGAAAAGCUAU-UGUCUCACCUGUGGCGUAGA
.......(((.(((((((...(((..-..)))......)))))))...(((((((....--.(((..(((((((....)))))))..-..)))....)))))))))). ( -22.30)
>consensus
CAUUUC_GUGGUUGGGAAUAAGCCCA_AAAUUCUGGGGUUGUUAUGACCACUAAAGAAU__CGGGGAAGCUUUG_UAUAAAAGCUUUGCGGUUUACCUCUGGCACAGA
.......((((((...(((((.((((.......)))).)))))..))))))..............((((((((......))))))))..................... (-11.06 = -13.90 +   2.84)

alignment

secondary structure

dotplot

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