Locus 4584

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	12,017,698 – 12,017,844
Length	146
Max. P	0.889339

overview

Window 9

Location	12,017,698 – 12,017,804
Length	106
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.11
Mean single sequence MFE	-35.76
Consensus MFE	-25.24
Energy contribution	-25.36
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.38
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.96
SVM RNA-class probability	0.889339
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12017698 106 + 22224390
AUUCAAGUGUGCUUGCUACAAUGCUGGCAUCGAAUGCAAGG---AGAUGGCGGGGUACAGCU-UACUGUACUAG--CGCAAGUACAGUGGAGCCAACAAUAGGCAAUGACAA
.((((..(((((((((.......(((.((((..........---.)))).)))(((((((..-..)))))))..--.))))))))).))))(((.......)))........ ( -37.00)
>DroSec_CAF1 51143 106 + 1
AUUCAAGUGUGCUCGCUACAAUGCUGGCAUCGAAUGCAAGG---AGAUGGCGGUGUACAGCU-UACUGUACUAG--UGCAAGUACAGUGGAGCCAACAAUGGGCAAUGACAA
.((((..((((((.((.((...((((.((((..........---.)))).))))((((((..-..))))))..)--))).)))))).))))(((.......)))........ ( -33.60)
>DroSim_CAF1 50336 109 + 1
AUUCAAGUGUGCUCGCUACAAUGCUGGCAUCGAAUGCAAGGAGGAGAUGGCGGGGCACAGCU-UACUGUACUAG--CGCAAGUACAGUGGAGCCAACAAUGGGCAAUGACAA
.((((((((((((((((((..(.((.((((...)))).)).)...).)))).))))))).))-)((((((((..--....)))))))))))(((.......)))........ ( -33.60)
>DroEre_CAF1 48245 106 + 1
AUUCAAGUGUGCUCGCUACAAUGCUGCCAUCGAAUGCACGG---AGAUGGCGGG-UGCAGCUUUACUGUACUAG--UGCCAGUACAGUGGAGCCGACAAUGGGCAAUGACAA
..(((....((((((........((((((((..........---.))))))))(-(.(.(((((((((((((..--....))))))))))))).)))..)))))).)))... ( -39.70)
>DroYak_CAF1 49349 94 + 1
AUUCAAGUGUGCUGGCUACAAUGCUGCCAUCGAAUGCAAGG---AGAUGGCGGGUUGCAGCUUUACUGUACUAGCGUACAGGUACAGUGGAGCCGAC---------------
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>consensus
AUUCAAGUGUGCUCGCUACAAUGCUGGCAUCGAAUGCAAGG___AGAUGGCGGGGUACAGCU_UACUGUACUAG__UGCAAGUACAGUGGAGCCAACAAUGGGCAAUGACAA
.......(((((((((......))((.((((..............)))).)))))))))(((.(((((((((........))))))))).)))................... (-25.24 = -25.36 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	12,017,698 – 12,017,804
Length	106
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.11
Mean single sequence MFE	-29.21
Consensus MFE	-22.30
Energy contribution	-22.54
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.69
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	0.29
SVM RNA-class probability	0.670154
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12017698 106 - 22224390
UUGUCAUUGCCUAUUGUUGGCUCCACUGUACUUGCG--CUAGUACAGUA-AGCUGUACCCCGCCAUCU---CCUUGCAUUCGAUGCCAGCAUUGUAGCAAGCACACUUGAAU
.(((..((((.((((((((((((...((((..((.(--(..((((((..-..))))))...))))...---...))))...)).)))))))..)))))))..)))....... ( -27.40)
>DroSec_CAF1 51143 106 - 1
