Locus 4444

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 11,772,836 – 11,772,992
Length 156
Max. P 0.999233
window7299 window7300 window7301

overview

Window 9

Location 11,772,836 – 11,772,952
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.70
Mean single sequence MFE -30.97
Consensus MFE -28.11
Energy contribution -28.37
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.76
SVM RNA-class probability 0.843329
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11772836 116 + 22224390
--UAACA--AGUGCUAAGGAUGUACCCAUAUCAAUCCCAUAACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCUAGCGGGACUCGGCGAUCGUGAUCUUUGACAUAGACUGGUUGUC
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>DroGri_CAF1 2772 118 + 1
AACAACA--UGUGCUAAAGAUGUACCCAUAUCAAUCCCAUAACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCGAGCGGGACUCGGCGAUCGUGAUCUUUGACAUAAACUUGUUGUC
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>DroWil_CAF1 6484 118 + 1
--UAAUUUUUGUGCUAAAGAUAUACCCAUAUCAAUCCCAUAACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCGGGCGGGACUCGGCGAUCGUGACCUUUGACAUAGACUUGUUGUC
--......(((((.....(((((....))))).....))))).(((((((((.(((.(((((.(((.((.((.(((......))))))).))))))))....))).)))))))))..... ( -31.50)
>DroMoj_CAF1 3136 118 + 1
UUUAACA--UGUGCCAAAGAUGUACCCAUAUCAAUCCCAUAACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCGAGCGGGACUCGGCGAUCGUGAUCUUUGACAUAAACUUGUUGUC
.....((--((((((...(((((....)))))..................(((((((((..((.((....)).)).)))))))))..))))..))))......((((......))))... ( -27.40)
>DroAna_CAF1 2590 118 + 1
--UAACAAAAAUGCUAAAAAUGUACCCAUAUUAAUCCCAUAACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCGAGCGGGACUCGGCGAUCGUGACCUUUGACAUAGACUGGUUGUC
--....................................(((((((.((((((.(((.(((((.(((.((.((.(((......))))))).))))))))....))).))))))))))))). ( -30.90)
>DroPer_CAF1 2882 118 + 1
--UAACAAGAGUGCUAAAGAUGUACCCAUAUCAAUCCCAUAACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCGAGCGGGACUCGGCGAUCGUGACCUUUGACAUAGACUUGUUGUC
--..(((((.((((.......)))).)................(((((((((.(((.(((((.(((.((.((.(((......))))))).))))))))....))).))))))))))))). ( -32.20)
>consensus
__UAACA__AGUGCUAAAGAUGUACCCAUAUCAAUCCCAUAACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCGAGCGGGACUCGGCGAUCGUGACCUUUGACAUAGACUUGUUGUC
..................(((((....)))))......(((((.((((((((.(((.(((((.(((.((.((.(((......))))))).))))))))....))).))))))))))))). (-28.11 = -28.37 +   0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 11,772,872 – 11,772,992
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 98.06
Mean single sequence MFE -41.03
Consensus MFE -37.27
Energy contribution -37.60
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.36
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.849225
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11772872 120 + 22224390
AACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCUAGCGGGACUCGGCGAUCGUGAUCUUUGACAUAGACUGGUUGUCCCAUAUGUGGGAUAAGGCAGUUGAGUGCGUUUACUGCGAG
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>DroVir_CAF1 2673 120 + 1
AACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCGAGCGGGACUCGGCGAUCGUGAUCUUUGACAUAAACUUGUUGUCCCAUAUGUGGGAUAAGGCAGUUGAGUGCGUUUACUGCGAG
...(((((.((((....(((((.(((.((.((.(((......))))))).)))))))).....))))...)))))((((((((....)))))))).(((((...........)))))... ( -38.80)
>DroGri_CAF1 2810 120 + 1
AACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCGAGCGGGACUCGGCGAUCGUGAUCUUUGACAUAAACUUGUUGUCCCAUAUGUGGGAUAAGGCAGUUGAGUGCGUUUACUGCGAG
...(((((.((((....(((((.(((.((.((.(((......))))))).)))))))).....))))...)))))((((((((....)))))))).(((((...........)))))... ( -38.80)
