Locus 4676

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 12,194,447 – 12,194,623
Length 176
Max. P 0.998637
window7670 window7671 window7672

overview

Window 0

Location 12,194,447 – 12,194,562
Length 115
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.54
Mean single sequence MFE -34.42
Consensus MFE -28.99
Energy contribution -28.93
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -4.00
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 3.17
SVM RNA-class probability 0.998637
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12194447 115 + 22224390
GCGAUAAGGACGCAC-ACAGAC---GAAGCUAAAAUAAUUGCAUAAUUUGCAUAUUAUUUUCUGCUAAACAUGCAAAAAGCUUC-GCGCAACGUGUGCAACAUGCACUCAUGUAUGCACA
(((........((((-((.(.(---((((((((((((((((((.....)))).)))))))).(((.......)))...))))))-)).....)))))).(((((....))))).)))... ( -34.40)
>DroSec_CAF1 20782 115 + 1
GCGAUAAGGACGCAC-ACAGAC---GAAGCUAAAAUAAUUGCAUAAUUUGCAUAUUAUUUUCUGCUAAACAUGCAAAAAGCUUC-GCGCAACGUGUGCAACAUGCACUCAUGUAUGCACA
(((........((((-((.(.(---((((((((((((((((((.....)))).)))))))).(((.......)))...))))))-)).....)))))).(((((....))))).)))... ( -34.40)
>DroSim_CAF1 21976 115 + 1
GCGAUAAGGACGCAC-ACAGAC---GAAGCUAAAAUAAUUGCAUAAUUUGCAUAUUAUUUUCUGCUAAACAUGCAAAAAGCUUC-GCGCAACGUGUGCAACAUGCACUCAUGUAUGCACA
(((........((((-((.(.(---((((((((((((((((((.....)))).)))))))).(((.......)))...))))))-)).....)))))).(((((....))))).)))... ( -34.40)
>DroEre_CAF1 20167 115 + 1
GCGAUAAGGACGCAC-ACGGAC---GGAGCUAAAAUAAUUGCAUAAUUUGCAUAUUAUUUUCUGCUAAACAUGCAAAAAGCUUC-GCGCAACGUGUGCAACAUGCACUCAUGUAUGCACA
(((........((((-(((..(---((((((((((((((((((.....)))).)))))))).(((.......)))...))))))-).....))))))).(((((....))))).)))... ( -37.00)
>DroYak_CAF1 5340 115 + 1
GCGAUAAGGACGCAC-ACAGAC---GAAGCUAAAAUAAUUGCAUAAUUUGCAUAUUAUUUUCUGCUAAACAUGCAAAAAGCUUC-GCGCAACGUGUGCAACAUGCACUCAUGUAUGCACA
(((........((((-((.(.(---((((((((((((((((((.....)))).)))))))).(((.......)))...))))))-)).....)))))).(((((....))))).)))... ( -34.40)
>DroAna_CAF1 32510 120 + 1
GCGAUAAGGGCGCUCGGCAGACACAGGAGCUAAAAUAAUUGCAUAAUUUGCAUAUUAUUUUCUGCUAAACAUGCAAAAAGCUUCCACACCGCGUUUGCAACAUGCACUCAUGUAUGCACA
((((((.(((.((...((((((.(.(((((.((((((((((((.....)))).))))))))..)))......((.....)).......))).)))))).....)).))).))).)))... ( -31.90)
>consensus
GCGAUAAGGACGCAC_ACAGAC___GAAGCUAAAAUAAUUGCAUAAUUUGCAUAUUAUUUUCUGCUAAACAUGCAAAAAGCUUC_GCGCAACGUGUGCAACAUGCACUCAUGUAUGCACA
(((.......)))............((((((((((((((((((.....)))).)))))))).(((.......)))...)))))).........(((((((((((....))))).)))))) (-28.99 = -28.93 +  -0.05)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 12,194,447 – 12,194,562
Length 115
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.54
Mean single sequence MFE -36.02
Consensus MFE -28.40
Energy contribution -29.00
Covariance contribution 0.60
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -3.00
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.66
SVM RNA-class probability 0.813768
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12194447 115 - 22224390
UGUGCAUACAUGAGUGCAUGUUGCACACGUUGCGC-GAAGCUUUUUGCAUGUUUAGCAGAAAAUAAUAUGCAAAUUAUGCAAUUAUUUUAGCUUC---GUCUGU-GUGCGUCCUUAUCGC
.((((((......))))))...(((((((....((-((((((..((((.......))))((((((((.((((.....))))))))))))))))))---)).)))-))))........... ( -36.60)
>DroSec_CAF1 20782 115 - 1
UGUGCAUACAUGAGUGCAUGUUGCACACGUUGCGC-GAAGCUUUUUGCAUGUUUAGCAGAAAAUAAUAUGCAAAUUAUGCAAUUAUUUUAGCUUC---GUCUGU-GUGCGUCCUUAUCGC
.((((((......))))))...(((((((....((-((((((..((((.......))))((((((((.((((.....))))))))))))))))))---)).)))-))))........... ( -36.60)
>DroSim_CAF1 21976 115 - 1
UGUGCAUACAUGAGUGCAUGUUGCACACGUUGCGC-GAAGCUUUUUGCAUGUUUAGCAGAAAAUAAUAUGCAAAUUAUGCAAUUAUUUUAGCUUC---GUCUGU-GUGCGUCCUUAUCGC
.((((((......))))))...(((((((....((-((((((..((((.......))))((((((((.((((.....))))))))))))))))))---)).)))-))))........... ( -36.60)
>DroEre_CAF1 20167 115 - 1
UGUGCAUACAUGAGUGCAUGUUGCACACGUUGCGC-GAAGCUUUUUGCAUGUUUAGCAGAAAAUAAUAUGCAAAUUAUGCAAUUAUUUUAGCUCC---GUCCGU-GUGCGUCCUUAUCGC
.((((((......))))))...(((((((..(((.-((.(((..((((.......))))((((((((.((((.....))))))))))))))))))---)).)))-))))........... ( -34.10)
>DroYak_CAF1 5340 115 - 1
UGUGCAUACAUGAGUGCAUGUUGCACACGUUGCGC-GAAGCUUUUUGCAUGUUUAGCAGAAAAUAAUAUGCAAAUUAUGCAAUUAUUUUAGCUUC---GUCUGU-GUGCGUCCUUAUCGC
.((((((......))))))...(((((((....((-((((((..((((.......))))((((((((.((((.....))))))))))))))))))---)).)))-))))........... ( -36.60)
>DroAna_CAF1 32510 120 - 1
UGUGCAUACAUGAGUGCAUGUUGCAAACGCGGUGUGGAAGCUUUUUGCAUGUUUAGCAGAAAAUAAUAUGCAAAUUAUGCAAUUAUUUUAGCUCCUGUGUCUGCCGAGCGCCCUUAUCGC
..((((.(((((....)))))))))...((((((.((..((.....))..(((..((((((((((((.((((.....)))))))))))..((....)).)))))..)))..)).)))))) ( -35.60)
>consensus
UGUGCAUACAUGAGUGCAUGUUGCACACGUUGCGC_GAAGCUUUUUGCAUGUUUAGCAGAAAAUAAUAUGCAAAUUAUGCAAUUAUUUUAGCUUC___GUCUGU_GUGCGUCCUUAUCGC
((((((.(((((....)))))))))))....(((((((((((..((((.......))))((((((((.((((.....)))))))))))))))))).........)))))........... (-28.40 = -29.00 +   0.60)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 2