UUGUCAUUGCCCAUUGUUGGCUCCACUGUACUUGCA--CUAGUACAGUA-AGCUGUACACCGCCAUCU---CCUUGCAUUCGAUGCCAGCAUUGUAGCGAGCACACUUGAAU
.(((..((((.((.(((((((((.((((((((....--..)))))))).-.((.(....).)).....---..........)).))))))).))..))))..)))....... ( -28.10)
>DroSim_CAF1 50336 109 - 1
UUGUCAUUGCCCAUUGUUGGCUCCACUGUACUUGCG--CUAGUACAGUA-AGCUGUGCCCCGCCAUCUCCUCCUUGCAUUCGAUGCCAGCAUUGUAGCGAGCACACUUGAAU
.(((..((((.((.(((((((((.((((((((....--..)))))))).-....((((.................))))..)).))))))).))..))))..)))....... ( -28.23)
>DroEre_CAF1 48245 106 - 1
UUGUCAUUGCCCAUUGUCGGCUCCACUGUACUGGCA--CUAGUACAGUAAAGCUGCA-CCCGCCAUCU---CCGUGCAUUCGAUGGCAGCAUUGUAGCGAGCACACUUGAAU
.((.((........)).))((((.(((((((((...--.)))))))))...((((((-.(.((((((.---..........)))))).)...)))))))))).......... ( -33.80)
>DroYak_CAF1 49349 94 - 1
---------------GUCGGCUCCACUGUACCUGUACGCUAGUACAGUAAAGCUGCAACCCGCCAUCU---CCUUGCAUUCGAUGGCAGCAUUGUAGCCAGCACACUUGAAU
---------------....(((..(((((((..(....)..)))))))...(((((((..(((((((.---..........)))))).)..))))))).))).......... ( -28.50)
>consensus
UUGUCAUUGCCCAUUGUUGGCUCCACUGUACUUGCA__CUAGUACAGUA_AGCUGUACCCCGCCAUCU___CCUUGCAUUCGAUGCCAGCAUUGUAGCGAGCACACUUGAAU
.................(((((..((((((((........))))))))..))))).................(((((...(((((....)))))..)))))........... (-22.30 = -22.54 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	12,017,731 – 12,017,844
Length	113
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.48
Mean single sequence MFE	-33.45
Consensus MFE	-22.17
Energy contribution	-22.04
Covariance contribution	-0.13
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.76
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.56
SVM RNA-class probability	0.782648
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12017731 113 + 22224390
AUGCAAGG---AGAUGGCGGGGUACAGCU-UACUGUACUAG--CGCAAGUACAGUGGAGCCAACAAUAGGCAAUGACAAUGCGUUUAUAUGUUGAUGAUUUGCAGCCAUAGCAAAUUGU
..((((.(---..(((((...(((..(((-(((((((((..--....)))))))).))))(((((((((((.((....))..)))))).)))))......))).)))))..)...)))) ( -34.40)
>DroSec_CAF1 51176 113 + 1
AUGCAAGG---AGAUGGCGGUGUACAGCU-UACUGUACUAG--UGCAAGUACAGUGGAGCCAACAAUGGGCAAUGACAAUGCGUUCAAAUGCUGAUGAUUUGCAGCCCAGACAAAUUGA
...(((..---.(.(((((((.....)))-(((((((((..--....)))))))))..)))).)..(((((..(((........)))..(((.........))))))))......))). ( -29.10)
>DroSim_CAF1 50369 116 + 1
AUGCAAGGAGGAGAUGGCGGGGCACAGCU-UACUGUACUAG--CGCAAGUACAGUGGAGCCAACAAUGGGCAAUGACAAUGCGUUCAAAUGCUGAUGAUUUGCAGCCCAGACAAAUUGU
..............((...((((...(((-(((((((((..--....)))))))).)))).........((((.......((((....)))).......)))).))))...))...... ( -31.34)
>DroEre_CAF1 48278 113 + 1
AUGCACGG---AGAUGGCGGG-UGCAGCUUUACUGUACUAG--UGCCAGUACAGUGGAGCCGACAAUGGGCAAUGACAAUGCCUGCAGAUGCUGGUGACUUGCAGCCAAGAGGAAUAAU
.((((.(.---.(..((((..-(((.(((((((((((((..--....))))))))))))).......(((((.......))))))))..))))..)..).)))).((....))...... ( -39.50)
