Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,675,123 – 11,675,243 |
Length | 120 |
Max. P | 0.646943 |
Location | 11,675,123 – 11,675,243 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 74.11 |
Mean single sequence MFE | -50.68 |
Consensus MFE | -23.82 |
Energy contribution | -24.77 |
Covariance contribution | 0.95 |
Combinations/Pair | 1.31 |
Mean z-score | -1.81 |
Structure conservation index | 0.47 |
SVM decision value | 0.24 |
SVM RNA-class probability | 0.646943 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 11675123 120 + 22224390 GGGUCUGGCCAUGGCCAAAGCCGCACUGGCUGCCAUUGUCCAGCGAUUCGAGGUCGUGGUCAGUCCACGGACACUCAACGGCACAGAGUUAGAUCCCCUGAUCUUUGUGGGCGUUCACAA .((.((((((((((((..((((.....))))...((((.....))))....)))))))))))).))..((((.((......(((((((((((.....)))).))))))))).)))).... ( -45.50) >DroVir_CAF1 4594 120 + 1 GGGCCUGACCCAAACCAAGGCCGCGCUGGCGGCCAUUAUCAGGCGGUACGAGGUGUUCGUCAAUGGACGUACCCUCGAUGGCAUCGAACUGGAUCCGUUUAUCUUUGUGGGUGCCCACAA ((((...(((((......((((((....)))))).....((((.(((((((((.((.((((....)))).)))))))((((.(((......))))))).))))))))))))))))).... ( -50.10) >DroGri_CAF1 2210 120 + 1 GGGUCUGACCCAAACCAAGGCUGCACUGGCGGCCAUUGUGCGACGCUUCGAGGUGCACAUCAAUGGACGCACUCUCGAUGGCAUCGAGCUCGAUCCGCUCAUCUUUGUGGGUGUCCACAA (((.....))).......((((((....)))))).(((((.(((((.(((((((((.((....))...)))).((((((...))))))))))).((((........)))))))))))))) ( -47.90) >DroYak_CAF1 3813 120 + 1 GGGUUUGGCCAUGGCCAAAGCCGCUCUGGCGGCCAUUGUGCAGCGAUUCGAGGUCCUGGUCAGUCCACGGACACUGAGCGGCACGGAAAUCGAUCCCAUGACCUUUGUGGGCGUCCACAA (((((((((....))))))(((((....)))))..((((((.((...(((..(((((((.....))).))))..))))).))))))........))).......((((((....)))))) ( -47.90) >DroAna_CAF1 5685 120 + 1 GGGCCUGGCCAUGGCCAAGGCCGCCCUGGCGGUCAUUGUCCAGCGGUUCCAGGUGAAGAUCAAUGCCCGUACUCCGGCGGGUAAUCACCUGGAUCCCAAUAUCUUUGUUGGCGUCCACAA ((((.((((....)))).((((((....))))))...)))).((((.(((((((((.......(((((((......))))))).))))))))).))(((((....)))))))........ ( -55.70) >DroPer_CAF1 1820 120 + 1 GGGCCUGGCCCAGGCAAAGGCCGCCCUGGCGGCCAUCGUGCAGCGGUUCGAGGUGCGGGUCCAUCCACGCACCGCCGACGGCCUUGAGCUGGAUCCGUACAUCUUCGUGGGAUGCCACAA ((..(..(((.((((...((((((....))))))..(((....((((....((((((((.....)).))))))))))))))))).).))..)..))..........((((....)))).. ( -57.00) >consensus GGGCCUGGCCAAGGCCAAGGCCGCACUGGCGGCCAUUGUCCAGCGGUUCGAGGUGCUGGUCAAUCCACGCACACUCGACGGCAUCGAGCUGGAUCCCAUCAUCUUUGUGGGCGUCCACAA (((((((((....)))).((((((....))))))..........)))))((((((..((((..........((......))..........))))....))))))(((((....))))). (-23.82 = -24.77 + 0.95)
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