Location 12,194,523 – 12,194,623
Length 100
Sequences 4
Columns 103
Reading direction forward
Mean pairwise identity 68.06
Mean single sequence MFE -24.23
Consensus MFE -14.35
Energy contribution -15.47
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.12
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 2.68
SVM RNA-class probability 0.996281
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12194523 100 + 22224390
CUUC-GCGCAACGUGUGCAACAUGCACUCAUGUAUGCACAUCCCCUACCCCCCCCCCCUCC--UCCACACUCUCACAGGACGAAAUGUGGGUGUGUGUAUGAG
....-.......((((((((((((....))))).)))))))................(((.--..(((((.((((((........)))))).)))))...))) ( -29.90)
>DroSec_CAF1 20858 77 + 1
CUUC-GCGCAACGUGUGCAACAUGCACUCAUGUAUGCACAUCCCCC-----------------UUCCCCCUCUCCCAGGACGAGAUGUGGGUGUG--------
...(-((((...((((((((((((....))))).))))))).....-----------------...(((.((((.......)))).).)))))))-------- ( -22.90)
>DroSim_CAF1 22052 81 + 1
CUUC-GCGCAACGUGUGCAACAUGCACUCAUGUAUGCACAUCCCCC---------CU------UUCCCCCUCUCCCAGGACGAGAUAUGGGUGUGUG------
...(-(((((..((((((((((((....))))).)))))))(((..---------.(------(((..(((.....)))..))))...)))))))))------ ( -25.50)
>DroAna_CAF1 32590 95 + 1
CUUCCACACCGCGUUUGCAACAUGCACUCAUGUAUGCACAUCCUUUUUACCCACACAUGCAUACACCCACAUAUAGUGCACGAUAUAUAUGUGUG--------
....(((((.((....))..(.((((((..((((((((...................)))))))).........)))))).)........)))))-------- ( -18.61)
>consensus
CUUC_GCGCAACGUGUGCAACAUGCACUCAUGUAUGCACAUCCCCC_________C_______UUCCCACUCUCACAGGACGAGAUAUGGGUGUG________
.....(((((..((((((((((((....))))).)))))))..............................((((((........)))))))))))....... (-14.35 = -15.47 +   1.12)

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