>DroYak_CAF1 49382 94 + 1
AUGCAAGG---AGAUGGCGGGUUGCAGCUUUACUGUACUAGCGUACAGGUACAGUGGAGCCGAC----------------------AGAUGCUCAUGAUUUGCAGUUAAGGCAAAUUAU
.((((((.---..((((((.((((..(((((((((((((........)))))))))))))))))----------------------...))).)))..))))))............... ( -32.90)
>consensus
AUGCAAGG___AGAUGGCGGGGUACAGCU_UACUGUACUAG__UGCAAGUACAGUGGAGCCAACAAUGGGCAAUGACAAUGCGUUCAAAUGCUGAUGAUUUGCAGCCAAGACAAAUUGU
.((((((........((((.......(((.(((((((((........))))))))).))).........(((.......))).......)))).....))))))............... (-22.17 = -22.04 +  -0.13)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	12,017,731 – 12,017,844
Length	113
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.48
Mean single sequence MFE	-27.52
Consensus MFE	-18.03
Energy contribution	-18.34
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.77
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.56
SVM RNA-class probability	0.780454
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12017731 113 - 22224390
ACAAUUUGCUAUGGCUGCAAAUCAUCAACAUAUAAACGCAUUGUCAUUGCCUAUUGUUGGCUCCACUGUACUUGCG--CUAGUACAGUA-AGCUGUACCCCGCCAUCU---CCUUGCAU
......(((.(((((((((......(((((.(((...(((.......))).))))))))(((..((((((((....--..)))))))).-)))))))....)))))..---....))). ( -26.90)
>DroSec_CAF1 51176 113 - 1
UCAAUUUGUCUGGGCUGCAAAUCAUCAGCAUUUGAACGCAUUGUCAUUGCCCAUUGUUGGCUCCACUGUACUUGCA--CUAGUACAGUA-AGCUGUACACCGCCAUCU---CCUUGCAU
......(((..((((((........))))........(((.......)))....((((((((..((((((((....--..)))))))).-))))).))).........---))..))). ( -25.40)
>DroSim_CAF1 50369 116 - 1
ACAAUUUGUCUGGGCUGCAAAUCAUCAGCAUUUGAACGCAUUGUCAUUGCCCAUUGUUGGCUCCACUGUACUUGCG--CUAGUACAGUA-AGCUGUGCCCCGCCAUCUCCUCCUUGCAU
......((.(.((((.(((......(((((..((...(((.......))).)).)))))(((..((((((((....--..)))))))).-)))))))))).).)).............. ( -28.80)
>DroEre_CAF1 48278 113 - 1
AUUAUUCCUCUUGGCUGCAAGUCACCAGCAUCUGCAGGCAUUGUCAUUGCCCAUUGUCGGCUCCACUGUACUGGCA--CUAGUACAGUAAAGCUGCA-CCCGCCAUCU---CCGUGCAU
.............((((........))))...((((((((.......))))...((.(((((..(((((((((...--.)))))))))..)))))))-..........---...)))). ( -32.40)
>DroYak_CAF1 49382 94 - 1
AUAAUUUGCCUUAACUGCAAAUCAUGAGCAUCU----------------------GUCGGCUCCACUGUACCUGUACGCUAGUACAGUAAAGCUGCAACCCGCCAUCU---CCUUGCAU
...............(((((...(((.((...(----------------------(.(((((..(((((((..(....)..)))))))..)))))))....)))))..---..))))). ( -24.10)
>consensus
ACAAUUUGUCUUGGCUGCAAAUCAUCAGCAUCUGAACGCAUUGUCAUUGCCCAUUGUUGGCUCCACUGUACUUGCA__CUAGUACAGUA_AGCUGUACCCCGCCAUCU___CCUUGCAU
...............(((((.................(((.......))).......(((((..((((((((........))))))))..)))))..................))))). (-18.03 = -18.34 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:28:48 2006