>DroWil_CAF1 6522 120 + 1
AACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCGGGCGGGACUCGGCGAUCGUGACCUUUGACAUAGACUUGUUGUCCCAUAUGUGGGAUAAGGCAGUUGAGUGCGUUUACUGCGAG
...(((((((((.(((.(((((.(((.((.((.(((......))))))).))))))))....))).)))))))))((((((((....)))))))).(((((...........)))))... ( -43.40)
>DroMoj_CAF1 3174 120 + 1
AACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCGAGCGGGACUCGGCGAUCGUGAUCUUUGACAUAAACUUGUUGUCCCAUAUGUGGGAUAAGGCAGUUGAGUGCGUUUACUGCGAG
...(((((.((((....(((((.(((.((.((.(((......))))))).)))))))).....))))...)))))((((((((....)))))))).(((((...........)))))... ( -38.80)
>DroAna_CAF1 2628 120 + 1
AACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCGAGCGGGACUCGGCGAUCGUGACCUUUGACAUAGACUGGUUGUCCCAUAUGUGGGAUAAGGCAGUUGAGUGCGUUUACUGCGAG
(((((.((((((.(((.(((((.(((.((.((.(((......))))))).))))))))....))).)))))))))))((((((....))))))...(((((...........)))))... ( -42.40)
>consensus
AACCAAGUCUGUCUCGUUCACGCAUCUCCUGAAGUCGAGCGGGACUCGGCGAUCGUGAUCUUUGACAUAAACUUGUUGUCCCAUAUGUGGGAUAAGGCAGUUGAGUGCGUUUACUGCGAG
...(((((.((((....(((((.(((.((.((.(((......))))))).)))))))).....))))...)))))((((((((....)))))))).(((((...........)))))... (-37.27 = -37.60 +   0.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 11,772,872 – 11,772,992
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 98.06
Mean single sequence MFE -37.22
Consensus MFE -36.23
Energy contribution -36.32
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.92
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 3.45
SVM RNA-class probability 0.999233
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11772872 120 - 22224390
CUCGCAGUAAACGCACUCAACUGCCUUAUCCCACAUAUGGGACAACCAGUCUAUGUCAAAGAUCACGAUCGCCGAGUCCCGCUAGACUUCAGGAGAUGCGUGAACGAGACAGACUUGGUU
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>DroVir_CAF1 2673 120 - 1
CUCGCAGUAAACGCACUCAACUGCCUUAUCCCACAUAUGGGACAACAAGUUUAUGUCAAAGAUCACGAUCGCCGAGUCCCGCUCGACUUCAGGAGAUGCGUGAACGAGACAGACUUGGUU
...(((((...........)))))....(((((....)))))...((((((..((((...(.((((((((.(((((((......)))))..)).))).))))).)..))))))))))... ( -36.50)
>DroGri_CAF1 2810 120 - 1
CUCGCAGUAAACGCACUCAACUGCCUUAUCCCACAUAUGGGACAACAAGUUUAUGUCAAAGAUCACGAUCGCCGAGUCCCGCUCGACUUCAGGAGAUGCGUGAACGAGACAGACUUGGUU
...(((((...........)))))....(((((....)))))...((((((..((((...(.((((((((.(((((((......)))))..)).))).))))).)..))))))))))... ( -36.50)
>DroWil_CAF1 6522 120 - 1
CUCGCAGUAAACGCACUCAACUGCCUUAUCCCACAUAUGGGACAACAAGUCUAUGUCAAAGGUCACGAUCGCCGAGUCCCGCCCGACUUCAGGAGAUGCGUGAACGAGACAGACUUGGUU
...(((((...........)))))....(((((....)))))...(((((((..(((...(.((((((((.(((((((......)))))..)).))).))))).)..))))))))))... ( -38.10)
>DroMoj_CAF1 3174 120 - 1
CUCGCAGUAAACGCACUCAACUGCCUUAUCCCACAUAUGGGACAACAAGUUUAUGUCAAAGAUCACGAUCGCCGAGUCCCGCUCGACUUCAGGAGAUGCGUGAACGAGACAGACUUGGUU
...(((((...........)))))....(((((....)))))...((((((..((((...(.((((((((.(((((((......)))))..)).))).))))).)..))))))))))... ( -36.50)
>DroAna_CAF1 2628 120 - 1
CUCGCAGUAAACGCACUCAACUGCCUUAUCCCACAUAUGGGACAACCAGUCUAUGUCAAAGGUCACGAUCGCCGAGUCCCGCUCGACUUCAGGAGAUGCGUGAACGAGACAGACUUGGUU
...(((((...........)))))....(((((....))))).(((((((((..(((...(.((((((((.(((((((......)))))..)).))).))))).)..))))))).))))) ( -37.80)
>consensus
CUCGCAGUAAACGCACUCAACUGCCUUAUCCCACAUAUGGGACAACAAGUCUAUGUCAAAGAUCACGAUCGCCGAGUCCCGCUCGACUUCAGGAGAUGCGUGAACGAGACAGACUUGGUU
...(((((...........)))))....(((((....)))))...((((((..((((...(.((((((((.(((((((......)))))..)).))).))))).)..))))))))))... (-36.23 = -36.32 +   0.08)

alignment

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