Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,348,493 – 1,348,612 |
Length | 119 |
Max. P | 0.588691 |
Location | 1,348,493 – 1,348,612 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.12 |
Mean single sequence MFE | -50.34 |
Consensus MFE | -42.38 |
Energy contribution | -41.50 |
Covariance contribution | -0.88 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.67 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.588691 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1348493 119 - 22224390 CCCGGUGAGUGGCAAGUGCCUGAUGGACCGUGGUGUGCUCUGCCGGGUGGCGGCCGACCACGAGAUGGCCGCCGACAUCGACGUGGGCCAGGCACACCGCAACGAGUCCUUCUACCAGU ...((((...(((....))).((.(((((((((((((((..(((...(((((((((.(.....).))))))))).(((....))))))..))))))))...))).)))).))))))... ( -55.30) >DroVir_CAF1 19048 119 - 1 UCCAGUGAGUGGCAAGUGUCUCAUGGACCGCGGUGUGCUCUGCCGUGUGGCGGCCGAUCACGAGAUGGCCGCCGAUAUUGAUGUGGGUCAAGCACACCGCAACGAGUCCUUCUAUCAAU ....(((((..((....)))))))(((((((((((((((..(((...((((((((.(((....))))))))))).(((....))))))..))))))))))...).)))).......... ( -50.30) >DroGri_CAF1 10106 119 - 1 UCCAGUGAGUGGCAAGUGCCUGAUGGACCGCGGUGUGCUCUGCCGUGUGGCGGCCGAUCACGAAAUGGCCGCCGACAUUGAUGUGGGUCAGGCACACCGUAACGAGUCCUUCUAUCAAU .....(((..(((....))).((.((((((((((((((.(((((...(((((((((.........))))))))).(((....))))).)))))))))))...)).)))).))..))).. ( -51.90) >DroWil_CAF1 24301 119 - 1 UCCAGUCAGUGGCAAAUGCCUGAUGGAUCGCGGUGUACUGUGCCGCGUGGCGGCCGAUCAUGAAAUGGCCGCCGAUAUCGAUGUCGGCCAGGCACACCGUAACGAGUCGUUCUAUCAGU ..........(((....)))(((((((..(((((((.(((.(((((((((((((((.........))))))))(....).))).)))))))..))))))).(((...)))))))))).. ( -49.20) >DroMoj_CAF1 16565 119 - 1 UCCAGUCAGCGGCAAAUGCUUGAUGGACCGCGGUGUGCUGUGCCGUGUGGCGGCCGACCAUGAAAUGGCCGCCGACAUCGAUGUGGGUCAAGCACACCGCAACGAGUCCUUCUAUCAGU ....(((((((.....))).))))(((((((((((((((..(((((((((((((((.........)))))))).)))).......)))..))))))))))...).)))).......... ( -49.61) >DroAna_CAF1 11868 119 - 1 UCCGGUCAGCGGUAAAUGCCUAAUGGACCGCGGUGUCCUGUGCCGUGUGGCAGCGGAUCAUGAGAUGGCCGCCGAUAUCGAUGUCGGCCAGGCACACCGCAACGAGUCCUUCUACCAGU ...(((.((.(((....)))....((((((((((((((((.(((....(((.((.(.((....))).)).)))((((....))))))))))).)))))))...).))))..)))))... ( -45.70) >consensus UCCAGUCAGUGGCAAAUGCCUGAUGGACCGCGGUGUGCUCUGCCGUGUGGCGGCCGAUCACGAAAUGGCCGCCGACAUCGAUGUGGGCCAGGCACACCGCAACGAGUCCUUCUAUCAGU ((((......(((....)))...))))..((((((((((..(((...(((((((((.........)))))))))((......)).)))..))))))))))................... (-42.38 = -41.50 + -0.88)
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